Locus 893

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,018,439 – 3,018,597
Length 158
Max. P 0.999264
window1418 window1419 window1420 window1421 window1422

overview

Window 8

Location 3,018,439 – 3,018,538
Length 99
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.73
Mean single sequence MFE -34.12
Consensus MFE -27.44
Energy contribution -27.88
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.38
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.05
SVM RNA-class probability 0.556459
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3018439 99 + 27905053
--------------------UAGUCCAAGGUGUCGUCGCCCACUAGCAGCGGUGCUGCUGGCGCUAGCGCUGCACUAACAAAUCCAUUUCUAUCGUCGCCGCCAGCCGCGCAGGCUGGC
--------------------........((((.((..((......)).((((((((((....)).))))))))....................)).))))(((((((.....))))))) ( -39.50)
>DroVir_CAF1 7354 119 + 1
CCCAAUCCCACGCCCAACAUCAGUCCAAGGUAUCGUCGCCCACCAGUAGCGGUGCUGCUGGCGCUAGCGCUGCACUAACAAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCUCACAGGCUGGU
...........((.......((((....((((((((..(......)..))))))))))))(((....))).))...........................(((((((.....))))))) ( -32.00)
>DroGri_CAF1 6468 102 + 1
-----------------ACCCAGUCCAAGUUAUCGUCGCCCACCAGUAGCGGUGCUGCUGGCGCUAGCGCUGCACUAACAAAUCCAUUUCUAUCGUCACCACCAGCCUCGCAGGCUGGU
-----------------...........((((..(((((.(.((((((((...)))))))).)...)))..))..)))).....................(((((((.....))))))) ( -30.00)
>DroWil_CAF1 7409 103 + 1
GCC----------------AUAGUCCAAGGUAUCAUCGCCCACUAGUAGCGGUGCUGGUGGCUCUAGCGCUGCACUAACAAAUCCUUUUCUGUCGUCACCGCCAGCCUCGCAGGCUGGU
((.----------------((((.....(((......)))...((((.((((((((((.....))))))))))))))............)))).))....(((((((.....))))))) ( -35.50)
>DroMoj_CAF1 6354 102 + 1
-----------------CAUCAGUCCAAGGUAUCGUCGCCCACUAGCAGCGGUGCUGGUGGUGCUAGCGCUGCACUAACAAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCGCCCAGGCUGGU
-----------------...........(((..((..((......)).((((((((((.....))))))))))....................))..)))(((((((.....))))))) ( -36.80)
>DroAna_CAF1 4399 94 + 1
-------------------CUAGUCCAAGGUAUCGUCGCCCACCAGUAGCGGAGCUGCUGGC------GCUGCACUAACAAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCGCCCAGGCUGGC
-------------------.((((.((.(((......)))(.((((((((...)))))))).------).)).)))).......................(((((((.....))))))) ( -30.90)
>consensus
___________________CCAGUCCAAGGUAUCGUCGCCCACCAGUAGCGGUGCUGCUGGCGCUAGCGCUGCACUAACAAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCGCGCAGGCUGGU
............................(((..((..((......)).(((((((((.......)))))))))....................))..)))(((((((.....))))))) (-27.44 = -27.88 +   0.45)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 3,018,458 – 3,018,578
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.61
Mean single sequence MFE -54.12
Consensus MFE -46.52
Energy contribution -46.63
Covariance contribution 0.11
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -3.58
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 2.80
SVM RNA-class probability 0.997122
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3018458 120 + 27905053
CCACUAGCAGCGGUGCUGCUGGCGCUAGCGCUGCACUAACAAAUCCAUUUCUAUCGUCGCCGCCAGCCGCGCAGGCUGGCCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUCGGUGCCGCGUCGGCGCAGC
....(((((((...)))))))((((..((((.(((((((((.(((.....((((((.(...(((((((.....)))))))..).))))))..))).)))).))))).))))..))))... ( -61.60)
>DroPse_CAF1 5613 120 + 1
CCACUAGUAGCGGUGCUGCUGGCUCAAGCGCUGCACUAACAAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCUCAUCGGCUGGCCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCCGCGUCGGCACAGC
....((((.((((((((.........)))))))))))).(((((..(((.((((((.(...(((((((.....)))))))..).))))))..)))..)))))((((((...))))))... ( -49.00)
>DroWil_CAF1 7432 120 + 1
CCACUAGUAGCGGUGCUGGUGGCUCUAGCGCUGCACUAACAAAUCCUUUUCUGUCGUCACCGCCAGCCUCGCAGGCUGGUCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCUGCGUCUGGACAGC
(((((((((....))))))))).((((((((.(((((((((.(((.....((((((.(...(((((((.....)))))))..).))))))..))).)).))))))).))).))))).... ( -53.70)
>DroMoj_CAF1 6376 120 + 1
CCACUAGCAGCGGUGCUGGUGGUGCUAGCGCUGCACUAACAAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCGCCCAGGCUGGUCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCCGCGUCGGCACAGC
.((((((((....))))))))((((..((((.(((((((((.(((.....((((((.(...(((((((.....)))))))..).))))))..))).)).))))))).))))..))))... ( -59.10)
>DroAna_CAF1 4419 114 + 1
CCACCAGUAGCGGAGCUGCUGGC------GCUGCACUAACAAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCGCCCAGGCUGGCCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCCGCGUCGGCGCAGC
...((......)).((.((((((------((.(((((((((.(((.....((((((.(...(((((((.....)))))))..).))))))..))).)).))))))).))))))))))... ( -52.30)
>DroPer_CAF1 5673 120 + 1
CCACUAGUAGCGGUGCUGCUGGCUCAAGCGCUGCACUAACAAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCUCAUCGGCUGGCCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCCGCGUCGGCACAGC
....((((.((((((((.........)))))))))))).(((((..(((.((((((.(...(((((((.....)))))))..).))))))..)))..)))))((((((...))))))... ( -49.00)
>consensus
CCACUAGUAGCGGUGCUGCUGGCUCUAGCGCUGCACUAACAAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCGCACAGGCUGGCCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCCGCGUCGGCACAGC
((.((((((((...)))))))).....((((.(((((((((.(((.....((((((.(...(((((((.....)))))))..).))))))..))).)))).))))).)))).))...... (-46.52 = -46.63 +   0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 3,018,458 – 3,018,578
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.61
Mean single sequence MFE -55.43
Consensus MFE -50.14
Energy contribution -50.56
Covariance contribution 0.42
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -3.25
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 3.47
SVM RNA-class probability 0.999264
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3018458 120 - 27905053
GCUGCGCCGACGCGGCACCGAACAGAUCAACUAUCGGCUGGCCAGCCUGCGCGGCUGGCGGCGACGAUAGAAAUGGAUUUGUUAGUGCAGCGCUAGCGCCAGCAGCACCGCUGCUAGUGG
(((((((((...))))....((((((((..((((((((((.((((((.....))))))))))..)))))).....))))))))...))))).....(((.((((((...)))))).))). ( -58.50)
>DroPse_CAF1 5613 120 - 1
GCUGUGCCGACGCGGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGGCCAGCCGAUGAGGCUGGCGGUGACGAUAGGAAUGGAUUUGUUAGUGCAGCGCUUGAGCCAGCAGCACCGCUACUAGUGG
((((.((((((((.((((..((((((((..((((((..(.(((((((.....))))))).)...)))))).....)))))))).)))).))).))).))))))....((((.....)))) ( -58.50)
>DroWil_CAF1 7432 120 - 1
GCUGUCCAGACGCAGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGACCAGCCUGCGAGGCUGGCGGUGACGACAGAAAAGGAUUUGUUAGUGCAGCGCUAGAGCCACCAGCACCGCUACUAGUGG
((((((.((.(((.((((..((((((((..((.(((((((.((((((.....))))))))))..))).)).....)))))))).)))).))))).)).....)))).((((.....)))) ( -46.90)
>DroMoj_CAF1 6376 120 - 1
GCUGUGCCGACGCGGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGACCAGCCUGGGCGGCUGGCGGUGACGAUAGGAAUGGAUUUGUUAGUGCAGCGCUAGCACCACCAGCACCGCUGCUAGUGG
...((((...(((.((((..((((((((..((((((((((.((((((.....))))))))))..)))))).....)))))))).)))).)))...))))(((.((((....)))).))). ( -54.40)
>DroAna_CAF1 4419 114 - 1
GCUGCGCCGACGCGGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGGCCAGCCUGGGCGGCUGGCGGUGACGAUAGGAAUGGAUUUGUUAGUGCAGC------GCCAGCAGCUCCGCUACUGGUGG
(((((((((...))))....((((((((..((((((..(.(((((((.....))))))).)...)))))).....))))))))...)))))------(((((.(((...))).))))).. ( -55.80)
>DroPer_CAF1 5673 120 - 1
GCUGUGCCGACGCGGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGGCCAGCCGAUGAGGCUGGCGGUGACGAUAGGAAUGGAUUUGUUAGUGCAGCGCUUGAGCCAGCAGCACCGCUACUAGUGG
((((.((((((((.((((..((((((((..((((((..(.(((((((.....))))))).)...)))))).....)))))))).)))).))).))).))))))....((((.....)))) ( -58.50)
>consensus
GCUGUGCCGACGCGGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGGCCAGCCUGCGAGGCUGGCGGUGACGAUAGGAAUGGAUUUGUUAGUGCAGCGCUAGAGCCAGCAGCACCGCUACUAGUGG
(((((.....(((.((((..((((((((..((((((((((.((((((.....))))))))))..)))))).....)))))))).)))).))).........))))).((((.....)))) (-50.14 = -50.56 +   0.42)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 1

Location 3,018,498 – 3,018,597
Length 99
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.99
Mean single sequence MFE -43.50
Consensus MFE -42.42
Energy contribution -42.23
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 1.61
SVM RNA-class probability 0.967626
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3018498 99 + 27905053
AAAUCCAUUUCUAUCGUCGCCGCCAGCCGCGCAGGCUGGCCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUCGGUGCCGCGUCGGCGCAGCCCGCUGCUGCU---GCAGCAGC------------------
.....((...((((((.(...(((((((.....)))))))..).)))))).))........((.((.(((....))).))))(((((((..---.)))))))------------------ ( -43.40)
>DroPse_CAF1 5653 115 + 1
AAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCUCAUCGGCUGGCCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCCGCGUCGGCACAGCCCGCUGCUGCU---GGAGCAGCGUCCCACCACCACCAG--
..........((((((.(...(((((((.....)))))))..).)))))).....(((....((((((...)))))).(..(((((((...---..)))))))..).........)))-- ( -42.50)
>DroWil_CAF1 7472 110 + 1
AAAUCCUUUUCUGUCGUCACCGCCAGCCUCGCAGGCUGGUCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCUGCGUCUGGACAGCCAGCCGCUGCUAAUGCAGCGGCCA--------CACAAG--
......((..((((((.(...(((((((.....)))))))..).))))))..)).(((((..(........)..)))))...((((((((....))))))))..--------......-- ( -45.00)
>DroMoj_CAF1 6416 106 + 1
AAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCGCCCAGGCUGGUCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCCGCGUCGGCACAGCCCGCUGCUGCU---GCAGCAGCAU-----------CUGGC
..........((((((.(...(((((((.....)))))))..).))))))............((((((...)))))).(((.(.((((((.---...)))))).-----------).))) ( -44.10)
>DroAna_CAF1 4453 107 + 1
AAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCGCCCAGGCUGGCCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCCGCGUCGGCGCAGCCCGCUGCUGCU---GCAGCAGCCC--------CUCCGG--
....((....((((((.(...(((((((.....)))))))..).))))))...........((.((.(((....))).))))(((((((..---.)))))))..--------....))-- ( -42.60)
>DroPer_CAF1 5713 115 + 1
AAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCUCAUCGGCUGGCCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCCGCGUCGGCACAGCCCGCUGCUGCU---GGAGCAGCGUCCCACCACCAUCAG--
..........((((((.(...(((((((.....)))))))..).)))))).....(((..((((((((...))))...(..(((((((...---..)))))))..)....)))).)))-- ( -43.40)
>consensus
AAAUCCAUUCCUAUCGUCACCGCCAGCCGCACAGGCUGGCCAGCCGAUAGUUGAUCUGUUUGGUGCCGCGUCGGCACAGCCCGCUGCUGCU___GCAGCAGCCU________CACCAG__
..........((((((.(...(((((((.....)))))))..).))))))............((((((...)))))).....((((((((....)))))))).................. (-42.42 = -42.23 +  -0.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 3,018,498 – 3,018,597
Length 99
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.99
Mean single sequence MFE -50.30
Consensus MFE -48.88
Energy contribution -48.93
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.58
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 2.30
SVM RNA-class probability 0.992000
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3018498 99 - 27905053
------------------GCUGCUGC---AGCAGCAGCGGGCUGCGCCGACGCGGCACCGAACAGAUCAACUAUCGGCUGGCCAGCCUGCGCGGCUGGCGGCGACGAUAGAAAUGGAUUU
------------------(((((((.---..)))))))((((((((....)))))).))....(((((..((((((((((.((((((.....))))))))))..)))))).....))))) ( -49.80)
>DroPse_CAF1 5653 115 - 1
--CUGGUGGUGGUGGGACGCUGCUCC---AGCAGCAGCGGGCUGUGCCGACGCGGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGGCCAGCCGAUGAGGCUGGCGGUGACGAUAGGAAUGGAUUU
--(((.(((((.((.(.(((((((..---...)))))))(((...)))..).)).)))))..)))(((..((((((..(.(((((((.....))))))).)...)))))).....))).. ( -52.70)
>DroWil_CAF1 7472 110 - 1
--CUUGUG--------UGGCCGCUGCAUUAGCAGCGGCUGGCUGUCCAGACGCAGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGACCAGCCUGCGAGGCUGGCGGUGACGACAGAAAAGGAUUU
--.(((.(--------((((((((((....))))))))).(((((......))))))))))..(((((..((.(((((((.((((((.....))))))))))..))).)).....))))) ( -46.40)
>DroMoj_CAF1 6416 106 - 1
GCCAG-----------AUGCUGCUGC---AGCAGCAGCGGGCUGUGCCGACGCGGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGACCAGCCUGGGCGGCUGGCGGUGACGAUAGGAAUGGAUUU
(((..-----------.((((((...---.))))))...))).((((((...)))))).....(((((..((((((((((.((((((.....))))))))))..)))))).....))))) ( -50.40)
>DroAna_CAF1 4453 107 - 1
--CCGGAG--------GGGCUGCUGC---AGCAGCAGCGGGCUGCGCCGACGCGGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGGCCAGCCUGGGCGGCUGGCGGUGACGAUAGGAAUGGAUUU
--((....--------))(((((((.---..)))))))((((((((....)))))).))....(((((..((((((..(.(((((((.....))))))).)...)))))).....))))) ( -50.30)
>DroPer_CAF1 5713 115 - 1
--CUGAUGGUGGUGGGACGCUGCUCC---AGCAGCAGCGGGCUGUGCCGACGCGGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGGCCAGCCGAUGAGGCUGGCGGUGACGAUAGGAAUGGAUUU
--....(((((.((.(.(((((((..---...)))))))(((...)))..).)).)))))...(((((..((((((..(.(((((((.....))))))).)...)))))).....))))) ( -52.20)
>consensus
__CUGGUG________ACGCUGCUGC___AGCAGCAGCGGGCUGUGCCGACGCGGCACCAAACAGAUCAACUAUCGGCUGGCCAGCCUGCGAGGCUGGCGGUGACGAUAGGAAUGGAUUU
..................((((((((....))))))))((((((((....)))))).))....(((((..((((((((((.((((((.....))))))))))..)))))).....))))) (-48.88 = -48.93 +   0.06)

alignment

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