| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 23,939,552 – 23,939,660 |
| Length | 108 |
| Max. P | 0.544611 |
| Location | 23,939,552 – 23,939,660 |
|---|---|
| Length | 108 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 83.18 |
| Mean single sequence MFE | -22.07 |
| Consensus MFE | -15.63 |
| Energy contribution | -15.63 |
| Covariance contribution | 0.00 |
| Combinations/Pair | 1.00 |
| Mean z-score | -1.64 |
| Structure conservation index | 0.71 |
| SVM decision value | 0.02 |
| SVM RNA-class probability | 0.544611 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 23939552 108 - 27905053 --CAGCUG-CCGAGAUAAUGCAUAAAAUUAUGUAAAUAUUCCGAAAUUAUCAUUUAAUUUCUAAAAUUGUUUAUGUUUAUGCACGGUAAUAAGCAACCUACAAAAACCGGC--------- --.....(-(((......((((((((.....(((((((....(((((((.....)))))))......))))))).)))))))).(((........))).........))))--------- ( -22.00) >DroVir_CAF1 158232 112 - 1 --CAGCCGUUGGGGAUAAUGCAUAAAAUUAUGUAAAUAUUCAGAAAUUAUCAUUUAAUUUCUAAAAUUGUUUAUGUUUAUGCACGGUAAUAAGCAACCGGCAG---CAG-CCAUUUCA-- --..((.((((.......((((((((.....(((((((...((((((((.....)))))))).....))))))).))))))))((((........)))).)))---).)-).......-- ( -26.50) >DroPse_CAF1 152122 116 - 1 --CGUCGA-GAGAGAUAAUGCAUAAAAUUAUGUAAAUAUUCUGAAAUUAUCAUUUAAUUUCUAAAAUUGUUUAUGUUUAUGCUCGGUAAUAAGCAACCUACGAAAGCAG-CACAGUAGCA --..(((.-..........(((((((.....(((((((....(((((((.....)))))))......))))))).)))))))..(((........)))..))).....(-(......)). ( -19.30) >DroGri_CAF1 112883 112 - 1 --CAGCCUUUAGGGAUAAUGCAUAAAAUUAUGUAAAUAUUCCGAAAUUAUCAUUUAAUUUCUAAAAUUGUUUAUGUUUAUGCACGGUAAUAAGCAACCAGCAG---CCG-CACCACCA-- --..((.....((((((.((((((....))))))..))))))(((((((.....))))))).....(((((..(((((((........)))))))...)))))---..)-).......-- ( -21.80) >DroAna_CAF1 149306 106 - 1 GGCAGCCG-UCGAGAUAAUGCAUAAAAUUAUGUAAAUAUUCAGAAAUUAUCAUUUAAUUUCUAAAAUUGUUUAUGUUUAUGCACGGUAAUAAGCAACCUACGACA----GC--------- ....((.(-(((......((((((((.....(((((((...((((((((.....)))))))).....))))))).)))))))).(((........)))..)))).----))--------- ( -24.90) >DroPer_CAF1 152612 114 - 1 --CGUCGA-GAGAGAUAAUGCAUAAAAUUAUGUAAAUAUUCUGAAAUUAUCAUUUAAUUUCUAAAAUUGUUUAUGUUUAUGCUCGGUAAUAAGCAACCUACGAAAGCAG-CACAGUAG-- --..(((.-..........(((((((.....(((((((....(((((((.....)))))))......))))))).)))))))..(((........)))..)))......-........-- ( -17.90) >consensus __CAGCCG_UAGAGAUAAUGCAUAAAAUUAUGUAAAUAUUCAGAAAUUAUCAUUUAAUUUCUAAAAUUGUUUAUGUUUAUGCACGGUAAUAAGCAACCUACAAAA_CAG_CAC__U____ ...................(((((((.....(((((((....(((((((.....)))))))......))))))).)))))))..(((........)))...................... (-15.63 = -15.63 + 0.00)
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