Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 23,933,862 – 23,933,958 |
Length | 96 |
Max. P | 0.839624 |
Location | 23,933,862 – 23,933,958 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.14 |
Mean single sequence MFE | -21.04 |
Consensus MFE | -13.36 |
Energy contribution | -14.95 |
Covariance contribution | 1.59 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -1.73 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 0.75 |
SVM RNA-class probability | 0.839624 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 23933862 96 + 27905053 CG--CAAUA--AAA---AAUGUA------CCUGGGAUGAGACGGGCGUAGAAA-AAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUGAUGUGU ((--((.((--((.---......------((((........))))((((((((-(((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))).)))). ( -18.10) >DroPse_CAF1 146604 104 + 1 AG--UCGUA--AAAA--AAUGUACGAUUACUCGGGAAAACUCGAGCGUAGAAAAAAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUGAUGAGU ((--(((((--....--....)))))))(((((.......((((((((((((.((((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))))))))) ( -24.81) >DroGri_CAF1 105485 100 + 1 UAUAUAUUAACCGC----AUGCU------CUGGAGGAAACCUGAGCGCAAAAAAAAGUUUACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUUUUUUAUGUUUGGUUUGU ........((((((----(((((------(.((.(....)))))))..(((((((((....))).........(((((((....)))))))))))))))))..))))... ( -18.70) >DroWil_CAF1 176153 94 + 1 UG--UAUUA--CGC---GA-G-A-------CCUGGAGAACUCAAGCGUAGAAAAAAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUCAUGCAU ..--.....--.((---((-(-.-------.(....)..)))((((((((((.((((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))...)).. ( -17.00) >DroAna_CAF1 143779 100 + 1 CG--CAAUA--AAAACAAGCGUA------CUGGGGAAAAGUCGAGCGUAGAAAAAAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUGACGAGU ((--(....--.......)))..------..........(((((((((((((.((((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))))).... ( -22.80) >DroPer_CAF1 147066 104 + 1 AG--UCGUA--AAAA--AAUGUACGAUUACUCGGGAAAACUCGAGCGUAGAAAAAAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUGAUGAGU ((--(((((--....--....)))))))(((((.......((((((((((((.((((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))))))))) ( -24.81) >consensus AG__UAAUA__AAA___AAUGUA______CUCGGGAAAACUCGAGCGUAGAAAAAAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUGAUGAGU ........................................((((((((((((.((((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))))..... (-13.36 = -14.95 + 1.59)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:22:46 2006