Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,005,781 – 3,005,881 |
Length | 100 |
Max. P | 0.861081 |
Location | 3,005,781 – 3,005,881 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.29 |
Mean single sequence MFE | -36.83 |
Consensus MFE | -29.53 |
Energy contribution | -29.93 |
Covariance contribution | 0.41 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -2.62 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 0.83 |
SVM RNA-class probability | 0.861081 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 3005781 100 - 27905053 --ACCAAUCGACUUGGGUGGCUUGCCAUCCAAGGUUGGAUAGAAGGCGCCACUUGCUGGUGGUCUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGUACUUUGCUA-------- --.(((((((((((((((((....)))))))))...((((((((((.((((((....)))))).))))))....))))...)))).))))(((.....))).-------- ( -39.80) >DroSec_CAF1 52156 100 - 1 --ACCAAUCGACUUGGGUGGCUUGCCAUCCAAGGUGGGAUAGAAGGCGGCACUUGCUGAUGGCCUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGCACUUUGCUA-------- --.(((((((((((((((((....)))))))))(.(((((((((((.(((.(........))))))))))....))))).))))).))))(((.....))).-------- ( -38.20) >DroSim_CAF1 52572 100 - 1 --ACCAAUCGACUUGGGUGGCUUGCCAUCCAAGGUGGGAUAGAAGGCGCCACUUGCUGAUGGCUUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGUACUUUGCUA-------- --.(((((((((((((((((....)))))))))(.(((((((((((.(((((.....).)))).))))))....))))).))))).))))(((.....))).-------- ( -37.60) >DroEre_CAF1 51272 100 - 1 --AGCAAUCGACUUGGGUGGCUUGCCAUCCAAGGUGGGAUAGAAGGCGCCACUUGCUGAUGGCUUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGUACUUUGCUA-------- --(((((...((((((((((....))))))((((((((..((((((.(((((.....).)))).)))))).)))).)))).........))))...))))).-------- ( -36.40) >DroWil_CAF1 55957 101 - 1 CUGCCAAU---UUUUGGUGGCUUGCCAUCCAGAGUGGGAUAGAAGGCGCCAGU---UGAAGGUUUCUUCUCAUAUUCCGA--UGGUUU-UGGCAUUUUGCUAGUUGCAGU ((((.(((---...(((..(..(((((.(((...((((((((((((.(((...---....))).))))))...)))))).--)))...-)))))..)..)))))))))). ( -35.70) >DroYak_CAF1 60464 100 - 1 --GCCAAUCGACUUGGGUGGUUUGCCAUCUAAGGUGGGAUAGAAGGCGCCACUUGCUGAUGGUUUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGUACUUUGCUA-------- --.(((((((((((((((((....)))))))))(.(((((((((((.(((((.....).)))).))))))....))))).))))).))))(((.....))).-------- ( -33.30) >consensus __ACCAAUCGACUUGGGUGGCUUGCCAUCCAAGGUGGGAUAGAAGGCGCCACUUGCUGAUGGCUUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGUACUUUGCUA________ ...(((((((((((((((((....)))))))))...((((((((((.((((........)))).))))))....))))...)))).))))(((.....)))......... (-29.53 = -29.93 + 0.41)
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