| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 23,795,147 – 23,795,267 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.705625 |
| Location | 23,795,147 – 23,795,267 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 82.39 |
| Mean single sequence MFE | -41.62 |
| Consensus MFE | -35.69 |
| Energy contribution | -35.30 |
| Covariance contribution | -0.39 |
| Combinations/Pair | 1.30 |
| Mean z-score | -1.52 |
| Structure conservation index | 0.86 |
| SVM decision value | 0.36 |
| SVM RNA-class probability | 0.705625 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 23795147 120 - 27905053 UGAGGUGGUGGUGGAGCCAUAUAACGCCACGUUGUCGCUGCACCAGCUAAUUGUGGACACCGAUGAGACGUUCUGCAUCGACAACGAGGCUUUGUAUGACAUCUGCUAUCAGAGCUUGCG .....((((((..((..(((((((.(((.((((((((.((((...(((.((((.(....))))).)).)....)))).)))))))).))).)))))))...))..))))))......... ( -45.40) >DroPse_CAF1 417 120 - 1 AGAGGUGGUGGUCGAGCCGUAUAAUGCCACAUUGUCGGUGCAUCAGCUGUGCGUGGACACAGACGAGGCAUUCUGCAUUGACAAUGAGGCCCUGUAUGACAUUUGCUACCAAAGCCUGCG ..((((((((((.((..((((((..(((.(((((((((((((...(((...(((........))).)))....))))))))))))).)))..))))))...)).))))))...))))... ( -46.80) >DroEre_CAF1 449 120 - 1 UGAGGUGGUGGUGGAGCCAUAUAACGCCACGUUGUCGCUGCACCAGCUAAUUGUGGACACCGAUGAGACGUUCUGCAUCGACAACGAGGCCUUGUAUGACAUCUGCUAUCGGAGCUUGCA ..(((((((((..((..(((((((.(((.((((((((.((((...(((.((((.(....))))).)).)....)))).)))))))).))).)))))))...))..)))))...))))... ( -44.90) >DroWil_CAF1 428 120 - 1 CGAGGUGGUUGUGGAGCCAUAUAAUGCCACCUUGUCGGCGCAUCAGCUAUGCGUGAACACGGACCAGACAUUUUGCAUUGACAAUGAGGCCUUGUAUGAUAUUUGCUAUCAGACUUUGCG (((((((((.(..((..(((((((.(((.(.(((((((.(((....((.(.(((....))).)..))......))).))))))).).))).)))))))...))..).)))..)))))).. ( -33.30) >DroAna_CAF1 443 120 - 1 GGAGGUGGUGGUGGAACCAUACAAUGCCACUUUGUCCCUGCAUCAACUCCUGAUGGACACCGACUUGACAUUCUGCAUCGACAAUGAGGCCUUGUAUGAUAUAUGUUACCGGACUUUACG ((((.(((((..(....(((((((.(((.(.(((((..((((.....(((....)))((......))......))))..))))).).))).))))))).....)..)))))..))))... ( -31.50) >DroPer_CAF1 417 120 - 1 AGAGGUGGUGGUCGAGCCGUAUAAUGCCACAUUGUCGGUGCACCAGCUGUGCGUGGACACAGACGAGGCAUUCUGCAUUGACAAUGAGGCCCUGUAUGACAUUUGCUACCAAAGCCUGCG ..((((((((((.((..((((((..(((.(((((((((((((((.((((((......))))).)..)).....))))))))))))).)))..))))))...)).))))))...))))... ( -47.80) >consensus AGAGGUGGUGGUGGAGCCAUAUAAUGCCACAUUGUCGCUGCACCAGCUAUGCGUGGACACCGACGAGACAUUCUGCAUCGACAAUGAGGCCUUGUAUGACAUUUGCUACCAGAGCUUGCG .....((((((((((..(((((((.(((.((((((((.(((((((........))).....((........)))))).)))))))).))).)))))))...))))))))))......... (-35.69 = -35.30 + -0.39)
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