Locus 8838

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 23,664,377 – 23,664,481
Length 104
Max. P 0.736064
window14191

overview

Window 1

Location 23,664,377 – 23,664,481
Length 104
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.11
Mean single sequence MFE -38.43
Consensus MFE -26.96
Energy contribution -28.35
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.30
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.736064
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 23664377 104 + 27905053
UGCUGCAGCUGUAUUCGAUUUCAAGGACACUCGAUGGGGCAGCUGCUGUAUC------UCCAUGCUCAUCCCCAUUCUCAUCGGUGUCCGGAUGCCGGCUGCUGGUAGCC
(((((((((((((((((....)..((((((.(((((((((....)).((((.------...))))...........)))))))))))))))))).))))))).))))... ( -40.60)
>DroSec_CAF1 126279 104 + 1
UGCUGCAGCUGUAUUCGAUUUCAAGGACACUCGAUGGGGCAGCUGCUCUAUC------CCCAUGCUCAUCCCCAUCCUCAUCGGUGUCCGGAUGCCGGCUGCUUGUAGCC
(((.(((((((((((((....)..(((((((.(((((((.(((.........------.....)))...)))))))......)))))))))))).)))))))..)))... ( -40.14)
>DroSim_CAF1 125222 104 + 1
UGCUGCAGCUGUAUUCGAUUUCAAGGACACUCGAUGGGGCAGCUGCUCUAUC------CCCAUGCUCAUCCCCAUCCUCAUCGGUGUCCGGAUGCCGGCUGCUGGUAGCC
(((((((((((((((((....)..(((((((.(((((((.(((.........------.....)))...)))))))......)))))))))))).))))))).))))... ( -41.04)
>DroEre_CAF1 126314 101 + 1
---UGCAGCUGUAUUCGAUUUCAAGGACACUCGAUGGGGCAGCUGCCCCAUC------CUCGUGCUCAUCCCCAUCCUCAUCGGUGUCCGGAUGCCGGCUGCUGGUAGCC
---.(((((((((((((....)..(((((((.((((((((....))))))))------...(((........))).......)))))))))))).)))))))........ ( -41.40)
>DroYak_CAF1 131002 110 + 1
UGCUGCAGCUGUAUUCGAUUUCAAGGACACUCGAUGGGGCAGCUGCCCUAUCCCCAUGCUCAUGCUCAUCCGCAUCCUCAUCGGUGUCCGGAUGCCGACUGCUGGUAGCC
(((((((((.(((((((....)..(((((((.((((((((....))))))))...(((...((((......))))...))).))))))))))))).).)))).))))... ( -42.00)
>DroAna_CAF1 128665 81 + 1
-----CUGCUGUAUUUGAUUUCAAGGACACUCGAUGGGGCAGCUGG-------------CCAUGGUCCUGCUCAUCCU-----------GGCUGCUACUAGCUGGUAGCC
-----....(((.((((....)))).)))...((((((.(((..((-------------(....))))))))))))..-----------((((((((.....)))))))) ( -25.40)
>consensus
UGCUGCAGCUGUAUUCGAUUUCAAGGACACUCGAUGGGGCAGCUGCUCUAUC______CCCAUGCUCAUCCCCAUCCUCAUCGGUGUCCGGAUGCCGGCUGCUGGUAGCC
....(((((((((((((....)..(((((((.(((((((.(((....................)))...)))))))......))))))))))))).))))))........ (-26.96 = -28.35 +   1.39)

alignment

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