Locus 8833

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 23,645,154 – 23,645,288
Length 134
Max. P 0.837611
window14181 window14182

overview

Window 1

Location 23,645,154 – 23,645,249
Length 95
Sequences 6
Columns 101
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.20
Mean single sequence MFE -35.80
Consensus MFE -21.14
Energy contribution -24.05
Covariance contribution 2.92
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -3.89
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.74
SVM RNA-class probability 0.837611
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 23645154 95 - 27905053
UCU-GGCCAAUAAAACCCGGGA--AUGGGCCUCAUAAAAUUACGCACUGAGCCUCAAGUGCA--GGGCAUUAAAUCAGCACCCCAGG-UUGGCUGGCUAAG
..(-(((((....((((.(((.--.((((.((((.............)))).)))).((((.--((........)).))))))).))-))...)))))).. ( -29.12)
>DroPse_CAF1 109773 100 - 1
GCUGGGCCAAUAAAACCCGGGAAAACGGGGCUCAUAAAAUUACGCACUGAGGCUCAAGUGCAAUGGCCAUUAAAUCCACACCCGGAG-UCUGGUCUCCGGA
....(((((......((((......))))..............(((((........)))))..))))).............((((((-......)))))). ( -36.20)
>DroSec_CAF1 107004 94 - 1
UCU-GGCCAAUAAAACCCGGGA--AUGAGCCUCAUAAAAUUACGCACUGAGGCUCAAGUGCA--GGGCAUUAAAUCAGCACCCCGGG-UU-GCUGGCUAAG
..(-(((((....((((((((.--.(((((((((.............))))))))).((((.--((........)).))))))))))-))-..)))))).. ( -42.92)
>DroSim_CAF1 105598 94 - 1
UCU-GGCCAAUAAAACCCGGGA--AUGGGCCUCAUAAAAUUACGCACUGAGGCUCAAGUGCA--GGGCAUUAAAUCAGCACCCCGGG-UU-GCUGGCUAAG
..(-(((((....((((((((.--.(((((((((.............))))))))).((((.--((........)).))))))))))-))-..)))))).. ( -42.02)
>DroYak_CAF1 110986 95 - 1
UCU-GGCCAAUAAAACCCGGGA--AUGGACCUCAUAAAAUUACGCACUGAGGCUCAAGUGCA--GGGCAUUAAAUCAGCACCCCGGUUUU-GCUGGCUAAG
..(-(((((.(((((((.(((.--.((..(((((.............)))))..)).((((.--((........)).)))))))))))))-).)))))).. ( -33.82)
>DroAna_CAF1 108132 79 - 1
--U-GGCUAAUAAAAC-CGGGA--AUGGGCCUCAUAAAAUUACGCACUGAGGCUCAAGUGCU--GGGCAUUAAAUCAGCACCCGGAU--------------
--.-...........(-((((.--.(((((((((.............)))))))))..((((--((........)))))))))))..-------------- ( -30.72)
>consensus
UCU_GGCCAAUAAAACCCGGGA__AUGGGCCUCAUAAAAUUACGCACUGAGGCUCAAGUGCA__GGGCAUUAAAUCAGCACCCCGGG_UU_GCUGGCUAAG
....(((((......((((((....(((((((((.............)))))))))(((((.....)))))..........))))))......)))))... (-21.14 = -24.05 +   2.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 23,645,177 – 23,645,288
Length 111
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.53
Mean single sequence MFE -26.49
Consensus MFE -9.85
Energy contribution -10.35
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -3.24
Structure conservation index 0.37
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.563655
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 23645177 111 - 27905053
AUCAGCAAAUAAUAAACAUAAACAGUUUAUUGUCGGC-GCUCU-G-GC-CAAUAAAACCCGGGA--AUGGGCCUCAUAAAAU-UACGCACUGAGCCUCAAGUGCA--GGGCAUUAAAUCA
....((..(((((((((.......)))))))))..))-(((((-(-((-(..............--...)))).........-...(((((........))))))--))))......... ( -30.13)
>DroVir_CAF1 147038 102 - 1
AUCAGCAAAUAAUAAACAUAAACAGUUUAUUGUCGG--GCGCU---GCCCAAUAAAAGC--GAA--AAGCGCCUCAUAAAAU-UACGCAC------UCAAGUGCA--GAGCAUAAAAUAC
....((..(((((((((.......))))))))).((--(((((---.............--...--.)))))))........-...((((------....)))).--..))......... ( -24.13)
>DroGri_CAF1 139565 101 - 1
AUCAGCAAAUAAUAAACAUAAACAGUUUAUUGUCGA--GCGCU---GC-UAAUAAAAGC--GAA--AAGCGCCUCAUAAAAU-UACGCAC------UCAAGUGCA--GAGCAUAAAAUAC
....((..(((((((((.......))))))))).((--(((((---((-(......)))--...--.)))).))).......-...((((------....)))).--..))......... ( -23.70)
>DroWil_CAF1 124488 108 - 1
AUCAGCAAAUAAUAAACAUAAACCGUUUAUUGUCGAC-GCUGG-GAGC-UAAUAAAAGU--GAA--AAGGCCCUCAUAAAAACGAGGCAACAA--UUCAAGUGCA--ACGCAUAAAC-UG
.(((((..(((((((((.......)))))))))....-)))))-..((-......(..(--(((--..(..((((........))))...)..--))))..)...--..))......-.. ( -19.50)
>DroMoj_CAF1 156288 101 - 1
AUCAGCAAAUAAUAAACAUAAACAGUUUAUUGUCGG--GCGCU---GC-UAAUAAAAGC--GAA--AAGCGCCUCAUAAAAU-UACGCAC------UCAAGUGCA--GAGCAUAAAAUAC
....((..(((((((((.......))))))))).((--(((((---((-(......)))--...--.)))))))........-...((((------....)))).--..))......... ( -26.30)
>DroPer_CAF1 108110 117 - 1
AUCAGCAAAUAAUAAACAUAAACAGUUUAUUGUCGGGGGCGCUGG-GC-CAAUAAAACCCGGGAAAACGGGGCUCAUAAAAU-UACGCACUGAGGCUCAAGUGCAAUGGCCAUUAAAUCC
..((((....(((((((.......)))))))((.....))))))(-((-((......((((......))))...........-...(((((........)))))..)))))......... ( -35.20)
>consensus
AUCAGCAAAUAAUAAACAUAAACAGUUUAUUGUCGG__GCGCU___GC_CAAUAAAAGC__GAA__AAGCGCCUCAUAAAAU_UACGCAC______UCAAGUGCA__GAGCAUAAAAUAC
....((..(((((((((.......))))))))).....((((..........................))))..............))............((((.....))))....... ( -9.85 = -10.35 +   0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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