Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,985,422 – 2,985,518 |
Length | 96 |
Max. P | 0.994559 |
Location | 2,985,422 – 2,985,518 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 67.91 |
Mean single sequence MFE | -24.00 |
Consensus MFE | -9.07 |
Energy contribution | -7.77 |
Covariance contribution | -1.30 |
Combinations/Pair | 1.75 |
Mean z-score | -2.70 |
Structure conservation index | 0.38 |
SVM decision value | 2.49 |
SVM RNA-class probability | 0.994559 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2985422 96 + 27905053 GCAUAUGUAUCUCUCCAGCGGUCUCUCAGCCCGUCUGCAAUGCAUUUAAAUGCAGUUUGUGUAUAUAUAUUUAUUAUACGCUGCAUGUGCA--------------UGCUU (((((((((......((((((.(.....).))).)))...(((((....)))))....(((((((.........)))))))))))))))).--------------..... ( -27.10) >DroSec_CAF1 31871 76 + 1 ------------CUCCAGCGGCC--UCAGUCAGUCUGCAAUGCAUUUAAAUGCAGUUUGUAUAUAU------AUUAUAUGCUGCAUGUGCA--------------UGCUU ------------.....((((.(--(.....)).)))).((((((....(((((((.((((.....------..)))).))))))))))))--------------).... ( -21.50) >DroSim_CAF1 29884 82 + 1 ------------CUCCAGCGGCC--UCAGCCAGUCUGCAAUGCAUUUAAAUGCAGUUUGUAUAUAUAUAUUUAUUAUACGCUGCAUGUGCA--------------CGCUU ------------....((((((.--...))).........(((((....(((((((..(((((.(((....))))))))))))))))))))--------------.))). ( -22.50) >DroEre_CAF1 31465 91 + 1 CCAUAUGUAUCUCUCCUGUGGCC--UCAACGAGUCUG-----CAUUUAAAUGCAGUUUGUGUAU----A--UAUUAUACGCUGCAUGUG------CCUGUGGAUUUGCUU (((((.(.......).)))))..--....((((((..-----((.....(((((((..(((((.----.--...))))))))))))...------..))..))))))... ( -25.80) >DroYak_CAF1 39607 101 + 1 CCAUAUGUAUCUCUUCUGUGGCC--UCAGCGAGUCUG-----CAUUUAAAUGCAGUUUGUGUAUAUAUA--UAUUAUACGCCGCAUGUGCAUGAGCCUGUGGAUUUGCUU (((((.((.((....(((((((.--...(((((.(((-----(((....)))))))))))(((((....--...))))))))))).).....)))).)))))........ ( -28.80) >DroAna_CAF1 24496 88 + 1 -------UAUCCCUCGUUCAGUC--UCGACAUGUCUG-----CAUUUAAAUGCAUUUUGUGUAUAUAUA--UAACACACAAUAUAUGUGCA------UAUGGAUUUGCUU -------.((((.(((.......--.)))......((-----(((....)))))...((((((((((((--(........)))))))))))------)).))))...... ( -18.30) >consensus _______UAUCUCUCCAGCGGCC__UCAGCCAGUCUG_____CAUUUAAAUGCAGUUUGUGUAUAUAUA__UAUUAUACGCUGCAUGUGCA______________UGCUU .................(((((......))...................(((((((.((((.............)))).)))))))...................))).. ( -9.07 = -7.77 + -1.30)
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