Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 23,569,795 – 23,569,897 |
Length | 102 |
Max. P | 0.509771 |
Location | 23,569,795 – 23,569,897 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.83 |
Mean single sequence MFE | -42.73 |
Consensus MFE | -28.46 |
Energy contribution | -30.18 |
Covariance contribution | 1.73 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -1.22 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.509771 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 23569795 102 - 27905053 GGAGAGGGUGGCAGGAUGUGCAGCUCCUGCUUGAUGCUAACCGCCUCCAGCGAGGGCGAUGGGCUGUUCAGACUGUCGUAGCUACCGCCAAAUCUGCCA-AGC-- (((((.((((((((..((.(((((((..((.....))....(((((.......)))))..))))))).))..))).........)))))...))).)).-...-- ( -36.70) >DroVir_CAF1 47146 102 - 1 GGCGAGGGUGGCAAUAUAUGUAGCUCCUGCUUAAUGCUACUGGCAUCCAGCGAGGGACACGGACUGCUCAGGCAGUCGUAGCUGCCGUUGUACUUGCCG-UAG-- ((((((....(((((....((((((((((((..((((.....))))..))).)))......((((((....))))))..)))))).))))).)))))).-...-- ( -41.80) >DroPse_CAF1 31113 105 - 1 GGGGAGGGCGGCAGGAUGUGCAGCUCCUGCUUGAUGCUCGAGGCAUCCAACGAGGGCGAGGGGCUGCUCAGACAGUCGUAGCUGCCGUGGAACUUGCCGUAGCCC .(((...((((((((.((.((((((((((((((((((.....)))))......)))).))))))))).))(.((((....)))).)......))))))))..))) ( -49.60) >DroGri_CAF1 43389 102 - 1 GGGGAGGGUGGCAAUAUGUGCAGCUCCUGCUUAAUGCUUGUUGCGUCCAGCGAGGGGCACGGACUGCUCAGGCAAUCGUAGCUGCCGUUAUAUUUGCCG-UAC-- (((.((..(((((.....))).(((((((((..((((.....))))..))).)))))).))..)).))).(((((..(((((....)))))..))))).-...-- ( -39.40) >DroYak_CAF1 34754 102 - 1 GGCGAGGGUGGCAGGAUGUGCAGCUCCUGCUUGAUGCUAACCGCCUCCAGGGAGGGCGAUGGACUGUUCAGGCUGUCGUAGCUACCGCCAAAUCGGCCA-AGU-- (((((.((((((((((.(.....))))))).....(((.....((((....))))(((((((.((....)).))))))))))...))))...)).))).-...-- ( -39.30) >DroPer_CAF1 31319 105 - 1 GGGGAGGGCGGCAGGAUGUGCAGCUCCUGCUUGAUGCUCGAGGCAUCCAACGAGGGCGAGGGGCUGCUCAGACAGUCGUAGCUGCCGUGGAACUUGCCGUAGCCC .(((...((((((((.((.((((((((((((((((((.....)))))......)))).))))))))).))(.((((....)))).)......))))))))..))) ( -49.60) >consensus GGGGAGGGUGGCAGGAUGUGCAGCUCCUGCUUGAUGCUAGAGGCAUCCAGCGAGGGCGACGGACUGCUCAGACAGUCGUAGCUGCCGUCAAACUUGCCG_AGC__ ........((((((((((.((((((((((((.(((((.....))))).))).)))......((((((....))))))..)))))))))....)))))))...... (-28.46 = -30.18 + 1.73)
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