Locus 8793

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	23,487,947 – 23,488,054
Length	107
Max. P	0.997195

overview

Window 2

Location	23,487,947 – 23,488,054
Length	107
Sequences	5
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.58
Mean single sequence MFE	-36.50
Consensus MFE	-33.26
Energy contribution	-33.10
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.61
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	1.61
SVM RNA-class probability	0.967616
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 23487947 107 + 27905053
UUCCCGUCCAUUCAGUGCGUAUACUUAAUACUGAGUGCGGGUGGU--UGUACGACUCUCUGCGUUUGUGU----GUGUUUCUCGGCAAAAUAUCCUGUAUACGCACUGCUGGC
.......(((..((((((((((((...((((.((((((((..(((--(....))))..))))))))))))----.(((......))).........)))))))))))).))). ( -34.90)
>DroSec_CAF1 87221 107 + 1
UGCCCGUCCAUUCAGUGCGUACACUUAAUACUGAGUGCGGGUGGU--GGCACGACUCUCUGCGUUUGUGU----GUGCUUCUCGGCAAAAUAUCCUGUAUACGCACUGCUGGC
.......(((..(((((((((((((((....)))))).(((((..--.(((((((.......).))))))----.((((....))))...)))))....))))))))).))). ( -32.20)
>DroSim_CAF1 76161 107 + 1
UGCCCGUCCAUUCAGUGCGUAUACUUAAUACUGAGUGCGGGUGGU--GGCACGACUCUCUGCGUUUGUGU----GUGUUUCUCGGCAAAAUAUCCUGUAUACGCACUGCUGGC
.......(((..((((((((((((...((((.((((((((..(((--......)))..))))))))))))----.(((......))).........)))))))))))).))). ( -33.30)
>DroEre_CAF1 78073 106 + 1
AG-UCGCCCAUUCAGUGCGUAUACUUAAUAUUGAGUGCGGGUGGU--GGCAUGACGCUCUGCGCUUGUGU----GUGUUUCUCGGCAAAAUAUCCUGUAUACGCACUGCUGGC
..-..(((....((((((((((((...(((((((((((((..(((--(......))))))))))))....----.(((......))).)))))...))))))))))))..))) ( -39.30)
>DroYak_CAF1 78587 112 + 1
UG-UCGCCCAUUCAGUGCGUAUACUUAAUACCGAGUGCGGGUGGUGCGGUAUGACUCUCUGCGCUUGUGUGUGUGUGUUUCUCGGCAAAAUAUCCUGUAUACGCACUGCUGGC
..-..(((....((((((((((((...(((((((((((((..(((........)))..))))))))).))))...(((......))).........))))))))))))..))) ( -42.80)
>consensus
UGCCCGUCCAUUCAGUGCGUAUACUUAAUACUGAGUGCGGGUGGU__GGCACGACUCUCUGCGUUUGUGU____GUGUUUCUCGGCAAAAUAUCCUGUAUACGCACUGCUGGC
.......(((..((((((((((((...((((.(((((((((.(((........))).))))))))))))).....(((......))).........)))))))))))).))). (-33.26 = -33.10 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	23,487,947 – 23,488,054
Length	107
Sequences	5
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.58
Mean single sequence MFE	-34.87
Consensus MFE	-28.85
Energy contribution	-28.73
Covariance contribution	-0.12
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.67
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	2.81
SVM RNA-class probability	0.997195
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 23487947 107 - 27905053
GCCAGCAGUGCGUAUACAGGAUAUUUUGCCGAGAAACAC----ACACAAACGCAGAGAGUCGUACA--ACCACCCGCACUCAGUAUUAAGUAUACGCACUGAAUGGACGGGAA
.(((.((((((((((((..((((((((((..........----........)))))((((((....--......)).)))).)))))..))))))))))))..)))....... ( -31.77)
>DroSec_CAF1 87221 107 - 1
GCCAGCAGUGCGUAUACAGGAUAUUUUGCCGAGAAGCAC----ACACAAACGCAGAGAGUCGUGCC--ACCACCCGCACUCAGUAUUAAGUGUACGCACUGAAUGGACGGGCA
(((..((((((((((((..(((.((((((..........----........)))))).)))((((.--.......))))..........))))))))))))........))). ( -34.87)
>DroSim_CAF1 76161 107 - 1
GCCAGCAGUGCGUAUACAGGAUAUUUUGCCGAGAAACAC----ACACAAACGCAGAGAGUCGUGCC--ACCACCCGCACUCAGUAUUAAGUAUACGCACUGAAUGGACGGGCA
(((..((((((((((((..(((.((((((..........----........)))))).)))((((.--.......))))..........))))))))))))........))). ( -34.87)
>DroEre_CAF1 78073 106 - 1
GCCAGCAGUGCGUAUACAGGAUAUUUUGCCGAGAAACAC----ACACAAGCGCAGAGCGUCAUGCC--ACCACCCGCACUCAAUAUUAAGUAUACGCACUGAAUGGGCGA-CU
(((..((((((((((((..((((((.....(((......----......((((...))))..(((.--.......))))))))))))..))))))))))))....)))..-.. ( -35.30)
>DroYak_CAF1 78587 112 - 1
GCCAGCAGUGCGUAUACAGGAUAUUUUGCCGAGAAACACACACACACAAGCGCAGAGAGUCAUACCGCACCACCCGCACUCGGUAUUAAGUAUACGCACUGAAUGGGCGA-CA
(((..((((((((((((..(((.(((((((...................).)))))).)))((((((.............))))))...))))))))))))....)))..-.. ( -37.53)
>consensus
GCCAGCAGUGCGUAUACAGGAUAUUUUGCCGAGAAACAC____ACACAAACGCAGAGAGUCGUGCC__ACCACCCGCACUCAGUAUUAAGUAUACGCACUGAAUGGACGGGCA
.(((.((((((((((((..((((((((((......................)))))(((((..............).)))).)))))..))))))))))))..)))....... (-28.85 = -28.73 +  -0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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