| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 23,426,319 – 23,426,430 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.563907 |
| Location | 23,426,319 – 23,426,430 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.16 |
| Mean single sequence MFE | -44.50 |
| Consensus MFE | -25.86 |
| Energy contribution | -25.45 |
| Covariance contribution | -0.41 |
| Combinations/Pair | 1.32 |
| Mean z-score | -1.56 |
| Structure conservation index | 0.58 |
| SVM decision value | 0.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.563907 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 23426319 111 - 27905053 GUGCCGAGAGUGGACCACCUUCACAGCCAAGUGCCGGUCGGCUCCC---AUCCAAUCAACGGCACUGGCCGUGGGCAGCACUACGGCACUGUCAAGUGCUCAAUGUGGCUACUA ........(((((.((((.(((((.....(((((((....((((((---.........(((((....)))))))).)))....))))))).....)))...)).))))))))). ( -41.40) >DroVir_CAF1 22060 105 - 1 GUGCCGUGAAUGGACAACUUUUACGUCAAAAUGCCGCUCGGCGCCA---AU------AACAGCGCUGAGCGUGGGCAGUACCACAGCGCUGUCCAGUGCACAGUGCGGCUACUA .((.((((((.(.....).)))))).))....((((((((((((..---..------....)))))))))((((......)))).(((((((.......))))))))))..... ( -45.00) >DroPse_CAF1 20942 105 - 1 GUGUCGGGAGUGGACCACCUUCACUGCCAAGUGCCGCUCCUCCCCG---GU------GACGGCACUGAGCAUCGGCACCACCACGGCCCUGUCGAGUGCCCAGUGUGGCUACUA .....((.((((((.....)))))).)).((((((((......(((---..------..))).((((.(((((((((((.....))...)))))).))).))))))))).))). ( -42.40) >DroMoj_CAF1 23051 105 - 1 GUGCCGCGAGUGGACCACGUUUACGUCCAAGUGCCGUACGGCGCCA---AU------AACGGCGCUGAGUGCGGGCAGCACCACGGCGCUGUCCAGUGCCCAGUGCGGCUACUA (((((((((.(((((.(((....)))...((((((((.(((((((.---..------...))))))).((((.....)))).))))))))))))).)......)))))).)).. ( -50.30) >DroAna_CAF1 18910 114 - 1 GUGUCGCGAGUGGACCACCUUCACGUCCAAGUGUCGAUCCGCUCCAGCAGUGCAGUCGACGGCACUGAGCGUGGGCAGCACCACCGCCCUGUCCAGCGCCCAGUGCGGAUUCUA .........(((((.....)))))((((...(((((((.((((.....))))..)))))))((((((.((((((((((..(....)..))))))).))).)))))))))).... ( -43.60) >DroPer_CAF1 20832 105 - 1 GUGUCGGGAGUGGACCACCUUCACUGCCAAGUGCCGCUCCUCCCCG---GU------GACGGCACUGAGCAUCGGCACCACCACGGCCCUGUCGAGUGCCCAGUGCGGCUACUA .....((.((((((.....)))))).)).((((((((......(((---..------..))).((((.(((((((((((.....))...)))))).))).))))))))).))). ( -44.30) >consensus GUGCCGCGAGUGGACCACCUUCACGGCCAAGUGCCGCUCCGCCCCA___AU______AACGGCACUGAGCGUGGGCAGCACCACGGCCCUGUCCAGUGCCCAGUGCGGCUACUA ..(((....(((((.....))))).....................................((((((.((((((((((..(....)..))))))).))).)))))))))..... (-25.86 = -25.45 + -0.41)
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