Locus 875

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	2,949,538 – 2,949,649
Length	111
Max. P	0.999911

overview

Window 0

Location	2,949,538 – 2,949,649
Length	111
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.02
Mean single sequence MFE	-23.58
Consensus MFE	-23.36
Energy contribution	-23.04
Covariance contribution	-0.32
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.78
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	4.50
SVM RNA-class probability	0.999911
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2949538 111 + 27905053
AUCCACCAGCGCAACAACAACACUGUGUGCGCGAGUAUUUACAACUACAGCUACAACAACACCAGCAGCACACACCACUCCACACACCUUGUAACUUGUUUGUUGUUGUUU
..........((((((((((((.(((((((....(((........))).(((...........))).))))))).......(((.....)))....)).)))))))))).. ( -24.00)
>DroSec_CAF1 29083 111 + 1
AUCCACCAGCGCAACAACAACACUGUGUGCGCGAGUAUUUACAACUACAGCUACAACAACACCAGCAGCACACACCACUCCACACACCUUGUAACUUGUUUGUUGUUGUUU
..........((((((((((((.(((((((....(((........))).(((...........))).))))))).......(((.....)))....)).)))))))))).. ( -24.00)
>DroSim_CAF1 28807 111 + 1
AUCCACCAGCGCAACAACAACACUGUGUGCGCGAGUAUUUACAACUACAGCUACAACAACACCAGCAGCACACACCACUCCACACACCUUGUAACUUGUUUGUUGUUGUUU
..........((((((((((((.(((((((....(((........))).(((...........))).))))))).......(((.....)))....)).)))))))))).. ( -24.00)
>DroEre_CAF1 29995 110 + 1
AUCCACCAGCGCAACAACAACACUGUGUGCGCGAGUAUUUACAACUACAGCUACAAC-ACACCAGCAGCAUACACCACUCCACACACCUUGUAACUUGUUUGUUGUUGUUU
..........((((((((((((.(((((((....(((........))).(((.....-.....))).))))))).......(((.....)))....)).)))))))))).. ( -22.20)
>DroYak_CAF1 36805 110 + 1
AUCCACCAGCGCAACAACAACACCGUGUGCGCGAGUAUUUACAACUACAGCUACAAA-ACACCAGCAGCACACACCACUCCACGCACCUUGUAACUUGUUUGUUGUUGUUU
..........((((((((((((..((((((....(((........))).(((.....-.....))).))))))..........((.....))....)).)))))))))).. ( -23.70)
>consensus
AUCCACCAGCGCAACAACAACACUGUGUGCGCGAGUAUUUACAACUACAGCUACAACAACACCAGCAGCACACACCACUCCACACACCUUGUAACUUGUUUGUUGUUGUUU
..........((((((((((((..((((((....(((........))).(((...........))).))))))........(((.....)))....)).)))))))))).. (-23.36 = -23.04 +  -0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	2,949,538 – 2,949,649
Length	111
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.02
Mean single sequence MFE	-35.56
Consensus MFE	-33.58
Energy contribution	-33.82
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.32
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	3.30
SVM RNA-class probability	0.998956
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2949538 111 - 27905053
AAACAACAACAAACAAGUUACAAGGUGUGUGGAGUGGUGUGUGCUGCUGGUGUUGUUGUAGCUGUAGUUGUAAAUACUCGCGCACACAGUGUUGUUGUUGCGCUGGUGGAU
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>DroSec_CAF1 29083 111 - 1
AAACAACAACAAACAAGUUACAAGGUGUGUGGAGUGGUGUGUGCUGCUGGUGUUGUUGUAGCUGUAGUUGUAAAUACUCGCGCACACAGUGUUGUUGUUGCGCUGGUGGAU
.((((((((((..((..(((((.....)))))..)).(((((((.((.((((((....((((....))))..)))))).))))))))).))))))))))............ ( -36.10)
>DroSim_CAF1 28807 111 - 1
AAACAACAACAAACAAGUUACAAGGUGUGUGGAGUGGUGUGUGCUGCUGGUGUUGUUGUAGCUGUAGUUGUAAAUACUCGCGCACACAGUGUUGUUGUUGCGCUGGUGGAU
.((((((((((..((..(((((.....)))))..)).(((((((.((.((((((....((((....))))..)))))).))))))))).))))))))))............ ( -36.10)
>DroEre_CAF1 29995 110 - 1
AAACAACAACAAACAAGUUACAAGGUGUGUGGAGUGGUGUAUGCUGCUGGUGU-GUUGUAGCUGUAGUUGUAAAUACUCGCGCACACAGUGUUGUUGUUGCGCUGGUGGAU
...((((((((........(((..((((((((((((......(((((.(((..-......))))))))......))))).)))))))..)))))))))))........... ( -35.10)
>DroYak_CAF1 36805 110 - 1
AAACAACAACAAACAAGUUACAAGGUGCGUGGAGUGGUGUGUGCUGCUGGUGU-UUUGUAGCUGUAGUUGUAAAUACUCGCGCACACGGUGUUGUUGUUGCGCUGGUGGAU
.((((((((((..((..((((.......))))..)).(((((((.((.(((((-((...(((....)))..))))))).))))))))).))))))))))............ ( -34.40)
>consensus
AAACAACAACAAACAAGUUACAAGGUGUGUGGAGUGGUGUGUGCUGCUGGUGUUGUUGUAGCUGUAGUUGUAAAUACUCGCGCACACAGUGUUGUUGUUGCGCUGGUGGAU
.((((((((((..((..(((((.....)))))..)).(((((((.((.(((((..(((((((....)))))))))))).))))))))).))))))))))............ (-33.58 = -33.82 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

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