Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,947,219 – 2,947,379 |
Length | 160 |
Max. P | 0.881676 |
Location | 2,947,219 – 2,947,339 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.06 |
Mean single sequence MFE | -52.57 |
Consensus MFE | -44.33 |
Energy contribution | -43.45 |
Covariance contribution | -0.88 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.61 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.543777 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2947219 120 - 27905053 GUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCAGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAGAACUGUACUGUGGCAGUGCACCAGGCGUGCUAUGGCAUUGUGACGGUU ......((((((..((...((..(((((((((((..(.......)..)))))))))))))))..))))))........(((((.(((((((....((....))...))))))).))))). ( -53.20) >DroGri_CAF1 38766 120 - 1 GUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCCGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAAUUGUACGGUUGCUGUGCAUCAGGCAUGCUACGGCAUCGUUACAGUG ......((((((..((...((...((((((((((..(.......)..)))))))))).))))..))))))...((((((((((.(((((((((.....)))).))))))))).)))))). ( -54.00) >DroWil_CAF1 24962 120 - 1 GUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUAUUGUGACGGCCAGAACUGUACUGUCGCAGUGCAUCAGGCAUGUUAUGGCAUCGUAACGGUA .......(((((((((..((((.(((((((((((..(.......)..)))))))))))...(((((((((.((..(((((((...))))))))).))).)))))))))).))))))))). ( -52.90) >DroMoj_CAF1 36726 120 - 1 GUGGGCGGAUGCUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGCACCGUUGCUGUGCAUCAGGCAUGCUAUGGCAUCGUUACCGUA ..(((((((((...)))))))))(((((((((((..(.......)..)))))))))))((.(((((((((.....(((((.......)))))...)))((((....)))))))))).)). ( -48.90) >DroAna_CAF1 32080 120 - 1 GUGGGCGGCUGCUGUGUAUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAGAACUGUACGGUGGCAGUGCACCAGGCGUGCUACGGUAUUGUCACCGUG ....(((((((((((....((..(((((((((((..(.......)..)))))))))))))....)))).)))..))))(((((((((((((....((....))...))))))))))))). ( -52.20) >DroPer_CAF1 28710 120 - 1 GUGGGCGGCUGUUGUGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGCAUGGUUGCCGUGCAUCAGGCAUGCUAUGGCAUCGUGACGGUC ......((((((..(....((..(((((((((((..(.......)..))))))))))))).)..))))))...((((((((((.(((((((((.....)))).))))))))))).)))). ( -54.20) >consensus GUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGUACGGUUGCAGUGCAUCAGGCAUGCUAUGGCAUCGUGACGGUA ..(((((((....))...)))))(((((((((((..(.......)..)))))))))))(((((.((((((.....(((((((...)))))))...)))((((....))))))).))))). (-44.33 = -43.45 + -0.88)
Location | 2,947,259 – 2,947,379 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.22 |
Mean single sequence MFE | -40.00 |
Consensus MFE | -37.57 |
Energy contribution | -36.88 |
Covariance contribution | -0.69 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -1.22 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 0.92 |
SVM RNA-class probability | 0.881676 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2947259 120 - 27905053 CAAGAUUAAAAAGUUCAAGUUGGACGAUAUGAAGGAGAUGGUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCAGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAGAACUGUAC ...........(((((..(((.(.(.((.........)).)).)))((((((..((...((..(((((((((((..(.......)..)))))))))))))))..)))))).))))).... ( -42.10) >DroVir_CAF1 33768 120 - 1 CAAAAUUAAAAAAUUUAAGCUGGACGAUAUGAAGGAAAUGGUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGUAC ..................(((.(....(((.......))).).)))((((((..((...((..(((((((((((..(.......)..)))))))))))))))..)))))).......... ( -39.30) >DroGri_CAF1 38806 120 - 1 CAAAAUUAAAAAGUUUAAGCUGGACGAUAUGAAGGAAAUGGUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCCGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAAUUGUAC ...........(((((..(((.(....(((.......))).).)))((((((..((...((...((((((((((..(.......)..)))))))))).))))..)))))).))))).... ( -38.50) >DroYak_CAF1 34460 120 - 1 CAAGAUAAAAAAGUUCAAGUUGGACGAUAUGAAGGAGAUGGUGGGCGGUUGUUGCGUUUGUUCAGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUAUUGUGACGGCCAGAACUGUAC ...........(((((..(((.(.(.((.........)).)).)))((((((..((.......(((((((((((..(.......)..)))))))))))..))..)))))).))))).... ( -39.30) >DroMoj_CAF1 36766 120 - 1 CAAAAUUAAGAAGUUUAAGCUGGACGAUAUGAAAGAAAUGGUGGGCGGAUGCUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGCAC .........(.(((((..((((.(((................(((((((((...)))))))))(((((((((((..(.......)..)))))))))))..)))..))))..))))).).. ( -38.70) >DroAna_CAF1 32120 120 - 1 CAAGAUUAAAAAGUUCAAGCUGGACGACAUGAAGGAGAUGGUGGGCGGCUGCUGUGUAUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAGAACUGUAC ...........(((((.(((((..((.(((.......))).))..)))))(((((....((..(((((((((((..(.......)..)))))))))))))....)))))..))))).... ( -42.10) >consensus CAAAAUUAAAAAGUUCAAGCUGGACGAUAUGAAGGAAAUGGUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGUAC ...........(((((..(((.(....(((.......))).).)))((((((((((...((..(((((((((((..(.......)..))))))))))))))))))))))).))))).... (-37.57 = -36.88 + -0.69)
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