Locus 874

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 2,947,219 – 2,947,379
Length 160
Max. P 0.881676
window1388 window1389

overview

Window 8

Location 2,947,219 – 2,947,339
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.06
Mean single sequence MFE -52.57
Consensus MFE -44.33
Energy contribution -43.45
Covariance contribution -0.88
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.543777
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2947219 120 - 27905053
GUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCAGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAGAACUGUACUGUGGCAGUGCACCAGGCGUGCUAUGGCAUUGUGACGGUU
......((((((..((...((..(((((((((((..(.......)..)))))))))))))))..))))))........(((((.(((((((....((....))...))))))).))))). ( -53.20)
>DroGri_CAF1 38766 120 - 1
GUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCCGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAAUUGUACGGUUGCUGUGCAUCAGGCAUGCUACGGCAUCGUUACAGUG
......((((((..((...((...((((((((((..(.......)..)))))))))).))))..))))))...((((((((((.(((((((((.....)))).))))))))).)))))). ( -54.00)
>DroWil_CAF1 24962 120 - 1
GUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUAUUGUGACGGCCAGAACUGUACUGUCGCAGUGCAUCAGGCAUGUUAUGGCAUCGUAACGGUA
.......(((((((((..((((.(((((((((((..(.......)..)))))))))))...(((((((((.((..(((((((...))))))))).))).)))))))))).))))))))). ( -52.90)
>DroMoj_CAF1 36726 120 - 1
GUGGGCGGAUGCUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGCACCGUUGCUGUGCAUCAGGCAUGCUAUGGCAUCGUUACCGUA
..(((((((((...)))))))))(((((((((((..(.......)..)))))))))))((.(((((((((.....(((((.......)))))...)))((((....)))))))))).)). ( -48.90)
>DroAna_CAF1 32080 120 - 1
GUGGGCGGCUGCUGUGUAUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAGAACUGUACGGUGGCAGUGCACCAGGCGUGCUACGGUAUUGUCACCGUG
....(((((((((((....((..(((((((((((..(.......)..)))))))))))))....)))).)))..))))(((((((((((((....((....))...))))))))))))). ( -52.20)
>DroPer_CAF1 28710 120 - 1
GUGGGCGGCUGUUGUGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGCAUGGUUGCCGUGCAUCAGGCAUGCUAUGGCAUCGUGACGGUC
......((((((..(....((..(((((((((((..(.......)..))))))))))))).)..))))))...((((((((((.(((((((((.....)))).))))))))))).)))). ( -54.20)
>consensus
GUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGUACGGUUGCAGUGCAUCAGGCAUGCUAUGGCAUCGUGACGGUA
..(((((((....))...)))))(((((((((((..(.......)..)))))))))))(((((.((((((.....(((((((...)))))))...)))((((....))))))).))))). (-44.33 = -43.45 +  -0.88) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 2,947,259 – 2,947,379
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.22
Mean single sequence MFE -40.00
Consensus MFE -37.57
Energy contribution -36.88
Covariance contribution -0.69
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -1.22
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 0.92
SVM RNA-class probability 0.881676
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2947259 120 - 27905053
CAAGAUUAAAAAGUUCAAGUUGGACGAUAUGAAGGAGAUGGUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCAGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAGAACUGUAC
...........(((((..(((.(.(.((.........)).)).)))((((((..((...((..(((((((((((..(.......)..)))))))))))))))..)))))).))))).... ( -42.10)
>DroVir_CAF1 33768 120 - 1
CAAAAUUAAAAAAUUUAAGCUGGACGAUAUGAAGGAAAUGGUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGUAC
..................(((.(....(((.......))).).)))((((((..((...((..(((((((((((..(.......)..)))))))))))))))..)))))).......... ( -39.30)
>DroGri_CAF1 38806 120 - 1
CAAAAUUAAAAAGUUUAAGCUGGACGAUAUGAAGGAAAUGGUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCCGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAAUUGUAC
...........(((((..(((.(....(((.......))).).)))((((((..((...((...((((((((((..(.......)..)))))))))).))))..)))))).))))).... ( -38.50)
>DroYak_CAF1 34460 120 - 1
CAAGAUAAAAAAGUUCAAGUUGGACGAUAUGAAGGAGAUGGUGGGCGGUUGUUGCGUUUGUUCAGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUAUUGUGACGGCCAGAACUGUAC
...........(((((..(((.(.(.((.........)).)).)))((((((..((.......(((((((((((..(.......)..)))))))))))..))..)))))).))))).... ( -39.30)
>DroMoj_CAF1 36766 120 - 1
CAAAAUUAAGAAGUUUAAGCUGGACGAUAUGAAAGAAAUGGUGGGCGGAUGCUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGCAC
.........(.(((((..((((.(((................(((((((((...)))))))))(((((((((((..(.......)..)))))))))))..)))..))))..))))).).. ( -38.70)
>DroAna_CAF1 32120 120 - 1
CAAGAUUAAAAAGUUCAAGCUGGACGACAUGAAGGAGAUGGUGGGCGGCUGCUGUGUAUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAGAACUGUAC
...........(((((.(((((..((.(((.......))).))..)))))(((((....((..(((((((((((..(.......)..)))))))))))))....)))))..))))).... ( -42.10)
>consensus
CAAAAUUAAAAAGUUCAAGCUGGACGAUAUGAAGGAAAUGGUGGGCGGCUGUUGCGUUUGUUCGGACGAGCGGGGGUGGCCGGAGAACCCGCUCGUCUACUGUGACGGCCAAAACUGUAC
...........(((((..(((.(....(((.......))).).)))((((((((((...((..(((((((((((..(.......)..))))))))))))))))))))))).))))).... (-37.57 = -36.88 +  -0.69) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript


Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:54:19 2006