Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 23,322,682 – 23,322,780 |
Length | 98 |
Max. P | 0.663358 |
Location | 23,322,682 – 23,322,780 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 6 |
Columns | 104 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.07 |
Mean single sequence MFE | -30.18 |
Consensus MFE | -28.32 |
Energy contribution | -28.85 |
Covariance contribution | 0.53 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -1.04 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 0.27 |
SVM RNA-class probability | 0.663358 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 23322682 98 + 27905053 AUCCACGCUUGGCUUGGCACAAGUCAAAGCUAGUUGGAAGUCAAUGCGCUUGAGUGCAUUGUGGCCCGGCUUUAUCUU------CUCUUUUCGGGUGCGCUCUG ((((..((((((((((...)))))).)))).((((((....((((((((....))))))))....)))))).......------........))))........ ( -31.00) >DroSec_CAF1 120042 98 + 1 AUCCACGCUUGGCUUGGCACAAGUCAAAGCUAGUUGGAAGUCAAUGCGCUUGAGUGCAUUGUGGCCCGGCUAUAUCUU------CUCUUUUCGGGUGCGCUCUG ((((..((((((((((...)))))).))))(((((((....((((((((....))))))))....)))))))......------........))))........ ( -32.70) >DroSim_CAF1 124344 98 + 1 AUCCACGCUUGGCUUGGCACAAGUCAAAGCUAGUUGGAAGUCAAUGCGCUUGAGUGCAUUGUGGCCCGGCUUUAUCUU------CUCUUUUUGGGUGCGCUCUG (((((.((((((((((...)))))).)))).((((((....((((((((....))))))))....)))))).......------.......)))))........ ( -31.30) >DroEre_CAF1 126256 98 + 1 AUCCACGCUUGGCUUGGCACAAGUCAAAGCUAGUUGGAAGUCAAUGCGCUUGAGUGCAUUGUGGCCCGGCUUUAUCUU------CUCUUUUCGGGUGCGCACUG .((((.(((.((((((((....))).))))))))))))(((.(((((((....)))))))(((((((((.........------......)))))).)))))). ( -31.36) >DroYak_CAF1 131509 98 + 1 AUCCACGCUUGGCUUGGCACAAGUCAAAGCUAGUUGGAAGUCAAUGCGCUUGAGUGCAUUGUGGCCCGGCUUUAUCUU------CACUUUUCGGGUGCGCUCUG ((((..((((((((((...)))))).)))).((((((....((((((((....))))))))....)))))).......------........))))........ ( -31.00) >DroAna_CAF1 115694 93 + 1 AUCUUCGCUUGGCUUGGCACAAGUCAAAGCUAGUUGAAAGUCAAUGCGCUUGAGUGCAUUGUGGCCCGGCUUUAUCUUUUCCAUCUCUUUUCG----------- ......((((((((((...)))))).)))).(((((.....((((((((....)))))))).....)))))......................----------- ( -23.70) >consensus AUCCACGCUUGGCUUGGCACAAGUCAAAGCUAGUUGGAAGUCAAUGCGCUUGAGUGCAUUGUGGCCCGGCUUUAUCUU______CUCUUUUCGGGUGCGCUCUG ((((..((((((((((...)))))).)))).((((((....((((((((....))))))))....)))))).....................))))........ (-28.32 = -28.85 + 0.53)
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