Locus 8711

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 23,287,900 – 23,288,001
Length 101
Max. P 0.944779
window13988

overview

Window 8

Location 23,287,900 – 23,288,001
Length 101
Sequences 6
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.90
Mean single sequence MFE -37.22
Consensus MFE -22.26
Energy contribution -24.23
Covariance contribution 1.98
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 1.35
SVM RNA-class probability 0.944779
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 23287900 101 - 27905053
GAAAUAUUAGGGUC---U--GUGCGAGCAGGUGCGUGGACUUAGGGGGAUCGUUGGAACGC-AAAAUGUGCGAUAUUCUGACAACUCCCCUUGAGUUACUGCGCCCC
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>DroPse_CAF1 89775 92 - 1
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>DroSec_CAF1 85516 101 - 1
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>DroSim_CAF1 88685 101 - 1
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>DroEre_CAF1 91006 101 - 1
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>DroYak_CAF1 88254 104 - 1
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>consensus
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....................((....)).((.(((((((((((((((((..((((((.(((........)))....))))))...)))))))))))..)))))))). (-22.26 = -24.23 +   1.98)

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