Locus 8613

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 23,014,049 – 23,014,153
Length 104
Max. P 0.857710
window13844

overview

Window 4

Location 23,014,049 – 23,014,153
Length 104
Sequences 6
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.68
Mean single sequence MFE -33.08
Consensus MFE -21.26
Energy contribution -19.82
Covariance contribution -1.44
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.81
SVM RNA-class probability 0.857710
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 23014049 104 + 27905053
AACUUAA------AGAU-----GGACUUACCUAUCGUCUUGGUGGCCCUAAGUUCCGCUGGCAUGCCGCAGCAAUAGCCGUUGAGUAGAUGGCUGUUGGUAUUUGAGAUUUCUAA
..(((((------((((-----((......)))))......(((((....((.....)).....)))))..(((((((((((.....)))))))))))...))))))........ ( -31.50)
>DroPse_CAF1 30221 100 + 1
AGAUC----------UC-----AAACUUACCCGUCGUUUUGGUGGCCCUCAGUUCUGGGGGCAUGCCGCAGCAGUAGCCGCUCAGCAGAUGGCUGUUGGUAUUUGAGAUUUCUAA
(((((----------((-----(((..((((....(((.((((((((((((....))))))).))))).)))..((((((.((....))))))))..)))))))))))))).... ( -39.90)
>DroGri_CAF1 21625 103 + 1
-----G-------AGAUUGGCGUAACUUACCCGUUGUCUUGGUGGCUCGUAGUUCUGGUGGUACACCGCAGCAGUAGCCGCUUAGUAGAUGGCUAUUGGUAUUUGAGAUUUCUAA
-----(-------(((((....(((..((((.((..(((.((((((((...(((.(((((...))))).))).).)))))))....)))..))....)))).))).))))))... ( -30.70)
>DroWil_CAF1 20980 110 + 1
AAAUUGAUUACUUAGAU-----UGACUUACCCGUCGUUUUGGUGGCCCUUAAUUCUGUUGGUACGCCACAGCAAUAGCCGCUUAGUAGAUGGUUGUUGGUAUUUGAGAUUUCUAA
..........(((((((-----..(((.(((((((.....((((((.....(((((((.((....)))))).))).)))))).....)))))..)).))))))))))........ ( -27.50)
>DroAna_CAF1 16316 104 + 1
CAUUCUU------UGUU-----GAACUUACCCAUCGUUUUGGUGGCCCUCAGUUCCGAUGGCAUGCCACAGCAAUAGCCGUUGAGCAGAUGGCUAUUGGUAUUUGAGAUUUCUAA
.......------(.(.-----.((..((((....(((.((((((((.((......)).))).))))).)))((((((((((.....))))))))))))))))..).)....... ( -29.00)
>DroPer_CAF1 16162 100 + 1
AGAUC----------UC-----AAACUUACCCGUCGUUUUGGUGGCCCUCAGUUCUGGGGGCAUGCCGCAGCAGUAGCCGCUCAGCAGAUGGCUGUUGGUAUUUGAGAUUUCUAA
(((((----------((-----(((..((((....(((.((((((((((((....))))))).))))).)))..((((((.((....))))))))..)))))))))))))).... ( -39.90)
>consensus
AAAUC________AGAU_____AAACUUACCCGUCGUUUUGGUGGCCCUCAGUUCUGGUGGCAUGCCGCAGCAAUAGCCGCUCAGCAGAUGGCUGUUGGUAUUUGAGAUUUCUAA
...........................((((....(((.((((((((............))).))))).)))((((((((((....)).)))))))))))).............. (-21.26 = -19.82 +  -1.44)

alignment

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secondary structure

Postscript

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