Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,913,996 – 2,914,116 |
Length | 120 |
Max. P | 0.762106 |
Location | 2,913,996 – 2,914,116 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.06 |
Mean single sequence MFE | -50.62 |
Consensus MFE | -42.40 |
Energy contribution | -43.35 |
Covariance contribution | 0.95 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.98 |
Structure conservation index | 0.84 |
SVM decision value | 0.50 |
SVM RNA-class probability | 0.762106 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2913996 120 + 27905053 ACUGGCUUCAAGGUUGGCAUCAACUACCAGCCACCCACCGUGGUGCCUGGAGGUGAUUUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAGGCCUGG .(.((((((..(((((....))))).((((.((((......)))).)))).(((((..(((((..((((((((((((.....)))))))).....))))..)))))))))))))))).). ( -55.80) >DroVir_CAF1 4835 120 + 1 ACUGGCUUCAAGGUAGGCAUCAACUACCAGCCACCCACUGUUGUGCCCGGUGGCGAUUUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUUUGCAUGUUGUCUAACACCACGGCCAUUGCCGAGGCCUGG .(.((((((..(((((.......))))).(((((((((....)))...))))))....(((((..((((((((((((.....)))))))).....))))..))))).....)))))).). ( -54.30) >DroSec_CAF1 4818 120 + 1 ACUGGCUUCAAGGUUGGCAUCAACUACCAGCCACCCACCGUGGUGCCUGGAGGAGAUUUGGCUAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAGGCCUGG .(.((((((..(((((....))))).((((.((((......)))).)))).((.((..(((((..((((((((((((.....)))))))).....))))..))))))).)))))))).). ( -50.40) >DroEre_CAF1 4891 120 + 1 ACUGGCUUCAAGGUCGGCAUCAACUACCAGCCACCCACCGUGGUGCCUGGAGGAGAUUUGGCCAAGGUGCAGCGCGCUGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAGGCCUGG .(.((((((..((((((.(((..((.((((.((((......)))).))))))..)))))))))..(((((((((.((.....)).))))).....))))..(((....))))))))).). ( -48.20) >DroWil_CAF1 5817 120 + 1 ACUGGAUUCAAGGUUGGCAUCAACUACCAGCCCCCCACUGUGGUGCCUGGUGGCGAUUUGGCCAAGGUUCAACGUGCUGUCUGCAUGUUGUCCAACACCACCGCCAUUGCCGAGGCCUGG ...........(((((....))))).((((.((.(....((((((..(((((((......)))..((..((((((((.....)))))))).))...)))).))))))....).)).)))) ( -41.10) >DroYak_CAF1 4694 120 + 1 ACUGGCUUCAAGGUCGGUAUCAACUACCAGCCACCCACCGUGGUGCCUGGAGGAGAUUUGGCCAAGGUGCAGCGUGCUGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCUAUUGCCGAGGCCUGG .(.((((((..((((((.(((..((.((((.((((......)))).))))))..)))))))))..((((((((((((.....)))))))).....))))..(((....))))))))).). ( -53.90) >consensus ACUGGCUUCAAGGUUGGCAUCAACUACCAGCCACCCACCGUGGUGCCUGGAGGAGAUUUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAGGCCUGG .(.((((((..(((.((((((..((.((((.((((......)))).))))))..)))...)))..((.(((((((((.....)))))))))))...)))..(((....))))))))).). (-42.40 = -43.35 + 0.95)
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