| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 23,003,062 – 23,003,165 |
| Length | 103 |
| Max. P | 0.994087 |
| Location | 23,003,062 – 23,003,165 |
|---|---|
| Length | 103 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 112 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 75.62 |
| Mean single sequence MFE | -54.37 |
| Consensus MFE | -28.15 |
| Energy contribution | -29.27 |
| Covariance contribution | 1.12 |
| Combinations/Pair | 1.25 |
| Mean z-score | -2.86 |
| Structure conservation index | 0.52 |
| SVM decision value | 2.45 |
| SVM RNA-class probability | 0.994087 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 23003062 103 + 27905053 ACUGCACUAGUCAGAGCGGCCAGAAGAGCAG---UACUGCUCAGAUUACUACCAAUAAUCGCGGUGGCU---GUGGUGGUCAGCAAUGCGUUCGCAGCGAUU---CCGGCGG .((((......((.(((.(((....(((((.---...))))).(((((.......)))))..))).)))---.))(..(((.((..(((....)))))))).---.).)))) ( -34.40) >DroVir_CAF1 5189 106 + 1 ACGGCGCUGGUCAAAGCCGCCAGCAAUGCGGCCGAGCUACUCAGAUUGCUGGCAAUAAUGGCACUGGCC---GUGGUGGUCAGCAGCGUAUUGGCGGGCAAA---GCGGCCG .((((((((((.......))))))..(((.(((..((((....(.((((((((....(((((....)))---))....)))))))))....)))).)))...---))))))) ( -49.20) >DroPse_CAF1 20874 112 + 1 ACCGCACUGGUCAGCGCCGCCAGCAGAGCAGCCGAGCUGCUCAGAUUGCUCCCAAUGGCGGCGCUGGCCAUGGUGGUGGUCAGCAGUGUGUUGGCCGAGACGGCCUGGGCCG (((((..((((((((((((((....(((((((...)))))))..((((....))))))))))))))))))..)))))(((((((.....)))))))....((((....)))) ( -69.00) >DroMoj_CAF1 8956 106 + 1 ACGGCGCUGGUCAAUGCCGCCAGCAGAGCGGCCGAGCUGCUCAGAUUGCUGCCAAUAAUGGCGCUGGCC---GUGGUGGUCAGCAGUGCAUUGGCUGGCAGG---GCAGCCG .((((((((((....)))((((((.(((((((...)))))))..((((((((((...(((((....)))---))..))).)))))))......))))))..)---)).)))) ( -57.30) >DroAna_CAF1 6917 103 + 1 ACCGCACUGGUCAGGGCGGCCAGGAGCUCGG---AGCUGGUCAGGUUGCUGCCAAUGAUGGCAGUCGCC---GUGGUGGUCAGCAGGGAGUUGGCCUGGAGU---CCGGGGG .((((.((((((.....))))))..))((((---(((((..(((((.(((((((....))))))).)))---....))..)))).(((......)))....)---)))))). ( -47.30) >DroPer_CAF1 6731 112 + 1 ACCGCACUGGUCAGCGCCGCCAGCAGAGCAGCCGAGCUGCUCAGAUUGCUCCCAAUGGCGGCGCUGGCCAUGGUGGUGGUCAGCAGUGUGUUGGCCGAGACGGCCUGGGCCG (((((..((((((((((((((....(((((((...)))))))..((((....))))))))))))))))))..)))))(((((((.....)))))))....((((....)))) ( -69.00) >consensus ACCGCACUGGUCAGAGCCGCCAGCAGAGCAGCCGAGCUGCUCAGAUUGCUGCCAAUAAUGGCGCUGGCC___GUGGUGGUCAGCAGUGUGUUGGCCGGGACG___CCGGCCG (((((...(((((..((((......(((((((...)))))))..((((....))))..))))..)))))...)))))(((((((.....)))))))................ (-28.15 = -29.27 + 1.12)
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