Locus 8607

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 23,002,575 – 23,002,695
Length 120
Max. P 0.881639
window13838

overview

Window 8

Location 23,002,575 – 23,002,695
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.28
Mean single sequence MFE -55.57
Consensus MFE -47.26
Energy contribution -46.93
Covariance contribution -0.33
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -2.19
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.92
SVM RNA-class probability 0.881639
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 23002575 120 + 27905053
ACCGUUGCAGGGCGGCUGGGAGCAGAGCGGACGCAGUUGCUCGCAGUGCUUUCCGGCGCGAUCCGGUGGACAGUGGCAGUAGUAUCCUUCGGGCGUGUUGAGGCAGUGACCCUCCAGACA
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>DroVir_CAF1 4696 120 + 1
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>DroGri_CAF1 9326 120 + 1
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>DroWil_CAF1 9410 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 8463 120 + 1
ACCAUUGCAGGGCGGCUGCGAGCAGAGGGGACGCAGCUGCUCGCAGUGUUUGCCCGCACGAUCUGGCGGACAGUGGCAGUAGUAGCUGCCGGGCGUGUUUAGGCAGCGGCCCUGCAGGCA
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>DroAna_CAF1 6412 120 + 1
ACCGUUGCAGGGCGGCUGCGAGCAGAGAGGACGCAGUUGCUCGCAGUGUUUGCCGGCUCGAUCCGGUGGACAGUGACAGUAGUAGCUGCCGGGCGUAUUGAGACAGUGGCCCUGCAGGCA
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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