Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 22,915,712 – 22,915,808 |
Length | 96 |
Max. P | 0.697099 |
Location | 22,915,712 – 22,915,808 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.00 |
Mean single sequence MFE | -37.97 |
Consensus MFE | -22.33 |
Energy contribution | -22.83 |
Covariance contribution | 0.51 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -1.88 |
Structure conservation index | 0.59 |
SVM decision value | 0.34 |
SVM RNA-class probability | 0.697099 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 22915712 96 + 27905053 GCAACCCCCUGUAUGG------CUGUUGCUGCUGGGGAUUAUAGUAGUUCUG---GGCCGGAGGCUGGUAGUAACGGGGCUGCGGAGCCGGGGGAUUGUAGUAUU (((((((((.......------(((((((((((.(((((((...))))))).---((((...)))))))))))))))((((....))))))))).))))...... ( -41.20) >DroVir_CAF1 11820 105 + 1 GCUGGCCAGAAUAUGGCUGUUGCUGCUGCUGCUGUGGUGCAUAGUAGGGCUGCGGUGCUGGCGGCUGAUAGUAACGCGGCUGUGGUGCAGGAGGGUUAUAGUACU ((.(((((.....)))))...))(((((..(((.(..(((((..((.(((((((.(((((........))))).))))))).)))))))..).)))..))))).. ( -39.10) >DroGri_CAF1 10841 99 + 1 GCUGUCCAUUAUAU------UGCUGCUGCUGUUGUGGUGCAUAGUAGGGCUGUGGCGCCGGUGGCUGAUAGUAUCGCUGCUGUGGUGCCGGUGGAUUAUAGUACU ((((((((((.(((------(((..(((.(((..((((.(......).))))..))).)))..)).))))(((((((....))))))).)))))))...)))... ( -35.20) >DroSec_CAF1 8369 96 + 1 GCAACCCUCUGUAUGG------CUGUUGCUGCUGGGGAUUAUAGUAGUUCUG---GGCCGGCGGCUGGUAGUAACGGGGCUGCGGAGCCGGGGGAUUGUAGUACU (((((((((.......------(((((((((((.(((((((...))))))).---((((...)))))))))))))))((((....))))))))).))))...... ( -38.20) >DroEre_CAF1 8375 96 + 1 GCAACCCCCUGUAUGG------CUGUUGCUGUUGGGGAUUAUAGUAGUUCUG---GGCCGGGGGCUGGUAGUAACGGGGCUGCGGAGCCGGGGGAUUGUAGUACU .....((((...((((------(....))))).))))((((((((..(((((---(.(((.((.((.((....)).)).)).)))..)))))).))))))))... ( -37.40) >DroYak_CAF1 8678 96 + 1 GCAACCCUCUGUAUGG------CUGUUGCUGCUGGGGAUUAUAGUAGUUCUG---UGCCGGGGGCUGGUAGUAGCGGGGCUGCGGAGCCGGGGGAUUGUAGUACU (((((((((.......------(((((((((((.(((((((...))))))).---.(((...))).)))))))))))((((....))))))))).))))...... ( -36.70) >consensus GCAACCCACUGUAUGG______CUGUUGCUGCUGGGGAUUAUAGUAGUUCUG___GGCCGGCGGCUGGUAGUAACGGGGCUGCGGAGCCGGGGGAUUGUAGUACU ((((.(((((............(((((((((((..(((.(......).))).....(((...))).)))))))))))(((......)))))))).))))...... (-22.33 = -22.83 + 0.51)
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