Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,900,810 – 2,900,919 |
Length | 109 |
Max. P | 0.938021 |
Location | 2,900,810 – 2,900,919 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.63 |
Mean single sequence MFE | -33.49 |
Consensus MFE | -24.45 |
Energy contribution | -24.25 |
Covariance contribution | -0.20 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.39 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 1.29 |
SVM RNA-class probability | 0.938021 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2900810 109 + 27905053 UCGUACACCGAGCGCAAGCGCUGUCUGUGUGUGCGUGCGUUUGUGUGAGUGCAGCUGCUUUUGAAUUUUAUUUAGCACAGCUGCCA-----------UAUGCAUUAUAAAUAACACAUCC ..((((((((((((((.((((.........)))).)))))))).))).(.(((((((...((((((...))))))..)))))))).-----------..))).................. ( -34.40) >DroSec_CAF1 7554 108 + 1 UCGUACACCGAGCGCAAGCGCUGUCUGUGUGUGCGUGCGUUUGU-UGAGUGCAGCUGCUUUUGAAUUUUAUUUAGCCCAGCUGCCA-----------UAUGCAUUAUAAAUAACACAUCC ..(((((.((((((((.((((.........)))).)))))))).-)).(.(((((((...((((((...))))))..)))))))).-----------..))).................. ( -31.60) >DroSim_CAF1 8570 109 + 1 UCGUACACCGAGCGCAAGCGCUGUCUGUGUGUGCGUGCGUUUGUGUGAGUGCAGCUGCUUUUGAAUUUUAUUUAGCACAGCUGCCA-----------UAUGCAUUAUAAAUAACACAUCC ..((((((((((((((.((((.........)))).)))))))).))).(.(((((((...((((((...))))))..)))))))).-----------..))).................. ( -34.40) >DroYak_CAF1 8500 105 + 1 UUAUACACCAAGCGCAAGCGCUGUCUGUGUGUGCGUGUGU----GUAUGUGCAGCUGCUUUUCAAUUUUAUUUAGCACAGCUGCCA-----------UAUGCAUUAUAAAUAACACGUCC ..((((((..((((....))))....))))))((((((((----(((((((((((((((..............)))..))))).))-----------)))))))........)))))).. ( -34.94) >DroAna_CAF1 7611 117 + 1 UUAGCCCCCAAGCGCAAGCGCUUUGUGUGUGUGUGUAUGAUUC--CGAGUGCAGCUGCCUUUAAAUUUAAUUUAGCACAGCUGGCAUAAAGCAUACAUAUGCAU-AAAAAUAACACAUCC .........(((((....)))))..((((((((((((((....--...(((((((((...((((((...))))))..))))).))))....)))))))))))))-).............. ( -32.10) >consensus UCGUACACCGAGCGCAAGCGCUGUCUGUGUGUGCGUGCGUUUGUGUGAGUGCAGCUGCUUUUGAAUUUUAUUUAGCACAGCUGCCA___________UAUGCAUUAUAAAUAACACAUCC ..........((((....))))...((((((((((((.............(((((((...((((((...))))))..))))))).............)))))))........)))))... (-24.45 = -24.25 + -0.20)
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