Locus 856

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 2,900,810 – 2,900,919
Length 109
Max. P 0.938021
window1365

overview

Window 5

Location 2,900,810 – 2,900,919
Length 109
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.63
Mean single sequence MFE -33.49
Consensus MFE -24.45
Energy contribution -24.25
Covariance contribution -0.20
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.39
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 1.29
SVM RNA-class probability 0.938021
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2900810 109 + 27905053
UCGUACACCGAGCGCAAGCGCUGUCUGUGUGUGCGUGCGUUUGUGUGAGUGCAGCUGCUUUUGAAUUUUAUUUAGCACAGCUGCCA-----------UAUGCAUUAUAAAUAACACAUCC
..((((((((((((((.((((.........)))).)))))))).))).(.(((((((...((((((...))))))..)))))))).-----------..))).................. ( -34.40)
>DroSec_CAF1 7554 108 + 1
UCGUACACCGAGCGCAAGCGCUGUCUGUGUGUGCGUGCGUUUGU-UGAGUGCAGCUGCUUUUGAAUUUUAUUUAGCCCAGCUGCCA-----------UAUGCAUUAUAAAUAACACAUCC
..(((((.((((((((.((((.........)))).)))))))).-)).(.(((((((...((((((...))))))..)))))))).-----------..))).................. ( -31.60)
>DroSim_CAF1 8570 109 + 1
UCGUACACCGAGCGCAAGCGCUGUCUGUGUGUGCGUGCGUUUGUGUGAGUGCAGCUGCUUUUGAAUUUUAUUUAGCACAGCUGCCA-----------UAUGCAUUAUAAAUAACACAUCC
..((((((((((((((.((((.........)))).)))))))).))).(.(((((((...((((((...))))))..)))))))).-----------..))).................. ( -34.40)
>DroYak_CAF1 8500 105 + 1
UUAUACACCAAGCGCAAGCGCUGUCUGUGUGUGCGUGUGU----GUAUGUGCAGCUGCUUUUCAAUUUUAUUUAGCACAGCUGCCA-----------UAUGCAUUAUAAAUAACACGUCC
..((((((..((((....))))....))))))((((((((----(((((((((((((((..............)))..))))).))-----------)))))))........)))))).. ( -34.94)
>DroAna_CAF1 7611 117 + 1
UUAGCCCCCAAGCGCAAGCGCUUUGUGUGUGUGUGUAUGAUUC--CGAGUGCAGCUGCCUUUAAAUUUAAUUUAGCACAGCUGGCAUAAAGCAUACAUAUGCAU-AAAAAUAACACAUCC
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>consensus
UCGUACACCGAGCGCAAGCGCUGUCUGUGUGUGCGUGCGUUUGUGUGAGUGCAGCUGCUUUUGAAUUUUAUUUAGCACAGCUGCCA___________UAUGCAUUAUAAAUAACACAUCC
..........((((....))))...((((((((((((.............(((((((...((((((...))))))..))))))).............)))))))........)))))... (-24.45 = -24.25 +  -0.20) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript


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