Locus 8499

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	22,697,167 – 22,697,260
Length	93
Max. P	0.986418

overview

Window 1

Location	22,697,167 – 22,697,260
Length	93
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	64.67
Mean single sequence MFE	-24.55
Consensus MFE	-11.67
Energy contribution	-11.87
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.30
Structure conservation index	0.48
SVM decision value	2.04
SVM RNA-class probability	0.986418
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22697167 93 + 27905053
GAGAGUGGGAUGCUGCUGCAGUGCAUUCCACAUGUUGCACACAUAUAU--AUCUAUGUAUAC-AAUGCAA---UA--UAUACUUCCACAUGUGU-------------UUGUUUA
....(((((((((.((....)))))))))))((((((((...((((((--....))))))..-..)))))---))--)((((........))))-------------....... ( -25.10)
>DroSec_CAF1 4020 91 + 1
GAGAGUGGGAUGCUGCCGCAGUGCAUUCCACAUAUUGCACACAUAUAUAUAUAUAUGUAUAU--AUCCGA---UA--UA--C-UGCACAUGUGU-------------UUGUUUA
....(((((((((.........))))))))).....(((((.(((((....)))))((((((--.....)---))--))--)-......)))))-------------....... ( -22.10)
>DroSim_CAF1 3978 89 + 1
GAGAGUGGGAUGCUGCCGCAGUGCAUUCCACAUGUUGCACACAUAUAU--AUAUAUGUAUAU--AUCCAA---UA--UA--C-UGCACAUGUGU-------------UUGUUUA
....(((((((((.........))))))))).....(((.((((((..--......((((((--.....)---))--))--)-.....))))))-------------.)))... ( -22.62)
>DroEre_CAF1 4394 73 + 1
GA--GUGGGAUGCUGUUGCAGUGCAUUCCACAUGCUGCACAUACA----------UGCAUAC---UGCAG-------------UACACAUGUGU-------------CUGUUUA
..--(((((((((.........))))))))).....(((.(((((----------((..(((---....)-------------))..)))))))-------------.)))... ( -25.10)
>DroWil_CAF1 4770 103 + 1
CA--AAUGGAUGCUGCUGCUGUCUAGCAUAUA---UGUACAUACAUAC--A----UCCAUACGAGUGCAUUAAUGUUUGUCUGUGCGUGUGUGUUUGUGUAUGGAUGCAGUUUA
..--..(((((((....)).)))))((((.((---((((((.((((((--(----(.((((.((..(((....)))...)))))).)))))))).)))))))).))))...... ( -30.10)
>DroYak_CAF1 6164 72 + 1
GA--GUGGGAUGCUGCCGCAGUGCAUUCCACAUGCUGCACAUACAUAU--A----UGCAAAC---UGCAA------------------CUGUGU-------------CUGUUUA
..--(((((((((.........))))))))).......(((.(((((.--.----(((....---.))).------------------.)))))-------------.)))... ( -22.30)
>consensus
GA__GUGGGAUGCUGCCGCAGUGCAUUCCACAUGUUGCACACACAUAU__A____UGCAUAC__AUGCAA___UA__UA__C_UGCACAUGUGU_____________CUGUUUA
....(((((((((.........))))))))).......((((((............................................)))))).................... (-11.67 = -11.87 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	22,697,167 – 22,697,260
Length	93
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	64.67
Mean single sequence MFE	-21.80
Consensus MFE	-6.13
Energy contribution	-7.38
Covariance contribution	1.25
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-2.34
Structure conservation index	0.28
SVM decision value	0.95
SVM RNA-class probability	0.887921
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22697167 93 - 27905053
UAAACAA-------------ACACAUGUGGAAGUAUA--UA---UUGCAUU-GUAUACAUAGAU--AUAUAUGUGUGCAACAUGUGGAAUGCACUGCAGCAGCAUCCCACUCUC
.......-------------.(((((((....(((..--..---.)))..(-(((((((((...--...)))))))))))))))))((.((...(((....)))...)).)).. ( -24.00)
>DroSec_CAF1 4020 91 - 1
UAAACAA-------------ACACAUGUGCA-G--UA--UA---UCGGAU--AUAUACAUAUAUAUAUAUAUGUGUGCAAUAUGUGGAAUGCACUGCGGCAGCAUCCCACUCUC
.......-------------(((((((((..-(--((--((---(.(...--.....)))))))...))))))))).......((((.((((.........)))).)))).... ( -20.60)
>DroSim_CAF1 3978 89 - 1
UAAACAA-------------ACACAUGUGCA-G--UA--UA---UUGGAU--AUAUACAUAUAU--AUAUAUGUGUGCAACAUGUGGAAUGCACUGCGGCAGCAUCCCACUCUC
.......-------------.((((((((((-.--((--((---(...((--((((....))))--))..)))))))).)))))))((.((...(((....)))...)).)).. ( -21.80)
>DroEre_CAF1 4394 73 - 1
UAAACAG-------------ACACAUGUGUA-------------CUGCA---GUAUGCA----------UGUAUGUGCAGCAUGUGGAAUGCACUGCAACAGCAUCCCAC--UC
...(((.-------------..(((((((((-------------(....---)))))))----------))).))).......((((.((((.........)))).))))--.. ( -21.90)
>DroWil_CAF1 4770 103 - 1
UAAACUGCAUCCAUACACAAACACACACGCACAGACAAACAUUAAUGCACUCGUAUGGA----U--GUAUGUAUGUACA---UAUAUGCUAGACAGCAGCAGCAUCCAUU--UG
....((((....................(.(((.(((.(((((.((((....)))).))----)--)).))).))).).---....((((....))))))))........--.. ( -20.30)
>DroYak_CAF1 6164 72 - 1
UAAACAG-------------ACACAG------------------UUGCA---GUUUGCA----U--AUAUGUAUGUGCAGCAUGUGGAAUGCACUGCGGCAGCAUCCCAC--UC
.......-------------.....(------------------(((((---((.((((----(--((....)))))))((((.....))))))))))))..........--.. ( -22.20)
>consensus
UAAACAA_____________ACACAUGUGCA_G__UA__UA___UUGCAU__GUAUACA____U__AUAUAUAUGUGCAACAUGUGGAAUGCACUGCAGCAGCAUCCCAC__UC
.....................((((((((........................................))))))))......((((.((((.........)))).)))).... ( -6.13 =  -7.38 +   1.25)

alignment

secondary structure

dotplot

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