Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 22,631,411 – 22,631,520 |
Length | 109 |
Max. P | 0.999906 |
Location | 22,631,411 – 22,631,520 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.69 |
Mean single sequence MFE | -28.10 |
Consensus MFE | -26.20 |
Energy contribution | -26.87 |
Covariance contribution | 0.67 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -3.06 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 4.48 |
SVM RNA-class probability | 0.999906 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 22631411 109 + 27905053 AAAAUU-----CUGUUUUCAUGAAAACUGUCAGAGGCCAAAACUAAAAGCAGACAGAAGAUAAAUAAAGCAAUGCUUAUUGCUGUCCUUUGGCUGUGUGUUUGUCAUGAAAACA ......-----..((((((((((((((.((((((((.(....((......))...............((((((....))))))).)))))))).....)))).)))))))))). ( -28.60) >DroSec_CAF1 79913 109 + 1 AAAAUU-----CUGUUUUCAUGAAAACUGUCAGAGGCCAAAACUAAAAGCAGACACAAGAUAAAUAAAGCAAUGCUUAUUGCUGUCCUUUGGCUGUGUGUUUGUCAUGAAAACA ......-----..((((((((((((((.((((((((.(....((......))...............((((((....))))))).)))))))).....)))).)))))))))). ( -28.60) >DroSim_CAF1 81758 109 + 1 AAAAUU-----CUGUUUUCAUGAAAACUGUCAGAGGCCAAAACUAAAAGCAGACACAAGAUAAAUAAAGCAAUGCUUAUUGCUGUCCUUUGGCUGUGUGUUUGUCAUGAAAACA ......-----..((((((((((((((.((((((((.(....((......))...............((((((....))))))).)))))))).....)))).)))))))))). ( -28.60) >DroEre_CAF1 88062 109 + 1 AAAAUU-----CUGUUUUCAUGAAAACUGUCAGAGGCCAAAACUAAAAGCAGACACAAGAUAAAUAAAGCAAUGCUUAUUGCAGUCCUUUGGCUGUGUGUUUGUCAUGAAAACA ......-----..((((((((((((((.((((((((.(....((......))................(((((....))))).).)))))))).....)))).)))))))))). ( -28.10) >DroYak_CAF1 83176 109 + 1 AAAAUU-----CUGUUUUCAUGAAAACUGUCAGAGGCCAAAACUAAAUGCAGACACAAGAUAAAUAAAGCAAUGCUUAUUGCUGUCCUAUGGCUGUGUGUUUGUCAUGAAAACA ......-----..((((((((((...(((.((.((.......))...)))))(((((..........((((((....))))))(((....)))))))).....)))))))))). ( -26.90) >DroAna_CAF1 81611 114 + 1 AAAAUUCAGCUCUGUUUUCAUGAAAACUGUCAGAGGCCAAAACUAAAAGCAGACACAAGAUAAAUAAAGCACUGCUUAUUGCUGUCCUUUAGCUGUGUGUUUGUCAUGAAAACA .............((((((((((.....((.....))............((((((((((.....(((((.((.((.....)).)).))))).)).)))))))))))))))))). ( -27.80) >consensus AAAAUU_____CUGUUUUCAUGAAAACUGUCAGAGGCCAAAACUAAAAGCAGACACAAGAUAAAUAAAGCAAUGCUUAUUGCUGUCCUUUGGCUGUGUGUUUGUCAUGAAAACA .............((((((((((((((.((((((((.(....((......))...............((((((....))))))).)))))))).....)))).)))))))))). (-26.20 = -26.87 + 0.67)
Location | 22,631,411 – 22,631,520 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.69 |
Mean single sequence MFE | -26.42 |
Consensus MFE | -23.85 |
Energy contribution | -24.21 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.40 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 2.86 |
SVM RNA-class probability | 0.997462 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 22631411 109 - 27905053 UGUUUUCAUGACAAACACACAGCCAAAGGACAGCAAUAAGCAUUGCUUUAUUUAUCUUCUGUCUGCUUUUAGUUUUGGCCUCUGACAGUUUUCAUGAAAACAG-----AAUUUU (((((((((((.((((.((..((((((((((((..(((((.(......).)))))...))))))((.....))))))))...))...))))))))))))))).-----...... ( -26.10) >DroSec_CAF1 79913 109 - 1 UGUUUUCAUGACAAACACACAGCCAAAGGACAGCAAUAAGCAUUGCUUUAUUUAUCUUGUGUCUGCUUUUAGUUUUGGCCUCUGACAGUUUUCAUGAAAACAG-----AAUUUU (((((((((((.((((((((((...(((...((((((....))))))...)))...))))))..(((.........)))........))))))))))))))).-----...... ( -25.70) >DroSim_CAF1 81758 109 - 1 UGUUUUCAUGACAAACACACAGCCAAAGGACAGCAAUAAGCAUUGCUUUAUUUAUCUUGUGUCUGCUUUUAGUUUUGGCCUCUGACAGUUUUCAUGAAAACAG-----AAUUUU (((((((((((.((((((((((...(((...((((((....))))))...)))...))))))..(((.........)))........))))))))))))))).-----...... ( -25.70) >DroEre_CAF1 88062 109 - 1 UGUUUUCAUGACAAACACACAGCCAAAGGACUGCAAUAAGCAUUGCUUUAUUUAUCUUGUGUCUGCUUUUAGUUUUGGCCUCUGACAGUUUUCAUGAAAACAG-----AAUUUU (((((((((((.((((.((..(((((..(((((....(((((.(((............)))..))))).))))))))))...))...))))))))))))))).-----...... ( -26.20) >DroYak_CAF1 83176 109 - 1 UGUUUUCAUGACAAACACACAGCCAUAGGACAGCAAUAAGCAUUGCUUUAUUUAUCUUGUGUCUGCAUUUAGUUUUGGCCUCUGACAGUUUUCAUGAAAACAG-----AAUUUU (((((((((((.((((...(((.(((((((.((((((....)))))).......))))))).)))......(((.........))).))))))))))))))).-----...... ( -27.50) >DroAna_CAF1 81611 114 - 1 UGUUUUCAUGACAAACACACAGCUAAAGGACAGCAAUAAGCAGUGCUUUAUUUAUCUUGUGUCUGCUUUUAGUUUUGGCCUCUGACAGUUUUCAUGAAAACAGAGCUGAAUUUU (((((((((((.((((...(((....(((..(((...(((((((((............))).))))))...)))....))))))...)))))))))))))))............ ( -27.30) >consensus UGUUUUCAUGACAAACACACAGCCAAAGGACAGCAAUAAGCAUUGCUUUAUUUAUCUUGUGUCUGCUUUUAGUUUUGGCCUCUGACAGUUUUCAUGAAAACAG_____AAUUUU (((((((((((.((((.((..((((((((((((((((....))))).............)))))((.....))))))))...))...)))))))))))))))............ (-23.85 = -24.21 + 0.36)
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