Locus 8415

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 22,428,091 – 22,428,208
Length 117
Max. P 0.630636
window13549

overview

Window 9

Location 22,428,091 – 22,428,208
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.33
Mean single sequence MFE -47.40
Consensus MFE -35.90
Energy contribution -35.82
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.20
SVM RNA-class probability 0.630636
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22428091 117 + 27905053
AUACCCUGGCCAAGCUGCAGGCCGAGCAACGCGCCCUGGCCGAGAUCUCAAAGCAGUUGCGCAAGUCUGUGGAGGAUUUGCUCAGCGCCGAUGGC---GAGACGGUGGUGGAAACUCAGA
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>DroPse_CAF1 81601 117 + 1
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>DroGri_CAF1 101743 120 + 1
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>DroWil_CAF1 65323 117 + 1
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>DroMoj_CAF1 151528 117 + 1
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>DroAna_CAF1 67197 117 + 1
AUACUCUGGCCCAGCUCCAGGCGGAGCAACGAGCGCUGGCCGAGAUCUCAAAGCAGCUGCGCAAAUCCGUCGAGGAUUUGCUCAGCGCCGAUGGC---GGCACUGUAGUGGAGACACAAC
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>consensus
ACACACUGGCCCAGCUGCAGGCCGAGCAGCGUGCCCUGGCCGAGAUCUCAAAGCAGCUGCGCAAAUCUGUCGAGGAUUUGCUCAGCGCCGAUGGC___GGCACUGUGGUGGAAACACAAC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:10:55 2006