Locus 8354

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 22,289,996 – 22,290,122
Length 126
Max. P 0.620221
window13460 window13461

overview

Window 0

Location 22,289,996 – 22,290,093
Length 97
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.61
Mean single sequence MFE -19.53
Consensus MFE -11.40
Energy contribution -12.68
Covariance contribution 1.28
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.09
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.620221
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22289996 97 + 27905053
CCCCUACCGG-----CCAGCAACAUUGGCC---ACCAGCCAAUCCAGCCGAUUAUUAUGCAUAAUAAUAGCCAAUUUCCAGCUGACAAAUGUGCACACGUUUACC
........((-----((((.....))))))---..((((.......((..(((((((....))))))).)).........))))..((((((....))))))... ( -19.39)
>DroSec_CAF1 6167 95 + 1
--CCUCCCGC-----CCAGCAACAUUGGCC---ACCAGCCAAUCCAGCCUAUUAAUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUCCAGCUGACAAAUGUGCAAACGUUUACC
--........-----...((...((((((.---....))))))...)).........((((((....((((.........)))).....)))))).......... ( -17.10)
>DroSim_CAF1 5848 95 + 1
--CCUCAAAC-----CCAGCAACAUUGGAC---CACAGCCAAUCCAGUCUAUUAUUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUCCAGCUGACAAAUGUGCACACGUUUACC
--........-----.((((...(((((..---.....)))))...(.((.((((((....)))))).)).)........))))..((((((....))))))... ( -14.00)
>DroEre_CAF1 5686 93 + 1
----CCCCGC-----CCAGCAACAUUGGCC---ACCGGCCAUUCCAGCCGAUUAUUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUCCAGCUGACAAAUGUGCACACGUUUGCC
----......-----.((((...((((((.---..((((.......)))).((((((....))))))..)))))).....)))).(((((((....))))))).. ( -23.70)
>DroYak_CAF1 5837 94 + 1
---CCCCCGC-----CCAGCAACAUUGGCC---CCCGGCCAUUGCAGCCGAUUAUUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUGCAGCUGACAAAUGUGCACACGUUUACC
---.....((-----...((((.((((((.---..((((.......)))).((((((....))))))..)))))))))).))....((((((....))))))... ( -21.90)
>DroAna_CAF1 5391 99 + 1
--GCUCGAACUCCUCCUCCCAUGGUCGGCCUGGCCUAGCCAA----CCCGAUUAUUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUCCAGCUCACAAUUGCGCACACGUUUAGC
--(((.((((..........((((((((..((((...)))).----.))))))))..(((.((((...(((.........)))....)))).)))...))))))) ( -21.10)
>consensus
__CCUCCCGC_____CCAGCAACAUUGGCC___ACCAGCCAAUCCAGCCGAUUAUUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUCCAGCUGACAAAUGUGCACACGUUUACC
..................((...((((((........))))))...)).........((((((....((((.........)))).....)))))).......... (-11.40 = -12.68 +   1.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 22,290,021 – 22,290,122
Length 101
Sequences 6
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.64
Mean single sequence MFE -27.42
Consensus MFE -20.40
Energy contribution -20.98
Covariance contribution 0.59
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -3.17
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.16
SVM RNA-class probability 0.610333
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22290021 101 + 27905053
ACCAGCCAAUCCAGCCGAUUAUUAUGCAUAAUAAUAGCCAAUUUCCAGCUGACAAAUGUGCACACGUUUACCAGCUUGUUGGGCAGCAAUUAUGCAUCAUA
...................(((.(((((((((....(((.....(.(((((..((((((....))))))..))))).)...)))....))))))))).))) ( -24.90)
>DroSec_CAF1 6190 101 + 1
ACCAGCCAAUCCAGCCUAUUAAUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUCCAGCUGACAAAUGUGCAAACGUUUACCAGCUUGUUGGGCAGCAAUUAUGCAUCAUA
.......................(((((((((..(.(((.....(.(((((..((((((....))))))..))))).)...))).)..))))))))).... ( -24.50)
>DroSim_CAF1 5871 101 + 1
CACAGCCAAUCCAGUCUAUUAUUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUCCAGCUGACAAAUGUGCACACGUUUACCAGCUUGUUGGGCAGCAAUUAUGCAUCAUA
...................(((.(((((((((..(.(((.....(.(((((..((((((....))))))..))))).)...))).)..))))))))).))) ( -24.90)
>DroEre_CAF1 5707 101 + 1
ACCGGCCAUUCCAGCCGAUUAUUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUCCAGCUGACAAAUGUGCACACGUUUGCCAGCUUGUUGCGCUGCAAUUAUGCAGCAUA
..((((.......)))).......((((((((..((((((((....(((((.(((((((....))))))).))))).)))).))))..))))))))..... ( -37.60)
>DroYak_CAF1 5859 101 + 1
CCCGGCCAUUGCAGCCGAUUAUUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUGCAGCUGACAAAUGUGCACACGUUUACCAGCUUGUUGGGCAGCAAUUAUGCAUCAUA
..((((.......))))..(((.(((((((((..(.(((.....(((((((..((((((....))))))..)))).)))..))).)..))))))))).))) ( -31.30)
>DroAna_CAF1 5422 97 + 1
CCUAGCCAA----CCCGAUUAUUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUCCAGCUCACAAUUGCGCACACGUUUAGCGGCUUGUUGGCCAGAAAUUAUGCAUCAUG
.........----......(((.(((((((((....((((((..((.((........))((.........))))...)))))).....))))))))).))) ( -21.30)
>consensus
ACCAGCCAAUCCAGCCGAUUAUUAUGCAUAAUAACAGCCAAUUUCCAGCUGACAAAUGUGCACACGUUUACCAGCUUGUUGGGCAGCAAUUAUGCAUCAUA
...................(((.(((((((((..(.((((((....(((((..((((((....))))))..))))).)))).)).)..))))))))).))) (-20.40 = -20.98 +   0.59)

alignment

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