Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 22,284,953 – 22,285,053 |
Length | 100 |
Max. P | 0.836113 |
Location | 22,284,953 – 22,285,053 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.29 |
Mean single sequence MFE | -47.48 |
Consensus MFE | -31.36 |
Energy contribution | -32.75 |
Covariance contribution | 1.39 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -3.61 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.73 |
SVM RNA-class probability | 0.836113 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 22284953 100 + 27905053 ACCAUCUUCAUCACCAGCACCAACAGCAGUGGCGUGCCACCGGUGGCCACUCUGCUGGGUCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU---GACCCCGGACACUUGGA .(((.........((.((.(((.(((.((((((.((((...))))))))))))).)))))..))(((((((((((.....)))---)))))))).....))). ( -48.70) >DroSec_CAF1 1150 100 + 1 ACCAUCUUCAUCACCAGCACCAACAGCAGUGGCGUGCCUCCGGUGGCCACUCUGCUGGGUCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU---GACCCCGGACACUUGGA .(((.........((.((.(((.(((.((((((.((((...))))))))))))).)))))..))(((((((((((.....)))---)))))))).....))). ( -48.70) >DroSim_CAF1 851 100 + 1 ACCAUCUUCAUAACCAGCACCAACAGCAGUGGCGUGCCUCCGGUGGCCACUCUGCUGGGUCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU---GACCCCGGACACUUGGA .(((.........((.((.(((.(((.((((((.((((...))))))))))))).)))))..))(((((((((((.....)))---)))))))).....))). ( -48.70) >DroEre_CAF1 880 100 + 1 ACCAUCUACAUCAGCAGCACCAACAGCAGUGGCGUGCCUCCGGUGGCCACGCUGCUGGGUCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU---GACCCCGGACACGUGGA ....(((((.((((((((..(....)..(((((.((((...)))))))))))))))))....(.(((((((((((.....)))---)))))))).)..))))) ( -51.80) >DroYak_CAF1 873 100 + 1 ACCAUCUUCAUCAGCACCACCAACAGCAGUGGCGUGCCGCCGGUGGCCACACUGCUGGGCCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU---GACCCCGGACACCUGGA .......................((((((((..(.((((....))))).))))))))..((((((((((((((((.....)))---))))))))...))))). ( -52.80) >DroAna_CAF1 742 97 + 1 G----GUUCAUUGG--AUAGCAAUGACAGUAGCAUCACGGCAGUGGCCACUCUGCUGGAUCGCACCGGAAUCACUAUUCCGGUGAUGACCACGGACACCUGGA .----..((((((.--....))))))(((.........(((....)))..((((.(((.((((((((((((....))))))))).))))))))))...))).. ( -34.20) >consensus ACCAUCUUCAUCACCAGCACCAACAGCAGUGGCGUGCCUCCGGUGGCCACUCUGCUGGGUCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU___GACCCCGGACACUUGGA ...................(((.(((.((((((.(((.....)))))))))))).))).((((((((((((((((.....)))...))))))))...))))). (-31.36 = -32.75 + 1.39)
Location | 22,284,953 – 22,285,053 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.29 |
Mean single sequence MFE | -49.08 |
Consensus MFE | -33.12 |
Energy contribution | -34.43 |
Covariance contribution | 1.31 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -2.73 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.24 |
SVM RNA-class probability | 0.647902 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 22284953 100 - 27905053 UCCAAGUGUCCGGGGUC---ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGACCCAGCAGAGUGGCCACCGGUGGCACGCCACUGCUGUUGGUGCUGGUGAUGAAGAUGGU .(((..(((((((((((---(((.....))))))))))(((.(..(((((((((((((..((...))...)))))).)))))))..).)))))))....))). ( -50.40) >DroSec_CAF1 1150 100 - 1 UCCAAGUGUCCGGGGUC---ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGACCCAGCAGAGUGGCCACCGGAGGCACGCCACUGCUGUUGGUGCUGGUGAUGAAGAUGGU .(((..(((((((((((---(((.....))))))))))(((.(..(((((((((((((..((...))...)))))).)))))))..).)))))))....))). ( -50.40) >DroSim_CAF1 851 100 - 1 UCCAAGUGUCCGGGGUC---ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGACCCAGCAGAGUGGCCACCGGAGGCACGCCACUGCUGUUGGUGCUGGUUAUGAAGAUGGU .(((.....((((((((---(((.....)))))))))))((.(..(((((((((((((..((...))...)))))).)))))))..).)).........))). ( -49.90) >DroEre_CAF1 880 100 - 1 UCCACGUGUCCGGGGUC---ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGACCCAGCAGCGUGGCCACCGGAGGCACGCCACUGCUGUUGGUGCUGCUGAUGUAGAUGGU .(((((.(.((((((((---(((.....)))))))))))).))..(((((((((((((..((...))...))))).))))))))..((((....)))).))). ( -51.90) >DroYak_CAF1 873 100 - 1 UCCAGGUGUCCGGGGUC---ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGGCCCAGCAGUGUGGCCACCGGCGGCACGCCACUGCUGUUGGUGGUGCUGAUGAAGAUGGU .(((((...((((((((---(((.....)))))))))))))))).(((.((((...(((((((((((((......))))))))))))))))).......))). ( -58.50) >DroAna_CAF1 742 97 - 1 UCCAGGUGUCCGUGGUCAUCACCGGAAUAGUGAUUCCGGUGCGAUCCAGCAGAGUGGCCACUGCCGUGAUGCUACUGUCAUUGCUAU--CCAAUGAAC----C ..(((......(.((((..(((((((((....))))))))).)))))((((..(((((....)))))..)))).)))((((((....--.))))))..----. ( -33.40) >consensus UCCAAGUGUCCGGGGUC___ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGACCCAGCAGAGUGGCCACCGGAGGCACGCCACUGCUGUUGGUGCUGCUGAUGAAGAUGGU .(((.....((((((((....((....))..))))))))......(((((((((((((..((...))...)))))).)))))))...............))). (-33.12 = -34.43 + 1.31)
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