Locus 8349

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 22,278,921 – 22,279,018
Length 97
Max. P 0.993710
window13453

overview

Window 3

Location 22,278,921 – 22,279,018
Length 97
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.42
Mean single sequence MFE -38.66
Consensus MFE -31.87
Energy contribution -33.58
Covariance contribution 1.71
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.64
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 2.42
SVM RNA-class probability 0.993710
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22278921 97 + 27905053
GCCUACUUGAUCUAUAUGUGCUCCGAAACGCACUAUGAAAAGGUGCGUCAUUUGGGUUUGGAUUACACACAUGUGGGUCAAUGCAAUAGAG-----------------------UCUAGU
((....((((((((((((((.(((((((((((((.......)))))))..))))))..((.....)))))))))))))))).)).......-----------------------...... ( -31.60)
>DroSec_CAF1 417 120 + 1
GCCUACUUGAUCUACAUGUGCUCCGAAACGCACUACGAAAAGGUGCGUCAUUUGGGUUUGGAUUACACACAUGUGGGUCAAUGCAAUAGAGCUGAAGAUAGCUAGCUUCAGUAGUCAAGU
((....((((((((((((((.(((((((((((((.......)))))))..))))))..((.....)))))))))))))))).))......(((((((........)))))))........ ( -41.80)
>DroSim_CAF1 7581 120 + 1
GCCUACUUGAUCUACAUGUGCUCCGAAACGCACUACGAAAAGGUGCGUCAUUUGGGUUUGGAUUACACACUUGUGGGUCAAUGCAAUAGAGCUGAAGAUAGCUAGCUUCAGUAGUCAAGU
((....((((((((((.(((.(((((((((((((.......)))))))..))))))..((.....))))).)))))))))).))......(((((((........)))))))........ ( -37.50)
>DroEre_CAF1 7615 120 + 1
GCCUACUUGAUCUACAUGUGCUCCGAAACGCACUACGAAAAGGUGCGUCAUUUGGGUUUGGAUCACUCACAUGUGGGUCAAAGCAAUAGAGCUGAAGAUAGCGGGCUUGAGUAGUCAGAU
(.((((((((((((((((((.(((((((((((((.......)))))))........)))))).....)))))))))))).((((......((((....))))..)))))))))).).... ( -41.40)
>DroYak_CAF1 7687 120 + 1
GCCUACUUGAUCUACAUGUGCUCCGAGACGCACUACGAAAAGGUGCGUCAUUUGGGCUUGGAUUACACACAUGUGGGUCAAAGCAAUAGAACCGAAGAUAGCCAGCUUGUGUAGUCGAGU
....((((((.(((((((.(((((((((((((((.......))))))))..))))((((.((((.(((....))))))).))))...................))).))))))))))))) ( -41.00)
>consensus
GCCUACUUGAUCUACAUGUGCUCCGAAACGCACUACGAAAAGGUGCGUCAUUUGGGUUUGGAUUACACACAUGUGGGUCAAUGCAAUAGAGCUGAAGAUAGCUAGCUUCAGUAGUCAAGU
(.((((((((((((((((((.(((((((((((((.......)))))))........)))))).....)))))))))))))).......((((((........))))))..)))).).... (-31.87 = -33.58 +   1.71)

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