Locus 8260

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 22,112,912 – 22,113,004
Length 92
Max. P 0.609731
window13321

overview

Window 1

Location 22,112,912 – 22,113,004
Length 92
Sequences 6
Columns 103
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.08
Mean single sequence MFE -25.87
Consensus MFE -11.08
Energy contribution -11.97
Covariance contribution 0.89
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.43
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.609731
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22112912 92 - 27905053
UGUACU---GCUGUGCAUAUGGAUCUGU----CCGCGUGU--GUGUUCUACCAAAAUGUAAAUACAUAUUGCUGCCAGUAGAGGUAGAUGUAUUUGCCAGC--
....((---((((.(((...(((....)----))((((((--(((((.(((......))))))))))).)))))))))))).((((((....))))))...-- ( -29.60)
>DroPse_CAF1 68229 78 - 1
UGUAUAGUAGAUGUGCAUAUGGAUG--------CGCGUGU--G-------CACACAUGUAAAUGCAUA------CAAGUCGAGGUAGAUGUAUUUGCCAGC--
......(((.((((((((....)))--------))))).)--)-------)......(((((((((((------(........)))..)))))))))....-- ( -22.40)
>DroEre_CAF1 36223 92 - 1
UGUACC---GCUGUGCAUAUGGAUCUGU----CCGCGUGU--GUGUUCUACCAAAAUGUAAAUACAUAUUGCUGCCAGUAGAGGUAGAUGUAUUUGCCAGC--
......---((((.(((.(((.((((..----..((((((--(((((.(((......))))))))))).))).(((......))))))).))).)))))))-- ( -27.50)
>DroYak_CAF1 35378 92 - 1
UGUACC---GCUGUGCAUAUGGAUCUGU----CCGCGUGU--GUGUUCUACCAAAAUGUAAAUACAUAUUGCUGCCAGUAGAGGUAGAUGUAUUUGCCAAC--
....(.---.(((.(((...(((....)----))((((((--(((((.(((......))))))))))).)))))))))..).((((((....))))))...-- ( -25.90)
>DroAna_CAF1 36739 100 - 1
UUUACU---CCUGCGCAUAUGGAUCUGUGCCUCCAUGUGUAAAUGUUGUACGUAAAUGUAAAUACAUAUUGCUACAAGAAGAGGUAGAUGUAUUUGCCAGUGA
.....(---((((.(((.(((.((((..((((((((......)))(((((.((((((((....)))).)))))))))...))))))))).))).)))))).)) ( -27.40)
>DroPer_CAF1 70168 78 - 1
UGUAUAGUAGAUGUGCAUAUGGAUG--------CGCGUGU--G-------CACACAUGUAAAUGCAUA------CAAGUCGAGGUAGAUGUAUUUGCCAGC--
......(((.((((((((....)))--------))))).)--)-------)......(((((((((((------(........)))..)))))))))....-- ( -22.40)
>consensus
UGUACA___GCUGUGCAUAUGGAUCUGU____CCGCGUGU__GUGUUCUACCAAAAUGUAAAUACAUAUUGCUGCAAGUAGAGGUAGAUGUAUUUGCCAGC__
..............((((.(((..........))).)))).................((((((((((....((((........))))))))))))))...... (-11.08 = -11.97 +   0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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