Locus 8233

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 22,064,847 – 22,064,967
Length 120
Max. P 0.921332
window13269 window13270

overview

Window 9

Location 22,064,847 – 22,064,967
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.17
Mean single sequence MFE -36.24
Consensus MFE -26.97
Energy contribution -29.57
Covariance contribution 2.60
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 1.14
SVM RNA-class probability 0.921332
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22064847 120 + 27905053
UAACUGUGGCUCUCAAACUGCUGUUUGAUUUGCCUGUUUGCACAAAAGCGAGCCGGGUCGAACCAAACUUGAAUACAGCUAAGCAAAUAUUAGCCCGGCUCAGAGCAGUUCAGCCAGCUA
......(((((....(((((((((((....(((......)))...))))(((((((((..(......((((........))))......)..)))))))))..))))))).))))).... ( -39.80)
>DroSec_CAF1 56850 98 + 1
UAACUGUGGCUCUCAAAAUGCUGUUUGAUUUGCCUGUUUGC----------------------UGUACUUGAAUACAGCUAAGCAAAUAUUAGCCCGGCUCAGAGCAGCUCAGCCAGCUA
......(((((........(((((((.....((((((((((----------------------((((......)))))).)))))...........)))...)))))))..))))).... ( -27.10)
>DroSim_CAF1 49830 120 + 1
UAACUGUGGCUCUCAAACUGCUGUUUGAUUUGCCUGUUUGCACAAAAGCGAGCCGGGUCGAACCAAACUUGAAUACAGCUAAGCAAAUAUUAGCCCGGCUCAGAGCAGCUCAGCCAGCUA
......(((((.((((((....))))))...((.(((((((......))(((((((((..(......((((........))))......)..))))))))).)))))))..))))).... ( -39.00)
>DroEre_CAF1 51406 119 + 1
UAACUGUGGCUCUCAAACUGCUGUUUGAUUUGCCUGUUUGCACAAAAGCGAGCCGGGUCGAACCAAACUUGAAUACAGCUAAGCAAAUAUUAGCCCGG-UCAGAGCAGCUCAGCCAGAUA
....(.(((((......((((((((((.(((((((((((((......))))).)))).)))).)))))((((.....(((((.......)))))....-)))))))))...))))).).. ( -36.20)
>DroYak_CAF1 59237 120 + 1
UAACUGUGGCUCUCAAACUGCUGUUUGAUUUGCCUGUUUGCACAAAAGCGAGCCGGGUCGAACCAAACUUGAAUACAGCUAAGCAAAUAUUAGCCCGGCUCAGAGCAGCUCAGCCAGAUA
....(.(((((.((((((....))))))...((.(((((((......))(((((((((..(......((((........))))......)..))))))))).)))))))..))))).).. ( -39.10)
>consensus
UAACUGUGGCUCUCAAACUGCUGUUUGAUUUGCCUGUUUGCACAAAAGCGAGCCGGGUCGAACCAAACUUGAAUACAGCUAAGCAAAUAUUAGCCCGGCUCAGAGCAGCUCAGCCAGCUA
......(((((.((((((....)))))).....((((((((......))(((((((((.........((((........)))).........))))))))).))))))...))))).... (-26.97 = -29.57 +   2.60)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 22,064,847 – 22,064,967
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.17
Mean single sequence MFE -38.41
Consensus MFE -28.36
Energy contribution -30.48
Covariance contribution 2.12
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.34
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.91
SVM RNA-class probability 0.879318
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22064847 120 - 27905053
UAGCUGGCUGAACUGCUCUGAGCCGGGCUAAUAUUUGCUUAGCUGUAUUCAAGUUUGGUUCGACCCGGCUCGCUUUUGUGCAAACAGGCAAAUCAAACAGCAGUUUGAGAGCCACAGUUA
(((((((((((((((((..((((((((.........(((.((((.......)))).)))....))))))))(((..(((....)))))).........))))))))...))))..))))) ( -40.72)
>DroSec_CAF1 56850 98 - 1
UAGCUGGCUGAGCUGCUCUGAGCCGGGCUAAUAUUUGCUUAGCUGUAUUCAAGUACA----------------------GCAAACAGGCAAAUCAAACAGCAUUUUGAGAGCCACAGUUA
(((((((((.((.....)).)))).((((....(((((((.(((((((....)))))----------------------))....)))))))(((((......))))).))))..))))) ( -31.90)
>DroSim_CAF1 49830 120 - 1
UAGCUGGCUGAGCUGCUCUGAGCCGGGCUAAUAUUUGCUUAGCUGUAUUCAAGUUUGGUUCGACCCGGCUCGCUUUUGUGCAAACAGGCAAAUCAAACAGCAGUUUGAGAGCCACAGUUA
((((((((.((((((...((((((((((((((((..((...)).)))))..)))))))))))...))))))))...(((....)))(((...((((((....))))))..))).)))))) ( -42.30)
>DroEre_CAF1 51406 119 - 1
UAUCUGGCUGAGCUGCUCUGA-CCGGGCUAAUAUUUGCUUAGCUGUAUUCAAGUUUGGUUCGACCCGGCUCGCUUUUGUGCAAACAGGCAAAUCAAACAGCAGUUUGAGAGCCACAGUUA
....(((((((((((.((.((-((((((((((((..((...)).)))))..))))))))).))..))))))(((..(((....))))))...((((((....)))))).)))))...... ( -36.90)
>DroYak_CAF1 59237 120 - 1
UAUCUGGCUGAGCUGCUCUGAGCCGGGCUAAUAUUUGCUUAGCUGUAUUCAAGUUUGGUUCGACCCGGCUCGCUUUUGUGCAAACAGGCAAAUCAAACAGCAGUUUGAGAGCCACAGUUA
....(((((((((((((..((((((((.........(((.((((.......)))).)))....))))))))(((..(((....)))))).........))))))))...)))))...... ( -40.22)
>consensus
UAGCUGGCUGAGCUGCUCUGAGCCGGGCUAAUAUUUGCUUAGCUGUAUUCAAGUUUGGUUCGACCCGGCUCGCUUUUGUGCAAACAGGCAAAUCAAACAGCAGUUUGAGAGCCACAGUUA
((((((((((((((......(((..(((........)))..))).......)))))))).......(((((.......(((......)))..((((((....))))))))))).)))))) (-28.36 = -30.48 +   2.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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