Locus 8222

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 22,057,546 – 22,057,746
Length 200
Max. P 0.999240
window13234 window13235 window13236 window13237 window13238

overview

Window 4

Location 22,057,546 – 22,057,666
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.83
Mean single sequence MFE -42.74
Consensus MFE -37.54
Energy contribution -38.22
Covariance contribution 0.68
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.51
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 1.02
SVM RNA-class probability 0.901427
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22057546 120 + 27905053
ACUCGGCCGCGAAAGUACUUUUGCCCACCAUCUCGGAUGAUGGUGGCUCAGAUGCGGAAAGUGGAGCCGGAGUUCAACUGAUGCCCGUACAGGAGCACUCACUGUCAGAUAGAAAUCAGA
((((((((((....))((((((((((((((((......)))))))).......)).)))))).).))).))))....(((((((((.....)).)).....((((...))))..))))). ( -37.71)
>DroSec_CAF1 49619 120 + 1
ACUCGGCCGCGAAAGUACUUCUGCCCACCAUCUCGGAUGAUGGUGGCUCAGAUGCGGAAAGUGGAACCGGAGUUCAGCUGAUGCCCGUACAGGAGCACUCACUGUCUGAUAGAAAUCAGA
((((((((((....(((..((((.((((((((......))))))))..))))))).....))))..)).)))).(((.((((((((.....)).))).))))))((((((....)))))) ( -43.80)
>DroSim_CAF1 42303 120 + 1
ACUCGGCCGCGAAAGUACUUCUGCCCACCAUCUCGGAUGAUGGUGGCUCAGAUGCGGAAAGUGGAACCGGAGUUCAGCUGAUGCCCGUACAGGAGCACUCCCUGUCCGAUAGAAAUCAGA
((((((((((....(((..((((.((((((((......))))))))..))))))).....))))..)).))))....(((((...((.(((((.......))))).))......))))). ( -41.20)
>DroEre_CAF1 44072 120 + 1
AUUCGGCCGCGAAAGUCCUUCUGCCCACCAUCUCCGAUGAUGGUGGCUCAGAUGCGGAAAGCGGCACCGGAGUUCAGCUGAUGCCCGUGCAGGAGCACUCACUGUCUGAUAGAAAUCAGA
.(((((((((.....(((.((((.((((((((......))))))))..))))...)))..)))))..))))...(((.((((((((.....)).))).))))))((((((....)))))) ( -48.50)
>DroYak_CAF1 51864 120 + 1
AUUCGGCCGCGAAAGUCCUUCUGCCCACCAUAUCCGAUGAUGGUGGCUCAGAUGCGGAAAGUGGUACCGGAGUUCAGCUGAUGCCCGUGCAGGAGCACUCACUGUCUGAUAGAAAUCAGA
.(((((((((.....(((.((((.(((((((........)))))))..))))...)))..))))..)))))...(((.((((((((.....)).))).))))))((((((....)))))) ( -42.50)
>consensus
ACUCGGCCGCGAAAGUACUUCUGCCCACCAUCUCGGAUGAUGGUGGCUCAGAUGCGGAAAGUGGAACCGGAGUUCAGCUGAUGCCCGUACAGGAGCACUCACUGUCUGAUAGAAAUCAGA
..((((((((....((...((((.((((((((......))))))))..)))).)).....))))..))))....(((.((((((((.....)).))).))))))((((((....)))))) (-37.54 = -38.22 +   0.68)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 22,057,546 – 22,057,666
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.83
Mean single sequence MFE -43.23
Consensus MFE -38.82
Energy contribution -39.34
Covariance contribution 0.52
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.64
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 1.66
SVM RNA-class probability 0.970678
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22057546 120 - 27905053
UCUGAUUUCUAUCUGACAGUGAGUGCUCCUGUACGGGCAUCAGUUGAACUCCGGCUCCACUUUCCGCAUCUGAGCCACCAUCAUCCGAGAUGGUGGGCAAAAGUACUUUCGCGGCCGAGU
...((.(((...((((..((..((((....))))..)).))))..))).))(((((..................((((((((......))))))))((.(((....))).)))))))... ( -35.20)
>DroSec_CAF1 49619 120 - 1
UCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGUACGGGCAUCAGCUGAACUCCGGUUCCACUUUCCGCAUCUGAGCCACCAUCAUCCGAGAUGGUGGGCAGAAGUACUUUCGCGGCCGAGU
((((((....))))))((((..((((((......))))))..)))).((((.((.........((((.((((..((((((((......)))))))).)))).(......))))))))))) ( -45.40)
>DroSim_CAF1 42303 120 - 1
UCUGAUUUCUAUCGGACAGGGAGUGCUCCUGUACGGGCAUCAGCUGAACUCCGGUUCCACUUUCCGCAUCUGAGCCACCAUCAUCCGAGAUGGUGGGCAGAAGUACUUUCGCGGCCGAGU
...........((((...(..((((((.((((...(((.((((.((.....(((.........))))).))))))).((((((((...)))))))))))).))))))..)....)))).. ( -44.30)
>DroEre_CAF1 44072 120 - 1
UCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGCACGGGCAUCAGCUGAACUCCGGUGCCGCUUUCCGCAUCUGAGCCACCAUCAUCGGAGAUGGUGGGCAGAAGGACUUUCGCGGCCGAAU
((((((....))))))((((..((((((......))))))..)))).......(.(((((..(((...((((..((((((((......)))))))).)))).))).....)))))).... ( -49.40)
>DroYak_CAF1 51864 120 - 1
UCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGCACGGGCAUCAGCUGAACUCCGGUACCACUUUCCGCAUCUGAGCCACCAUCAUCGGAUAUGGUGGGCAGAAGGACUUUCGCGGCCGAAU
((((((....))))))((((..((((((......))))))..)))).....((((.......(((...((((..(((((((........))))))).)))).)))........))))... ( -41.86)
>consensus
UCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGUACGGGCAUCAGCUGAACUCCGGUUCCACUUUCCGCAUCUGAGCCACCAUCAUCCGAGAUGGUGGGCAGAAGUACUUUCGCGGCCGAGU
((((((....))))))((((..((((((......))))))..)))).....(((.........((((.((((..((((((((......)))))))).)))).(......))))))))... (-38.82 = -39.34 +   0.52)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 22,057,586 – 22,057,706
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.83
Mean single sequence MFE -34.65
Consensus MFE -29.06
Energy contribution -29.78
Covariance contribution 0.72
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.46
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.38
SVM RNA-class probability 0.713538
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22057586 120 - 27905053
UUUAUUUCACCACUGGCUGUUUGCAGAGUAAGCAUAAUGUUCUGAUUUCUAUCUGACAGUGAGUGCUCCUGUACGGGCAUCAGUUGAACUCCGGCUCCACUUUCCGCAUCUGAGCCACCA
.....((((..(((((.(((((((((((((..(((..((((..(((....))).)))))))..)))).)))))..)))))))))))))....(((((..............))))).... ( -30.04)
>DroSec_CAF1 49659 120 - 1
UUGAUCUCACCACUCGCUGUUUGCAGAGUCAGCAUAAUGUUCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGUACGGGCAUCAGCUGAACUCCGGUUCCACUUUCCGCAUCUGAGCCACCA
..........(((((((((((((.((((((((.(......))))).))))..)))))))))))))..........(((.((((.((.....(((.........))))).))))))).... ( -35.50)
>DroSim_CAF1 42343 120 - 1
UUGAUCUCACCACUGGCUGUUUGCAGAGUCAGCAUAAUGUUCUGAUUUCUAUCGGACAGGGAGUGCUCCUGUACGGGCAUCAGCUGAACUCCGGUUCCACUUUCCGCAUCUGAGCCACCA
.............(((((...(((.((((((((...((((((.(((....)))(.((((((.....)))))).)))))))..)))).)))).((.........)))))....)))))... ( -33.80)
>DroEre_CAF1 44112 120 - 1
UUGAUCUCACCACUGGCUGUUUGCAGAGUCAGCAUAAUAUUCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGCACGGGCAUCAGCUGAACUCCGGUGCCGCUUUCCGCAUCUGAGCCACCA
((((((((..(((((((((..........)))).......((((((....))))))))))).((((....))))))).))))).....(((.(((((........))))).)))...... ( -37.40)
>DroYak_CAF1 51904 120 - 1
UUGAUCUCACCACUGGCCGUUUGCAGAGUCAGCAUAAUAUUCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGCACGGGCAUCAGCUGAACUCCGGUACCACUUUCCGCAUCUGAGCCACCA
.............((((((..(((.((((((((.......((((((....))))))..((..((((....))))..))....)))).)))).((.........)))))..)).))))... ( -36.50)
>consensus
UUGAUCUCACCACUGGCUGUUUGCAGAGUCAGCAUAAUGUUCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGUACGGGCAUCAGCUGAACUCCGGUUCCACUUUCCGCAUCUGAGCCACCA
.............(((((...(((.((((((((.......((((((....))))))...(((.(((((......)))))))))))).)))).((.........)))))....)))))... (-29.06 = -29.78 +   0.72)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 7

Location 22,057,626 – 22,057,746
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.25
Mean single sequence MFE -41.34
Consensus MFE -37.18
Energy contribution -36.58
Covariance contribution -0.60
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.38
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 3.46
SVM RNA-class probability 0.999240
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22057626 120 + 27905053
AUGCCCGUACAGGAGCACUCACUGUCAGAUAGAAAUCAGAACAUUAUGCUUACUCUGCAAACAGCCAGUGGUGAAAUAAAGAGGAACUACUCCGCCAGACAGCUGCCCCUGUUGGGCACU
.((((((.(((((.(((....(((((....................(((.......))).........(((((.......(((......))))))))))))).))).))))))))))).. ( -37.21)
>DroSec_CAF1 49699 120 + 1
AUGCCCGUACAGGAGCACUCACUGUCUGAUAGAAAUCAGAACAUUAUGCUGACUCUGCAAACAGCGAGUGGUGAGAUCAAGAGGAACUACUCCGCUAGGCAGCUGCCCCUGUUGGGCACU
.((((((.((((((((.(((((..((((((....)))))).((((.(((((..........)))))))))))))).....(((......))).))).(((....)))))))))))))).. ( -47.20)
>DroSim_CAF1 42383 120 + 1
AUGCCCGUACAGGAGCACUCCCUGUCCGAUAGAAAUCAGAACAUUAUGCUGACUCUGCAAACAGCCAGUGGUGAGAUCAAGAGGAACUACUCCGCCAGACAGCUGCCCCUGUUGGGCACU
.((((((.(((((.(((....(((((.(...((..(((...((((..((((..........)))).)))).)))..))..(((......)))...).))))).))).))))))))))).. ( -38.20)
>DroEre_CAF1 44152 120 + 1
AUGCCCGUGCAGGAGCACUCACUGUCUGAUAGAAAUCAGAAUAUUAUGCUGACUCUGCAAACAGCCAGUGGUGAGAUCAAGAGGAACUACUCCGCCAGGCAGCUGCCCCUGUUGGGCACU
.((((((.(((((.((.((((((.((((((....)))))).......((((...(((....))).)))))))))).....(((......))).))..(((....)))))))))))))).. ( -43.40)
>DroYak_CAF1 51944 120 + 1
AUGCCCGUGCAGGAGCACUCACUGUCUGAUAGAAAUCAGAAUAUUAUGCUGACUCUGCAAACGGCCAGUGGUGAGAUCAAGAGGAACUACUCCGCCAGGCAGCUGCCCUUGUUGGGCACU
.((((.(.((.(((((((.(((((((((((....)))))).......((((..........))))))))))))((.((.....)).)).))))))).))))..(((((.....))))).. ( -40.70)
>consensus
AUGCCCGUACAGGAGCACUCACUGUCUGAUAGAAAUCAGAACAUUAUGCUGACUCUGCAAACAGCCAGUGGUGAGAUCAAGAGGAACUACUCCGCCAGGCAGCUGCCCCUGUUGGGCACU
.((((((.(((((.(((....(((((((.............((((((((((..........))))..)))))).......(((......)))...))))))).))).))))))))))).. (-37.18 = -36.58 +  -0.60)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 22,057,626 – 22,057,746
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.25
Mean single sequence MFE -46.52
Consensus MFE -39.82
Energy contribution -40.54
Covariance contribution 0.72
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.91
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 3.35
SVM RNA-class probability 0.999060
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22057626 120 - 27905053
AGUGCCCAACAGGGGCAGCUGUCUGGCGGAGUAGUUCCUCUUUAUUUCACCACUGGCUGUUUGCAGAGUAAGCAUAAUGUUCUGAUUUCUAUCUGACAGUGAGUGCUCCUGUACGGGCAU
.((((((.((((((((((((((((((.(((((((.......))))))).))).....(((((((...)))))))....................))))))...)))))))))..)))))) ( -44.70)
>DroSec_CAF1 49699 120 - 1
AGUGCCCAACAGGGGCAGCUGCCUAGCGGAGUAGUUCCUCUUGAUCUCACCACUCGCUGUUUGCAGAGUCAGCAUAAUGUUCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGUACGGGCAU
.((((((.(((((((((((((((.....).))))))...............((((((((((((.((((((((.(......))))).))))..))))))))))))))))))))..)))))) ( -50.50)
>DroSim_CAF1 42383 120 - 1
AGUGCCCAACAGGGGCAGCUGUCUGGCGGAGUAGUUCCUCUUGAUCUCACCACUGGCUGUUUGCAGAGUCAGCAUAAUGUUCUGAUUUCUAUCGGACAGGGAGUGCUCCUGUACGGGCAU
.((((((.(((((((((...(((.((.((((...)))).)).)))(((.((.((((((........)))))).....(((.(((((....))))))))))))))))))))))..)))))) ( -47.00)
>DroEre_CAF1 44152 120 - 1
AGUGCCCAACAGGGGCAGCUGCCUGGCGGAGUAGUUCCUCUUGAUCUCACCACUGGCUGUUUGCAGAGUCAGCAUAAUAUUCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGCACGGGCAU
.((((((..((((((.(((((((.....).)))))).)))))).......(((((((((..........)))).......((((((....))))))))))).((((....)))))))))) ( -46.50)
>DroYak_CAF1 51944 120 - 1
AGUGCCCAACAAGGGCAGCUGCCUGGCGGAGUAGUUCCUCUUGAUCUCACCACUGGCCGUUUGCAGAGUCAGCAUAAUAUUCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGCACGGGCAU
..(((((.....)))))..((((((((((((((..((.....)).(((((..((((((.......).)))))........((((((....))))))..))))))))))).)).)))))). ( -43.90)
>consensus
AGUGCCCAACAGGGGCAGCUGCCUGGCGGAGUAGUUCCUCUUGAUCUCACCACUGGCUGUUUGCAGAGUCAGCAUAAUGUUCUGAUUUCUAUCAGACAGUGAGUGCUCCUGUACGGGCAU
.((((((..(((((((.(((....)))((((......))))..........(((.((((((((.((((((((.(......))))).))))..)))))))).))))))))))...)))))) (-39.82 = -40.54 +   0.72)

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