Locus 8193

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 22,018,721 – 22,018,831
Length 110
Max. P 0.802689
window13184

overview

Window 4

Location 22,018,721 – 22,018,831
Length 110
Sequences 5
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.82
Mean single sequence MFE -37.82
Consensus MFE -33.82
Energy contribution -33.86
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.49
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 0.62
SVM RNA-class probability 0.802689
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22018721 110 - 27905053
AAGCGGGCCGCGCACGCGCUUUAGCCUCAUUUGGCAUGCGGACCAGAUACCGUGCAAAACACAUUAUGUUUAUGAGGCUACCAGGCGAGUAUGUGACUAAGUCGCUGGAU
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>DroSec_CAF1 17013 110 - 1
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>DroSim_CAF1 9004 110 - 1
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>DroEre_CAF1 10860 110 - 1
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>DroYak_CAF1 18105 110 - 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

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