Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 21,856,293 – 21,856,397 |
Length | 104 |
Max. P | 0.569012 |
Location | 21,856,293 – 21,856,397 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 85.90 |
Mean single sequence MFE | -34.20 |
Consensus MFE | -28.41 |
Energy contribution | -27.88 |
Covariance contribution | -0.53 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.64 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.569012 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 21856293 104 + 27905053 ----------CGUUUGU------UUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACG ----------.....((------((((..((.(((((((...))))))).))..))))))((((((((((.....))))))))))........(((((.((((...)))).))))).... ( -31.30) >DroVir_CAF1 43732 113 + 1 ---GCU----CGUAUGUGCGUCGAUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGAAACGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGUCGCUUAUAUGGUUGCG ---((.----....(((((........((((((((((((...)))))))....)))))..((((((((((.....)))))))))))))))...(((((.((((...)))).))))).)). ( -37.20) >DroGri_CAF1 37753 113 + 1 ---GUU----CGUUUGUUCGUCACUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACUGCUCGAGUAACGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGUCGCUUAUAUGGUUACG ---...----.((.(((........((((((((((((((...)))))))....)))))))((((((((((.....))))))))))))).))..(((((.((((...)))).))))).... ( -32.40) >DroWil_CAF1 44261 98 + 1 ----------------U------GCUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUUGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACG ----------------(------((..((((((((((((...)))))))....)))))..((((((((((.....))))))))))))).....(((((.((((...)))).))))).... ( -28.60) >DroMoj_CAF1 42978 113 + 1 ---GUU----CACUUGUGCGUCGCUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAGCCGCUCGAGUAACGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGUCGCUUAUAUGGUUACG ---...----.(((((.(((..(((..(.((((......)))).)..)))))).))))).((((((((((.....))))))))))........(((((.((((...)))).))))).... ( -38.00) >DroPer_CAF1 41325 114 + 1 CUCGAUCUUGGGUUUGU------UUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGACGCGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACG .....((((((((..((------(((.(.((((......)))).)))))).))))))))(((((((((((.....))))))))))).......(((((.((((...)))).))))).... ( -37.70) >consensus ___G_U____CGUUUGU______CUUGCUCGAUUUUCAUAUCGUGAGAACCGCUCGAGAAACGUCGUGUGUUUCCCACGCGAUGUGCACACCUGCCAUUUAAGACGCUUAUAUGGUUACG ...........................((((((((((((...)))))))....)))))..((((((((((.....))))))))))........(((((.((((...)))).))))).... (-28.41 = -27.88 + -0.53)
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