Locus 8125

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 21,828,894 – 21,828,998
Length 104
Max. P 0.779397
window13068

overview

Window 8

Location 21,828,894 – 21,828,998
Length 104
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.58
Mean single sequence MFE -31.68
Consensus MFE -27.17
Energy contribution -26.82
Covariance contribution -0.36
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.779397
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21828894 104 + 27905053
GAGCGCUGGAGAGGCA----CCCAACCACACUUAUAUGGUGUGCUAUUGACUCUGUAAUAUCUUUAAUAUGGGAUGUUGUUACACUACAUUGGCACACGCUCUUGCUG
(((((((.....))).----..................((((((((.((....(((((((((((......)))))))...))))...)).))))))))))))...... ( -28.80)
>DroVir_CAF1 10269 108 + 1
UAGCCAGUGUGAGGCACAGGCCGAGCCACACUUAUAUGGUGUGCUAUUGACUCUGUAAUAUCUUUAAUAUGGGAUGUUGUUACACUGCAUUGGCACACGCGCACGUUG
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>DroPse_CAF1 9935 102 + 1
--GAGUUGGAGAGGCA----CCCAACCACACUUAUAUGGUGUGCUAUUGACUCUGUAAUAUCUUUAAUAUGGGAUGUUGUUACACUACAUUGGCACACGCUCUGGCUG
--.(((..(((.((..----.....))...........((((((((.((....(((((((((((......)))))))...))))...)).)))))))).)))..))). ( -29.90)
>DroMoj_CAF1 7169 108 + 1
CAGCGAGUGCGGGGCACCAGCCGAGCCACACUUAUAUGGUGUGCUAUUGACUCUGUAAUAUCUUUAAUAUGGGAUGUUGUUACACUGCAUUGGCACACGCGCACGCUG
(((((.(((((.(((....)))..((((........))))((((((.((.(..(((((((((((......)))))))...))))..))).)))))).))))).))))) ( -40.70)
>DroAna_CAF1 8944 104 + 1
CACAGAUGAAGAGGCA----CCCAACCACACUUAUAUGGUGUGCUAUUGACUCUGUAAUAUCUUUAAUAUGGGAUGUUGUUACACUACAUUGGCACACGCUCUUUCUG
..((((..(((((.(.----........((......))((((((((.((....(((((((((((......)))))))...))))...)).)))))))))))))))))) ( -26.00)
>DroPer_CAF1 9646 102 + 1
--GAGUUGGAGAGGCA----CCCAACCACACUUAUAUGGUGUGCUAUUGACUCUGUAAUAUCUUUAAUAUGGGAUGUUGUUACACUACAUUGGCACACGCUCUGGCUG
--.(((..(((.((..----.....))...........((((((((.((....(((((((((((......)))))))...))))...)).)))))))).)))..))). ( -29.90)
>consensus
_AGAGAUGGAGAGGCA____CCCAACCACACUUAUAUGGUGUGCUAUUGACUCUGUAAUAUCUUUAAUAUGGGAUGUUGUUACACUACAUUGGCACACGCUCUCGCUG
....(((((((.((......))................((((((((.((....(((((((((((......)))))))...))))...)).)))))))).))))))).. (-27.17 = -26.82 +  -0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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