Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 21,810,956 – 21,811,076 |
Length | 120 |
Max. P | 0.762751 |
Location | 21,810,956 – 21,811,076 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.17 |
Mean single sequence MFE | -40.70 |
Consensus MFE | -24.99 |
Energy contribution | -24.55 |
Covariance contribution | -0.44 |
Combinations/Pair | 1.45 |
Mean z-score | -1.77 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 0.51 |
SVM RNA-class probability | 0.762751 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 21810956 120 - 27905053 UCUGGGUAUCUUUAGAUUUGAGCGUCAGGGAGGUUAUGUAGCGCAGUGGCGUAUGGGCUAUAUAACCCUGGGUGGCCUUGUUGAGCGUAUCCGUAAACAAAGCUCGUAGCUCAGCAGAAC ((((...(((....)))((((((.((((((...(((((((((.((........)).)))))))))))))))..(((.(((((..(((....))).))))).)))....)))))))))).. ( -40.30) >DroVir_CAF1 111455 120 - 1 UCUGCGUGUCCUUGGACUUGAGUGUUAAGGAAGUUAUGUAGCGCAGCGGGGUGUGUGCUAUGUAGCCUUGCGUGGCUUUAUUUAAGGUAUCUGUGAAAAGAGCUCGCAACUCAGCGGAAC (((((..(((....))).(((((.........(((((((((((((........)))))))))))))..((((.((((((.((((((....)).)))).)))))))))))))))))))).. ( -42.40) >DroGri_CAF1 94763 120 - 1 UCUGUGUGUCCUUUGACUUAAGCGUUAAAGAGGUUAUAUAGCGCAGCGGUGUGUGCGCUAUAUAUCCUUGUGUGGCCUUGUUCAGCGUAUCCGUAAAGAGAGCGCGCAGCUCAGCGGAGC ..((((((..((((((..((((.((((..((((.(((((((((((........))))))))))).))))...)))))))).)).(((....)))..))))..))))))((((....)))) ( -44.00) >DroWil_CAF1 93671 120 - 1 UUUGGGUAUCUUUAGAUUUAAGUGUCAGUGAGGUAAUGUAUCGCAAUGGCGUAUGCGCUAUAUAUCCUUGUGUGGCCUUGUUUAAAGUAUCCGUGAAAAGAGCUCGCAAUUCCGCUGAAC ...(((((.((((((((..(((.(((((..(((..(((((.((((........)))).)))))..)))..).))))))))))))))))))))((((.......))))............. ( -32.70) >DroMoj_CAF1 116746 120 - 1 UUUGCGUGUCCUUGGACUUGAGCGUUAACGAAGUUAUGUAGCGCAGUGGUGUGUGGGCUAUAUAGCCCUGCGUAGCUUUAUUCAGAGUAUCCGUAAAGAGAGCGCGUAGCUCAGCGGAAC ...((..(((....)))....))......((((((((((((((((....)))))(((((....))))))))))))))))..........(((((.....((((.....)))).))))).. ( -39.90) >DroAna_CAF1 80820 120 - 1 UUUGGGUGUCCUUCGAUUUCAGCGUAAGCGAGGUUAUAUAUCUCAGAGGAGUAUGGGCUAUGUAACCUUGGGUGGCUUUAUUGAGGGUAUCCGUGAACAGAGCUCGCAGCUCCGCAGAGC ...(((((.((((((((...(((.((..((((((((((((.((((........)))).))))))))))))..)))))..)))))))))))))((((.......)))).((((....)))) ( -44.90) >consensus UCUGGGUGUCCUUAGACUUGAGCGUUAACGAGGUUAUGUAGCGCAGUGGCGUAUGGGCUAUAUAACCUUGCGUGGCCUUAUUCAGAGUAUCCGUAAAAAGAGCUCGCAGCUCAGCGGAAC ...(((((((....))).((((.((((..((((((((((((((((........))))))))))))))))...)))))))).....................))))((......))..... (-24.99 = -24.55 + -0.44)
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