Locus 8112

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 21,791,317 – 21,791,437
Length 120
Max. P 0.821157
window13050

overview

Window 0

Location 21,791,317 – 21,791,437
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.11
Mean single sequence MFE -52.65
Consensus MFE -40.81
Energy contribution -40.90
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.89
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.68
SVM RNA-class probability 0.821157
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21791317 120 + 27905053
GUGAAUCCGUUAUGUUCUGGCGCAUCAAGAUGGACACAUGGGUGGCAACUGGGCUGACGGCUGCUAUCCUGGGCCUGAUUGCCACGCUCGCCAUCCUGGUGUUCAUUGUGGUGCGCAUCU
...................((((((((.(((((((((..(((((((...(((((....((((.(......))))).....))).))...)))))))..))))))))).)))))))).... ( -49.60)
>DroVir_CAF1 87921 120 + 1
GUGAGAGUGUAAUGUUCUGGCGCAUCAAACUGGACACUUGGGUGGCAACGGGUCUGACGGCAGCCAUACUCGGCCUGAUCGCCACGUUGGCCAUUCUUGUGUUCAUUGUGGUGCGCAUCU
...((((.......)))).((((((((...(((((((..((((((((((((((..(((((..(((......)))))).))))).)))).)))))))..)))))))...)))))))).... ( -50.00)
>DroGri_CAF1 73228 120 + 1
GGGAGAGCGUCAUGUUUUGGCGCAUCAAGAUGGACACGUGGGUGGCAGCGGGUUUGACAGCCGCCAUACUUGGCCUGAUUGCCACGCUGGCUAUUCUAGUGUUCAUUGUGGUGCGCAUCU
...(((((((((.....))))((((((.(((((((((..((((((((((((((....(((..((((....)))))))...))).)))).)))))))..))))))))).)))))))).))) ( -54.80)
>DroWil_CAF1 73581 120 + 1
GCGAAUCCGUGAUGUUUUGGCGCAUCAAAAUGGACACUUGGGUGGCAACGGGACUGACGGCUGCCAUUUUGGGUCUGAUAGCCACGCUGGCCAUUCUCGUGUUCAUUGUGGUGCGCAUAU
(((....))).........((((((((.(((((((((..(((((((..((((.(((.(((..(((......)))))).))))).))...)))))))..))))))))).)))))))).... ( -50.00)
>DroMoj_CAF1 91648 120 + 1
GCGAGAGCGUCAUGUUCUGGCGCAUCAAACUGGACACCUGGGUGGCAGCGGGCCUGACGGCCGCCAUUCUCGGCCUGAUCGCCACGCUGGCCAUUCUGGUAUUCAUUGUGGUGCGCAUCU
((.(((((.....))))).))((((((...((((.(((.((((((((((((((.....(((((.......))))).....))).)))).))))))).))).))))...))))))...... ( -56.80)
>DroAna_CAF1 58501 120 + 1
GCGAGUCGGUGAUGUUCUGGCGCAUCAAGAUGGACACCUGGGUGGCAACUGGGCUGACGGCCGCUAUUCUCGGCCUGAUAGCCACGCUGGCCAUUCUGGUUUUCAUAGUGGUGCGCAUCU
((..(((((.......)))))((((((..(((((.(((.(((((((...(((((((.((((((.......))))).).))))).))...))))))).))).)))))..)))))))).... ( -54.70)
>consensus
GCGAGACCGUCAUGUUCUGGCGCAUCAAAAUGGACACCUGGGUGGCAACGGGGCUGACGGCCGCCAUUCUCGGCCUGAUAGCCACGCUGGCCAUUCUGGUGUUCAUUGUGGUGCGCAUCU
...................((((((((.(((((((((..(((((((..((((.(...(((..(((......))))))...))).))...)))))))..))))))))).)))))))).... (-40.81 = -40.90 +   0.09)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:02:49 2006