Locus 8110

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 21,785,424 – 21,785,525
Length 101
Max. P 0.500000
window13048

overview

Window 8

Location 21,785,424 – 21,785,525
Length 101
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.93
Mean single sequence MFE -37.65
Consensus MFE -30.36
Energy contribution -30.67
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.81
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21785424 101 - 27905053
----CAUGGCCGGGAAUCAUUUGCGAUAUUGAUGGCUGCGCCAUCGAACCGGGGGCAUUUCGCAGAUUGGCCGCCGUCAACGGCAGAUUGGUGGUGAUGUAGUAA
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>DroSec_CAF1 51721 101 - 1
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>DroSim_CAF1 53912 101 - 1
----CAUGGCCGGGAAUCAUUUGCGAUAUUGAUGGCUGAGCCAUCGAACCGGGGGCAUUUCGCAGAUUGGCCGCCGUUAACGGCAGAUUGGUGGUGAUGUAGUAA
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>DroEre_CAF1 60878 101 - 1
----CAUGGCCGGGAACCAUCUGCGAUAUUAAUGGCUGCGCCAUCGAACCGGGGGAAUUUCGCAGAUUGGCCGCCGUCAACGGCAGAUUGGUGGUGAUGUAGUAA
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>DroYak_CAF1 52673 101 - 1
----CAUGGCCGGGAAUCAUCUGCGAUAUUGAUGGCUGGGCCAUCGAACCAGGAGAAUUUCGCAGAUUAGCCGCCGUCAGCGGCAGAUUGGUGGUGAUGUAGUAA
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>DroAna_CAF1 52374 102 - 1
UGGCCGUGUCCGGGCAUCAUCUGAGAUGCCGACGGCUGCGUAAUCUGGCUAG---UGUUCCUCAGGUUGGCCGCCGUCAGGGGUAGAUUCGUGGUGAUGUAGUAA
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>consensus
____CAUGGCCGGGAAUCAUCUGCGAUAUUGAUGGCUGCGCCAUCGAACCGGGGGCAUUUCGCAGAUUGGCCGCCGUCAACGGCAGAUUGGUGGUGAUGUAGUAA
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alignment

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