Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,738,602 – 2,738,709 |
Length | 107 |
Max. P | 0.905365 |
Location | 2,738,602 – 2,738,709 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.04 |
Mean single sequence MFE | -40.88 |
Consensus MFE | -30.09 |
Energy contribution | -31.83 |
Covariance contribution | 1.74 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.31 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 1.04 |
SVM RNA-class probability | 0.905365 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2738602 107 - 27905053 -------UGGCUUAAAACUGGUAACGGGACUGCCCAUAUGGCAUGCGCACUUUGUGCAUGUGUGUGUGU-----UUUGUCCACUGCGAGUGUGUGCGAGGCUAAGUGGGCUGGGCUUAA -------.((((((...(((....)))....((((((.((((.(((((((....((((.(((..((...-----..))..)))))))...)))))))..)))).))))))))))))... ( -40.50) >DroSec_CAF1 14457 112 - 1 -------UGGCUUAAAACUGGUAACGGGACUGCCCAUGUGGCAUGCGCAUUUAGUGCAUGUGUGCGUGUGAAAUUGUGUCCACUGCGAGUGUGUGCGAGGCUAAGUGGGCUGGGCUUAA -------.((((((...(((....)))....((((((.((((.(((((((....((((.(((..(..(......)..)..)))))))...)))))))..)))).))))))))))))... ( -41.60) >DroSim_CAF1 15138 112 - 1 -------UGGCUUAAAACUGGUAACGGGACUGCCCAUGUGGCAUGCGCAUUUAGUGCAUGUGUGUGUGUGAAAUUGUGUCCACUGCGAGUGUGUGCGAGGCUAAGUGGGCUGGGCUUAA -------.((((((...(((....)))....((((((.((((.(((((((....((((.(((..(..(......)..)..)))))))...)))))))..)))).))))))))))))... ( -39.80) >DroEre_CAF1 15675 112 - 1 -------UGGCUUAAAACUGGUAACGGGUCUGCCCAUAUGGCAUGCGCACUUUGCACAUGUGUGUGUGUGGAAGUGUGUUCACUGCGAGUGUGUGCGUGGCUAAGUGGGCUGGGCUUAA -------.((((((...(((....)))....((((((.((((((((((((((..(((((....)))))..))((((....))))......)))))))).)))).))))))))))))... ( -46.90) >DroYak_CAF1 14303 112 - 1 -------UGGCUUAAAACUGGCAACGGGUCUGCCCAUAUGGCAUGCGCACUUUGUGCAUUUGUGUGUGCAGAAGUGUGUCCACUGCGAGUGUGUGCGUAGCUAAGUGGGCUGGGCUUAA -------.((((((...(((....)))....((((((.((((.(((((((.....(((((((((((..((......))..))).))))))))))))))))))).))))))))))))... ( -48.70) >DroMoj_CAF1 55788 104 - 1 UCGUUGACGACU-UAAACAGGUAACGGUACUGCCCAUAUGCCAUGCGCAAU-CCCG--UUUCAUUGUG--CGAGUAUGU-----GUGUGUGUGUGCU----AAAGUGGGCUGGGCUUGA ((((((....((-.....)).))))))....(((((...(((.((((((((-....--....))))))--))((((..(-----......)..))))----......)))))))).... ( -27.80) >consensus _______UGGCUUAAAACUGGUAACGGGACUGCCCAUAUGGCAUGCGCACUUUGUGCAUGUGUGUGUGUGAAAGUGUGUCCACUGCGAGUGUGUGCGAGGCUAAGUGGGCUGGGCUUAA ........((((((...(((....)))....((((((.((((..((((((....((((.(((..(..(......)..)..)))))))...))))))...)))).))))))))))))... (-30.09 = -31.83 + 1.74)
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