Locus 8012

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	21,488,987 – 21,489,116
Length	129
Max. P	0.574876

overview

Window 6

Location	21,488,987 – 21,489,083
Length	96
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.38
Mean single sequence MFE	-34.25
Consensus MFE	-25.26
Energy contribution	-27.35
Covariance contribution	2.09
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-3.09
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	-0.01
SVM RNA-class probability	0.530615
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21488987 96 + 27905053
AGCUGACACCGCAGGAUAACAAUAAUGUAGCACCACUGGUGCCAAAGCAUGAGAAAUCGCUGUCCAAUCCGCUGGACAUGACCAGCACGGGUAGCA
.((((...(((..(((((.(....((((.(((((...)))))....))))((....))).))))).....(((((......))))).))).)))). ( -33.20)
>DroSec_CAF1 8695 96 + 1
AGCUGACACCGCAGGAUAACAAUAAUGUGGCACCACUGGUGCCGAAGCAUGAGAAAUCGCUGUCCAAUCCGCUGGACAUGACCAGCACGGGUAGCA
.((((...(((..(((((.(....((((((((((...))))))...))))((....))).))))).....(((((......))))).))).)))). ( -36.80)
>DroSim_CAF1 8681 96 + 1
AGCUGACACCGCAGGAUAACAAUAAUGUGGCGCCACUGGUGCCGAAGCAUGAGAAAUCGCUGUCCAAUCCGCUGGACAUGACCAGCACGGUUAGCA
.((((((......(((((.(....((((((((((...))))))...))))((....))).))))).....(((((......)))))...)))))). ( -36.20)
>DroEre_CAF1 8827 96 + 1
AGCUGACACCGCAGGAUAACAAUAAUGUGGCGCCACUAGUGCCGAAGCACGAGAAAUCGCUGUCAAAUCCGCUGGACAUGACCAGCACGGGUAGCA
.((((...(((..((((..........((((((.....))))))..((((((....))).)))...))))(((((......))))).))).)))). ( -35.50)
>DroYak_CAF1 8978 96 + 1
AGCUGACACCGCAGGAUAACAAUAAUGUGGCGCCACUAGUGCCGAAGCAUGAGAAAUCACUGUCGAAUCCGCUGGACAUGAGCAGCACGGGUAGCA
.((((...(((..((((..........((((((.....))))))..((((((....))).)))...))))((((........)))).))).)))). ( -30.90)
>DroAna_CAF1 8379 96 + 1
AGUCGCCGACGCAAGAAAACAACAACCUUGCGCCUCUUGUGCCAAAGCAUGAGAAGUCAUUAUCCAAUCCCCUGGAUAUGACCAGCACGGGCAGCA
.((.(((...(((((...........)))))((.(((..(((....)))..))).(((((.(((((......))))))))))..))...))).)). ( -32.90)
>consensus
AGCUGACACCGCAGGAUAACAAUAAUGUGGCGCCACUGGUGCCGAAGCAUGAGAAAUCGCUGUCCAAUCCGCUGGACAUGACCAGCACGGGUAGCA
.((((...(((..((((..........((((((.....))))))..((((((....))).)))...))))(((((......))))).))).)))). (-25.26 = -27.35 +   2.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	21,489,018 – 21,489,116
Length	98
Sequences	6
Columns	101
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.54
Mean single sequence MFE	-36.85
Consensus MFE	-19.30
Energy contribution	-20.33
Covariance contribution	1.03
Combinations/Pair	1.42
Mean z-score	-2.12
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	0.08
SVM RNA-class probability	0.574876
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21489018 98 - 27905053
AGUCAUUGUAGCCAUUUGUAGGUGCGGGUGGAUUG---CUACCCGUGCUGGUCAUGUCCAGCGGAUUGGACAGCGAUUUCUCAUGCUUUGGCACCAGUGGU
..((((((..((((...(((((..(((((((....---)))))))..))((((.(((((((....)))))))..)))).....)))..))))..)))))). ( -41.40)
>DroSec_CAF1 8726 98 - 1
AGUCAUUGUAGCCAUUUGCAGGUGCGGGUGCAUUG---CUACCCGUGCUGGUCAUGUCCAGCGGAUUGGACAGCGAUUUCUCAUGCUUCGGCACCAGUGGU
..((((((..(((....(((((..(((((((...)---).)))))..))((((.(((((((....)))))))..)))).....)))...)))..)))))). ( -38.10)
>DroEre_CAF1 8858 98 - 1
AGUCAUUGUAACCAUUUGCAGGCGCGGGUGCAUUG---CUACCCGUGCUGGUCAUGUCCAGCGGAUUUGACAGCGAUUUCUCGUGCUUCGGCACUAGUGGC
.(((((((.......((((.(((((((((((...)---).))))))))).((((.((((...)))).)))).))))......((((....))))))))))) ( -42.20)
>DroYak_CAF1 9009 98 - 1
AGUCAUUGUAGCCACUUGCAGGUGCGGGUGCAUUG---CUACCCGUGCUGCUCAUGUCCAGCGGAUUCGACAGUGAUUUCUCAUGCUUCGGCACUAGUGGC
..........((((((.(((.(..(((((((...)---).)))))..))))(((((((..........)))).))).......(((....)))..)))))) ( -33.30)
>DroMoj_CAF1 11534 98 - 1
AAUCGGUGUAAUCAUUUGAAG---CGUUCGCAUUGCUGCUGCUACUACUGCUCAUGUCCAAUGGAUUUGAGAGAGAUUUCUCAUGCUUGGGCAGUAAUGGC
....(((((((((....)).(---(....)).)))).)))((((.(((((((((.((((...)))).((((((....))))))....))))))))).)))) ( -26.90)
>DroAna_CAF1 8410 98 - 1
AAUCAUUGUAGCCGGUGGCGGCGGUCGGUGGAGUG---CUGCCCGUGCUGGUCAUAUCCAGGGGAUUGGAUAAUGACUUCUCAUGCUUUGGCACAAGAGGC
..((.((((.(((((.(((((((.((....)).))---)))))((((..((((((((((((....)))))).))))))...))))..)))))))))))... ( -39.20)
>consensus
AGUCAUUGUAGCCAUUUGCAGGUGCGGGUGCAUUG___CUACCCGUGCUGGUCAUGUCCAGCGGAUUGGACAGCGAUUUCUCAUGCUUCGGCACUAGUGGC
..........((((((....((((((((((.........)))))))))).(((..((((...))))..)))............(((....)))..)))))) (-19.30 = -20.33 +   1.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:00:20 2006