Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 21,479,789 – 21,479,900 |
Length | 111 |
Max. P | 0.746427 |
Location | 21,479,789 – 21,479,900 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 73.80 |
Mean single sequence MFE | -37.85 |
Consensus MFE | -22.56 |
Energy contribution | -20.59 |
Covariance contribution | -1.97 |
Combinations/Pair | 1.44 |
Mean z-score | -1.47 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 0.46 |
SVM RNA-class probability | 0.746427 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 21479789 111 + 27905053 UUCUGUGGCUGUCGAUGGU----UG--CGCUGCUGGUUGGCCAGCGAGUUGAGCAGCGUCUGGUUGGUGUCCACCGAGGAGUAGCUAUUGCUGUUCGACACCGGCGACA---UGUCAUUG ....((((((((((.((((----..--...((((((....)))))).(((((((((((..((((((...(((.....))).)))))).))))))))))))))).)))))---.))))).. ( -47.90) >DroVir_CAF1 3403 101 + 1 GGUUG-------------CUGCCU---CCACGCUGAUUAACCAUCGAGUUGAGUAGCGUUUGAUUUGUAUCCACCGAAGAGUAGCUAUUGCUAUUCGAAAUGGGUGACA---UAUCAUUG (((..-------------..))).---..((((((.(((((......))))).)))))).((((.((((((((.....(((((((....)))))))....))))).)))---.))))... ( -32.10) >DroSim_CAF1 5398 111 + 1 UUCUGUUGCUGUCGAUGGU----UG--CGCUGCUGGUUGGCCAGCGAAUUGAGCAGCGUCUGGUUGGUGUCCACCGAGGAGUAGCUAUUGCUGUUCGACACCGGCGACA---UGUCAUUG ...((((((((......((----((--(..((((((....))))))......)))))(((...(((((....))))).(((((((....))))))))))..))))))))---........ ( -39.80) >DroEre_CAF1 5258 111 + 1 UUCUGUUGCUGUCGAUGGU----UG--CGCUGCUGGUUGGCCAGCGAGUUGAGCAGCGUCUGGUUGGUGUCCACCGAGGAGUAGCUAUUGCUGUUCGACACCGGCGACA---UGUCAUUG .......(((((((.((((----..--...((((((....)))))).(((((((((((..((((((...(((.....))).)))))).))))))))))))))).)))))---.))..... ( -42.90) >DroWil_CAF1 7589 114 + 1 GGUUGUCUUUGACGUUGGC----UU--CUCUGAUGAUUGGCAAUUGAAUUGAGCAGCGUUUGAUUGGUAUCCACUGAGGAAUAGCUAUUGCUAUUCGAUAUUGGUGACAAUAGAUCAUUG .((((((...(((((((((----(.--.((....))..)))..((.....)).)))))))..((..((((((.....)(((((((....))))))))))))..))))))))......... ( -29.80) >DroMoj_CAF1 3459 116 + 1 GGCUGUGGCUC-UGACUGGUGCCAGCACUGCGUUGAUUGGAAAUGGAGUUCAAUAGCGUUUGAUUCGUAUCAACCGAGGAGUAGCUGUUGCUAUUCGAUAUUGGUGACA---UAUCAUUG .((((((((.(-(....)).))).(.(((.((((.......)))).))).).)))))(.(((((....))))).)...(((((((....)))))))(((((.(....))---)))).... ( -34.60) >consensus GGCUGUGGCUGUCGAUGGU____UG__CGCUGCUGAUUGGCCAGCGAGUUGAGCAGCGUCUGAUUGGUAUCCACCGAGGAGUAGCUAUUGCUAUUCGACACCGGCGACA___UAUCAUUG ...............................((((.((((........)))).))))(((..(((((((((.......(((((((....)))))))))))))))))))............ (-22.56 = -20.59 + -1.97)
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