Locus 7991

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 21,420,770 – 21,420,980
Length 210
Max. P 0.960285
window12865 window12866 window12867

overview

Window 5

Location 21,420,770 – 21,420,878
Length 108
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.29
Mean single sequence MFE -43.09
Consensus MFE -27.01
Energy contribution -25.93
Covariance contribution -1.08
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.737489
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21420770 108 - 27905053
GGUGGAGAUCGCGAUUGU---GGUGCGGAUCAAUCAAGCCCGCUGCUGCGGCGGCGGCUGCUGCGGCCGCGUUCUCCAUGGGAUUGCUGC---GUGCAUAAAAGAAA---CUAUCAG
.(((((((.((((...((---((.((...........)))))).((((((((((...)))))))))))))).))))))).....(((...---..))).........---....... ( -43.20)
>DroVir_CAF1 16059 111 - 1
UGUGCAGAUCGCGAUUGU---GAUGCGGAUCAAUUAGGCCGGCAGCGGCAGCGGCUGCUGCGGCGGCAGCAUUAUCAAUGGGAUUGCUGU---GGGCGGUAAAAAAAUAUUUGUCAG
((.(((((((.(.(((((---(((((...........((((((((((((....))))))))..)))).)))))).)))).)))((((((.---...)))))).......))))))). ( -38.70)
>DroGri_CAF1 15243 114 - 1
UGUGCAGCUCACGAUUGU---GAUGCGGAUCGAUUAGGCCAGCGGCGGCUGCGGCUGCGGCAGCGGCAGCAUUAUCGAUCGGAUUGCUGUGAUGGGCAUUAAAGAAAUAUUUAUCAG
...(((((...(((((((---(((((((.((.....)))).((.((.(((((....))))).)).)).)))))).))))))....)))))((((((.(((.....))).)))))).. ( -42.80)
>DroMoj_CAF1 15964 111 - 1
UGUGCAGAUCACGAUUGU---GAUGCGGAUCGAUGAGGCCGGCUGCGGCGGCUGCUGCGGCAGCGGCAGCAUUAUCAAUCGGAUUGCUGU---GGGCAUUAAAGAAAUAUUUGUCAG
...((((.((.(((((((---(((((....(.....)((((((((((((....))))))))..)))).)))))).))))))))))))...---.((((.............)))).. ( -41.12)
>DroAna_CAF1 108489 108 - 1
GGUGCAAGUCGCGAUUGU---GGCGCGGGUCGAUGAGGCCCGCUGCAGCGGCGGCGGCAGCGGCUGCUGCGUUCUCCAUCGGGUUGCUGC---GGGCAUAGAAAAAA---UUGUCAG
.((((..((.((((((((---((.(((((((.....))))))).((((((((.((....)).)))))))).....))))..)))))).))---..))))........---....... ( -52.00)
>DroPer_CAF1 15972 111 - 1
UGUGCAGAUCAGGAUGGUGAUGGUGUGGGUCGAUGAGGCCGGCGGCGGCGGCUGCUGCUGCAGCGGCAGCGUUAUCCAUGGGAUUGCUGC---GGGCAAAAAAGAAG---GUAUCGG
..(((((.(((((((..((.((.(((.((((.....)))).))).))((.(((((....))))).))..))..)))).))).....))))---).............---....... ( -40.70)
>consensus
UGUGCAGAUCACGAUUGU___GAUGCGGAUCGAUGAGGCCGGCUGCGGCGGCGGCUGCUGCAGCGGCAGCAUUAUCCAUCGGAUUGCUGC___GGGCAUAAAAGAAA___UUAUCAG
.(((.....)))(((......(((....)))......(((....(((((.((((((((....))))))))....((.....))..)))))....)))...............))).. (-27.01 = -25.93 +  -1.08)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 6

Location 21,420,878 – 21,420,980
Length 102
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 70.85
Mean single sequence MFE -43.78
Consensus MFE -19.75
Energy contribution -20.95
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.45
SVM decision value 0.77
SVM RNA-class probability 0.846295
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21420878 102 + 27905053
AGGCGCUGGUGGCCUCGAUAGCCAAUAAUAGUGUGGCCGCCAUCGGCGGUGGCCUGACCACAGCGGCAGUCUUGAAGAGUGCCG------CUCAGCAGUCCCAGC---AG------G
....(((((((((.......))))......(((.(((((((......)))))))....)))(((((((.((.....)).)))))------))........)))))---..------. ( -45.60)
>DroPse_CAF1 16155 114 + 1
ACGCCCUGGUCGCUUCCAUAGCCAACAACAGUGUGGCGGCCAUCAAUGGCACUCUGACCACGGCUGCCGUGCUAAAGAGCGCCGCCGCUGCCCAGCAGCAGCAGC---AAUCCCAGG
....(((((..((((...(((((.(((....)))(((((((.....((((.....).))).)))))))).))))..))))((.((.(((((...))))).)).))---....))))) ( -44.10)
>DroWil_CAF1 120605 114 + 1
AUGCGCUGGUCGCCUCCAUAGCCAAUAGCAAUGUGGCUGCCAUCAAUGGAACUCUGACCACAGCGGCGGUAUUGAAAAGUGCUGCUGCAGUGCAGCAACAGCAGCAACAAUCCC---
.(((((((((((..((((((((((.((....))))))).......)))))....)))))...(((((((((((....)))))))))))))))))((....))............--- ( -44.11)
>DroMoj_CAF1 16075 99 + 1
AUGCGCUGGUCGCCUCCAUAGCCAACAGCAAUGUGGCCGCCAUCAAUGGCACUCUGACCACGGCCGCGGUGCUGAAGAGCGCUGCCGCUGCCCAGGC------------------GG
...((((((((.........((((.((....)))))).((((....)))).....)))).((((.((((((((....)))))))).))))....)))------------------). ( -43.60)
>DroAna_CAF1 108597 102 + 1
AGGCUCUGGUGGCCUCCAUGGCCAACAAUGGUGUGGCCACCAUCGGCAGUGGACUGACCACAGCUGCGGUCCUCAAAAGCGCCG------CCCAACAGUCACAGG---CG------G
.(((..((((((((.((((........))))...))))))))..(((.((((.....)))).(((...(....)...)))))))------)).....((.....)---).------. ( -39.90)
>DroPer_CAF1 16083 114 + 1
ACGCCCUGGUCGCUUCCAUAGCCAACAACAGUGUGGCGGCCAUCAAUGGCACUCUGACCACGGCUGCCGUGCUCAAGAGCGCCGCCGCUGCCCAGCAGCAGCAGC---AAUCCCAGG
....(((((..(((................(.((((((((((....)))).((((((.(((((...))))).)).)))))))))))(((((......))))))))---....))))) ( -45.40)
>consensus
ACGCGCUGGUCGCCUCCAUAGCCAACAACAGUGUGGCCGCCAUCAAUGGCACUCUGACCACAGCUGCGGUGCUGAAGAGCGCCGCCGCUGCCCAGCAGCAGCAGC___AA______G
..((..((((((........((((.((....)))))).(((......)))....))))))..)).((.(((((....))))).))................................ (-19.75 = -20.95 +   1.20)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 21,420,878 – 21,420,980
Length 102
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 70.85
Mean single sequence MFE -50.15
Consensus MFE -19.50
Energy contribution -18.50
Covariance contribution -1.00
Combinations/Pair 1.50
Mean z-score -2.29
Structure conservation index 0.39
SVM decision value 1.51
SVM RNA-class probability 0.960285
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21420878 102 - 27905053
C------CU---GCUGGGACUGCUGAG------CGGCACUCUUCAAGACUGCCGCUGUGGUCAGGCCACCGCCGAUGGCGGCCACACUAUUAUUGGCUAUCGAGGCCACCAGCGCCU
.------..---((((((((..(..((------(((((.((.....)).))))))))..))).((((..((((...))))((((.........))))......)))).))))).... ( -48.70)
>DroPse_CAF1 16155 114 - 1
CCUGGGAUU---GCUGCUGCUGCUGGGCAGCGGCGGCGCUCUUUAGCACGGCAGCCGUGGUCAGAGUGCCAUUGAUGGCCGCCACACUGUUGUUGGCUAUGGAAGCGACCAGGGCGU
(((((....---(((((((((((...)))))))))))(((((.((((.(((((((.(((((....(.((((....))))))))))...))))))))))).)).)))..))))).... ( -58.80)
>DroWil_CAF1 120605 114 - 1
---GGGAUUGUUGCUGCUGUUGCUGCACUGCAGCAGCACUUUUCAAUACCGCCGCUGUGGUCAGAGUUCCAUUGAUGGCAGCCACAUUGCUAUUGGCUAUGGAGGCGACCAGCGCAU
---((.((((....(((((((((......))))))))).....)))).))((.(((..((((.(..((((((..(((((((.....)))))))..)...))))).)))))))))).. ( -43.00)
>DroMoj_CAF1 16075 99 - 1
CC------------------GCCUGGGCAGCGGCAGCGCUCUUCAGCACCGCGGCCGUGGUCAGAGUGCCAUUGAUGGCGGCCACAUUGCUGUUGGCUAUGGAGGCGACCAGCGCAU
..------------------((((((.(((((((((.(((....)))...(.((((((.(((((.......))))).)))))).).)))))))))(((.....)))..)))).)).. ( -43.80)
>DroAna_CAF1 108597 102 - 1
C------CG---CCUGUGACUGUUGGG------CGGCGCUUUUGAGGACCGCAGCUGUGGUCAGUCCACUGCCGAUGGUGGCCACACCAUUGUUGGCCAUGGAGGCCACCAGAGCCU
(------((---((((.......))))------))).(((((.(..((((((....))))))..((((..(((((..((((.....))))..)))))..)))).....).))))).. ( -44.60)
>DroPer_CAF1 16083 114 - 1
CCUGGGAUU---GCUGCUGCUGCUGGGCAGCGGCGGCGCUCUUGAGCACGGCAGCCGUGGUCAGAGUGCCAUUGAUGGCCGCCACACUGUUGUUGGCUAUGGAAGCGACCAGGGCGU
(((((..((---(((((((((((...))))))))((((((((.((.(((((...))))).)))))))))).((.(((((((.((......)).))))))).)))))))))))).... ( -62.00)
>consensus
C______UU___GCUGCUGCUGCUGGGCAGCGGCGGCGCUCUUCAGCACCGCAGCCGUGGUCAGAGUGCCAUUGAUGGCGGCCACACUGUUGUUGGCUAUGGAGGCGACCAGCGCAU
....................(((((........)))))...............((..(((((..........(((((((((.....)))))))))(((.....))))))))..)).. (-19.50 = -18.50 +  -1.00)

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