Locus 7988

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	21,414,579 – 21,414,689
Length	110
Max. P	0.941243

overview

Window 0

Location	21,414,579 – 21,414,689
Length	110
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.76
Mean single sequence MFE	-24.45
Consensus MFE	-19.13
Energy contribution	-19.47
Covariance contribution	0.33
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-0.87
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.653343
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21414579 110 + 27905053
UUGCUAAUGACGCUCAACAAUGUUAAUGCCCCGACCCAGCAGUAAACUA--UAAUAUAGUGUUACAAUACUGCUGUGACAGGACAAUAUCAAUGGCAAGCGUCC-GAUUUCAU-------
........((((((...((.((.((.((.((.(.(.((((((((.((((--(...))))).......)))))))).).).)).)).)).)).))...)))))).-........------- ( -26.30)
>DroVir_CAF1 9910 108 + 1
UUGCUAACGACGCUCAACAAUGUUAAUGCCCCGGCUCAGCAGUACCAAU--UGCUUA-A-CGUACAAUACUGCUGUGACAGGACAAUAUCACUGGCAAGCGCAACGAUCGA-C-------
........(.((((...((.((.((.((.((.(.(.((((((((.....--(((...-.-.)))...)))))))).).).)).)).)).)).))...))))).........-.------- ( -23.40)
>DroWil_CAF1 115104 111 + 1
UUGCCACAGACGCUCAACAAUGUUAAUGCCCCGGCUCAGCAGUACGAAA--UGAAUA--UGUUACUAUACUGCUGUGACAGGACAAUAUCACUGGCAAGCUCUC---UUUUGUUAGAU--
(((((...(.....).....(((((..((....)).((((((((...((--(.....--.)))....))))))))))))))).))).....((((((((.....---.))))))))..-- ( -22.30)
>DroMoj_CAF1 9521 108 + 1
UUGCUAACGACGCUCAACAAUGUUAAUGCCCCGGCUCAGCAGUACCAAU--UGCUUA-A-UUUACAAUACUGCUGUGACAGGACAAUAUCACUGGCAAGCGCUAUAAUAGA-C-------
........(.((((...((.((.((.((.((.(.(.((((((((....(--((....-.-....))))))))))).).).)).)).)).)).))...))))).........-.------- ( -21.40)
>DroAna_CAF1 100978 103 + 1
UUGCUAAUGACGCUCAACAAUGUUAAUGCCCCGACCCAGCAGUAAGCUAUAUAGUAUAGAAUUACAAUACUGCUGUGACAGGACAAUAUCAUCGGCAAGCGUC-----------------
........((((((...(.(((.((.((.((.(.(.((((((((..(((((...)))))........)))))))).).).)).)).)).))).)...))))))----------------- ( -24.70)
>DroPer_CAF1 8945 113 + 1
UUGCCAAUGGCGCUCAACAAUGUUAAUGCCCCGACCCAGCAGUAGGCUA--UAAUUAA--GUUACAAUACUGCUGUGACAGGACAAUAUCAAUGGCAAGCGCCC---UCUCAUCUGCUCC
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>consensus
UUGCUAAUGACGCUCAACAAUGUUAAUGCCCCGACCCAGCAGUACGAAA__UAAUUA___GUUACAAUACUGCUGUGACAGGACAAUAUCACUGGCAAGCGCCC___UCUA_U_______
..........((((...((.((.((.((.((.(.(.((((((((.......................)))))))).).).)).)).)).)).))...))))................... (-19.13 = -19.47 +   0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	21,414,579 – 21,414,689
Length	110
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.76
Mean single sequence MFE	-41.51
Consensus MFE	-36.43
Energy contribution	-36.35
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-4.29
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	1.32
SVM RNA-class probability	0.941243
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21414579 110 - 27905053
-------AUGAAAUC-GGACGCUUGCCAUUGAUAUUGUCCUGUCACAGCAGUAUUGUAACACUAUAUUA--UAGUUUACUGCUGGGUCGGGGCAUUAACAUUGUUGAGCGUCAUUAGCAA
-------.((.....-.(((((((..((.((.((.(((((((.(.((((((((((((((.......)))--))))..))))))).).))))))).)).)).))..))))))).....)). ( -41.40)
>DroVir_CAF1 9910 108 - 1
-------G-UCGAUCGUUGCGCUUGCCAGUGAUAUUGUCCUGUCACAGCAGUAUUGUACG-U-UAAGCA--AUUGGUACUGCUGAGCCGGGGCAUUAACAUUGUUGAGCGUCGUUAGCAA
-------(-(..(.((..((((((..(((((.((.(((((((.(.(((((((((((...(-.-....).--..))))))))))).).))))))).)).)))))..)))))))))..)).. ( -42.30)
>DroWil_CAF1 115104 111 - 1
--AUCUAACAAAA---GAGAGCUUGCCAGUGAUAUUGUCCUGUCACAGCAGUAUAGUAACA--UAUUCA--UUUCGUACUGCUGAGCCGGGGCAUUAACAUUGUUGAGCGUCUGUGGCAA
--..........(---.(((((((..(((((.((.(((((((.(.(((((((((.......--......--....))))))))).).))))))).)).)))))..)))).))).)..... ( -37.33)
>DroMoj_CAF1 9521 108 - 1
-------G-UCUAUUAUAGCGCUUGCCAGUGAUAUUGUCCUGUCACAGCAGUAUUGUAAA-U-UAAGCA--AUUGGUACUGCUGAGCCGGGGCAUUAACAUUGUUGAGCGUCGUUAGCAA
-------(-.(((..(..((((((..(((((.((.(((((((.(.((((((((((((...-.-...)))--....))))))))).).))))))).)).)))))..))))))..))))).. ( -40.90)
>DroAna_CAF1 100978 103 - 1
-----------------GACGCUUGCCGAUGAUAUUGUCCUGUCACAGCAGUAUUGUAAUUCUAUACUAUAUAGCUUACUGCUGGGUCGGGGCAUUAACAUUGUUGAGCGUCAUUAGCAA
-----------------(((((((..(((((.((.(((((((.(.(((((((((((((...........)))))..)))))))).).))))))).)).)))))..)))))))........ ( -42.70)
>DroPer_CAF1 8945 113 - 1
GGAGCAGAUGAGA---GGGCGCUUGCCAUUGAUAUUGUCCUGUCACAGCAGUAUUGUAAC--UUAAUUA--UAGCCUACUGCUGGGUCGGGGCAUUAACAUUGUUGAGCGCCAUUGGCAA
...((....((..---.(((((((..((.((.((.(((((((.(.((((((((((((((.--....)))--)))..)))))))).).))))))).)).)).))..))))))).)).)).. ( -44.40)
>consensus
_______A_GAAA___GGGCGCUUGCCAGUGAUAUUGUCCUGUCACAGCAGUAUUGUAAC___UAAUCA__UAGCGUACUGCUGAGCCGGGGCAUUAACAUUGUUGAGCGUCAUUAGCAA
..................((((((..(((((.((.(((((((.(.((((((((.......................)))))))).).))))))).)).)))))..))))))......... (-36.43 = -36.35 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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