| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 21,312,522 – 21,312,642 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.760603 |
| Location | 21,312,522 – 21,312,642 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 75.33 |
| Mean single sequence MFE | -43.68 |
| Consensus MFE | -18.42 |
| Energy contribution | -17.57 |
| Covariance contribution | -0.85 |
| Combinations/Pair | 1.61 |
| Mean z-score | -2.13 |
| Structure conservation index | 0.42 |
| SVM decision value | 0.50 |
| SVM RNA-class probability | 0.760603 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 21312522 120 - 27905053 AGUUCAGUAACAAGGAGCUGCUCGUGCGCGUCCAGCAGCAUGUGGAGCAGCUCCUACAGCAACCCGGAGCCUCCGCCUCUCAUGUGCACCCAUAUUGCCUGGCCCUGGACAAUCUGAACA .((((((.....(((((((((((((((((.....)).))))...)))))))))))........((((.(((...((.....(((((....))))).))..))).)))).....)))))). ( -47.80) >DroVir_CAF1 4630 120 - 1 AGUUCAGCGCGAGGGAUCUGUUGGUGCGCGUGCAGCAGCAUGUGGAACAGCUGCUGCAGCAACCAGGUGGAUCCGCGGCCCAUGUACAUCCAUAUUGCCUGGCCUUGGACAAUCUCAAUA .((((((.((.(((((((..(((((..((.(((((((((.((.....))))))))))))).)))).)..)))))((((...(((......))).)))))).)).)))))).......... ( -49.20) >DroGri_CAF1 4146 120 - 1 AGUUCAGUGCCAAGGAUCUGCUUGUUGGCGUGCAGCAGCAUGUGGAGCAGCUGCUCCAACAACCAGGCAUUGCAGCGUCACACGUGCAUCCAUAUUGCCUGGCGCUGGACAAUCUCAAUA .(((((((((((.((...(((((((((((((((....))))))(((((....)))))..))).)))))).((((.((.....)))))).........))))))))))))).......... ( -52.60) >DroWil_CAF1 3956 120 - 1 AGUUUAGCAAUAAGGAUUUGCUGGUACGUGUGCAACAGCAUGUGGAGCGAUUGCUGCAACAGCAGGAUGGAGCUGCCUCUCAUGUUCAUCCCUAUUGCUUGGCCCUGGACAAUCUGAAUA .((..(((((((.((((.(((((..((((((......))))))(.(((....))).)..)))))((((((((......))).))))))))).)))))))..))................. ( -34.70) >DroMoj_CAF1 3913 120 - 1 AAUUCAACUCCAAAGAUCUGUUGGUGCGGGUGCAAAAGCACGUGGAGCAGCUGUUGCAGCAGCCAGGCGGCACCGCCUCGCACGUGCAUCCCUAUUGUCUGGCCCUGGAUAAUUUAAACA ....((((...........))))((.((((.((....(((((((((...(((((....)))))..((((....)))))).)))))))....(........))))))).)).......... ( -37.70) >DroAna_CAF1 3642 120 - 1 AGUUUAGCGGGAAGGACCUUCUCAUUCGCGUCCAACAGCAUGUGGAGCAGUUGCUGCAGCUCCCCGAUGGAUCUGCCCUCCAUGUGCAUCCCUAUUGUCUAGCACUGGACAACCUCAAUA ........((((.(((((.........).))))....(((((((((((....)).((((.(((.....))).))))..))))))))).))))..(((((((....)))))))........ ( -40.10) >consensus AGUUCAGCGCCAAGGAUCUGCUGGUGCGCGUGCAACAGCAUGUGGAGCAGCUGCUGCAGCAACCAGGUGGAUCCGCCUCCCAUGUGCAUCCAUAUUGCCUGGCCCUGGACAAUCUCAAUA .((((((.....((.(.(((((....(((((((....))))))).))))).).)).......(((((((..........................)))))))..)))))).......... (-18.42 = -17.57 + -0.85)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:58:39 2006