Locus 7924

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 21,251,464 – 21,251,580
Length 116
Max. P 0.966827
window12761

overview

Window 1

Location 21,251,464 – 21,251,580
Length 116
Sequences 6
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.54
Mean single sequence MFE -34.22
Consensus MFE -29.05
Energy contribution -29.55
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.51
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 1.60
SVM RNA-class probability 0.966827
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21251464 116 + 27905053
AGUCGGCACACUAAUGAGUAACUUAUUCAAUUAUUUAUUAUUUUUUCUCCGCCAGAGCGGAAAAUAAUUUGCUUUUGCCCAGGCUAAUUGGCGGAAGAAGAGGAAGUGCAUUGGCC
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>DroSec_CAF1 76550 116 + 1
AGUCGGCACACUAAUGAGUAACUUAUUCAAUUAUUUUUUAUUUUUUCUCCGCCAGAGCGGAAAAUAAUUUGCUUUUGCCCAGGCUAAUUGGCGGAAGAAGAGGAAGUGCCUUGGUC
....(((((.....((((((...))))))...........(((((((((((((((((((((......)))))))..((....))....)))))).))))))))..)))))...... ( -36.70)
>DroSim_CAF1 78827 116 + 1
AGUCGGCACACUAAUGAGUAACUUAUUCAAUUAUUUAUUAUUUUUUCUCCGCCAGAGCGGAAAAUAAUUUGCUUUUGCCCAGGCUAAUUGGCGGAAGAAGAGGAAGUGCAUUGGCC
.(((.((((..((((((((((.........))))))))))(((((((((((((((((((((......)))))))..((....))....)))))).))))))))..))))...))). ( -36.80)
>DroEre_CAF1 80536 116 + 1
AGUCGGCACACUAAUGAGUAACUUAUUCAAUUAUUUAUUAUUUUUUCUCCGCCAGAGCGGAAAAUAAUUUGCUUUUGCCCAGGCUAAUUGGCGGAAGAAGAGGAAGUACAUUGGCC
....(((.((.((((((((((.........))))))))))(((((((((((((((((((((......)))))))..((....))....)))))).))))))))........))))) ( -32.60)
>DroYak_CAF1 86097 116 + 1
AGUCGGCACACUAAUGAGUAACUUAUUCAAUUAUUUAUUAUUUUUUCUCCGCCAGAGCGGAAAAUAAUUUGCUUUUACCCAGGCUAAUUGGCGGAAGAAGAGGAAGUGCAUUGGCC
.(((.((((..((((((((((.........))))))))))(((((((((((((((((((((......)))))))...(....).....)))))).))))))))..))))...))). ( -33.10)
>DroAna_CAF1 70978 115 + 1
AGUCAGCACACUAAUGAGUAACUUAUUCAAUUAUUUAUUAUUUUUUCUUCUCCGGAGCGGAAAAUAAUUUGCCUUUGGCCCGACUAAUUGGCAGA-GCGGGGGAAGUGCAAUGGCC
.((((((((..((((((((((.........))))))))))...(((((((((((...))))......((((((.((((.....))))..))))))-..)))))))))))..)))). ( -29.30)
>consensus
AGUCGGCACACUAAUGAGUAACUUAUUCAAUUAUUUAUUAUUUUUUCUCCGCCAGAGCGGAAAAUAAUUUGCUUUUGCCCAGGCUAAUUGGCGGAAGAAGAGGAAGUGCAUUGGCC
.((((((((..((((((((((.........))))))))))(((((((((((((((((((((......)))))))..((....))....))))))).)))))))..))))..)))). (-29.05 = -29.55 +   0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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