Locus 7901

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 21,181,683 – 21,181,816
Length 133
Max. P 0.903874
window12722 window12723 window12724

overview

Window 2

Location 21,181,683 – 21,181,780
Length 97
Sequences 6
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.33
Mean single sequence MFE -38.33
Consensus MFE -26.52
Energy contribution -26.38
Covariance contribution -0.13
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.35
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.70
SVM RNA-class probability 0.827224
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21181683 97 + 27905053
------UAUUCGGGGUGGU---UGCCUCCGAACCACUUGGCUUGGGCACCGAGAUCGGAUCGUUGGGACCGAUGCUCUGAGUGGUGCCAUAAAAGAUCAGCGACCA
------.........((((---(((...(((.((....)).)))(((((((...(((((.(((((....))))).))))).)))))))...........))))))) ( -38.00)
>DroPse_CAF1 7881 97 + 1
------AGUUGGGCGUGGU---GGCCUCUGCACUGUUGGGACGCGGCACCGAAAUCCGAUCAUUGGGAUCGAUGGUCAGGGUGGUGCCGUAGAAGAUCAGGGACCA
------.((.((((.....---.))))..)).....(((..(((((((((...((((((((((((....)))))))).)))))))))))).(.....)..)..))) ( -37.40)
>DroEre_CAF1 8315 97 + 1
------UAUUCGGGGUGGU---GGCCUCAGAACCACUGGGCCUGGGCACUGAGAUCGGAUCGUUGGGACCAAUGCUCUGAGUGGUGCCAUAAAAGAUCAGCGACCA
------.......(((.((---((((.(((.....)))))))..(((((((...(((((.(((((....))))).))))).)))))))...........)).))). ( -39.90)
>DroWil_CAF1 10065 103 + 1
UGCUUGUGUUUGGUGUGGU---GGCUUCGGCGCUAGUGGUGCGCGGCACUGAGAUCGGAUCAUUGGGAUCGAUGGCUUGCGUGGUGCCGUAGAAUAUCAAUGACCA
........((..((((.((---(((....))((.....)).))).))))..))...((.(((((((..((.(((((.........))))).))...))))))))). ( -34.30)
>DroAna_CAF1 8037 100 + 1
------AGUUCGGGGUGGUGGCUGCCUCCGGGCCAAUCGGCUUCGGCACCGAGAUGGGGUCGUUGGGGUCGAUGGCGUUCGUGGUGCCGUAGAAGAUCAGCGACCA
------.((((((((..(...)..)).))))))((.(((((....))..)))..)).(((((((((..((.((((((.......)))))).))...))))))))). ( -42.40)
>DroPer_CAF1 7930 97 + 1
------AGUUGGGCGUGGU---GGCCUCUGCACUGUUGGGACGCGGCACCGAAAUCCGAUCAUUGGGAUCGAUGGUCAGGGUGGUGCCGUAGAAGAUCAGCGACCA
------.((.((((.....---.))))..))..((((((...((((((((...((((((((((((....)))))))).))))))))))))......)))))).... ( -38.00)
>consensus
______AGUUCGGGGUGGU___GGCCUCCGCACCACUGGGCCGCGGCACCGAGAUCGGAUCAUUGGGAUCGAUGGUCUGAGUGGUGCCGUAGAAGAUCAGCGACCA
...........((.(.(((....))).)................(((((((...(((((((((((....))))))))))).)))))))...............)). (-26.52 = -26.38 +  -0.13)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 3

Location 21,181,701 – 21,181,816
Length 115
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.90
Mean single sequence MFE -44.80
Consensus MFE -34.00
Energy contribution -34.37
Covariance contribution 0.37
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -1.42
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 1.03
SVM RNA-class probability 0.903874
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21181701 115 + 27905053
CCGAACCACUUGGCUUGGGCACCGAGAUCGGAUCGUUGGGACCGAUGCUCUGAGUGGUGCCAUAAAAGAUCAGCGACCAUUCCCUGAGCAGAGCAUGGCCUACA--AGCCGGUGGGU
.....(((((.(((((((((((((...(((((.(((((....))))).))))).)))))))..........((.(.((((.(.((....)).).))))))).))--))))))))).. ( -48.10)
>DroPse_CAF1 7899 117 + 1
CUGCACUGUUGGGACGCGGCACCGAAAUCCGAUCAUUGGGAUCGAUGGUCAGGGUGGUGCCGUAGAAGAUCAGGGACCACUCUCUGAGCAGAGCAUGGCCUAAAGAGGACGAUGGUU
((((...........((((((((...((((((((((((....)))))))).))))))))))))......(((((((....)))))))))))..(((.((((....))).).)))... ( -47.10)
>DroEre_CAF1 8333 115 + 1
CAGAACCACUGGGCCUGGGCACUGAGAUCGGAUCGUUGGGACCAAUGCUCUGAGUGGUGCCAUAAAAGAUCAGCGACCAUUCCCUGAGCAGAGCAUGGCCUACA--AGCCGGUGGGU
.....(((((((((((((((((((...(((((.(((((....))))).))))).)))))))........((((.((....)).)))).))).)).((.....))--..))))))).. ( -44.90)
>DroWil_CAF1 10089 115 + 1
CGGCGCUAGUGGUGCGCGGCACUGAGAUCGGAUCAUUGGGAUCGAUGGCUUGCGUGGUGCCGUAGAAUAUCAAUGACCAUUCCCGUAGCAGGGCAUGGCCUAGU--GGUUAGUAUUU
...(((((((((((.(((((((((....(((..(((((....)))))..)))..)))))))))....)))))....((((.(((......))).)))).)))))--).......... ( -38.00)
>DroAna_CAF1 8058 117 + 1
CCGGGCCAAUCGGCUUCGGCACCGAGAUGGGGUCGUUGGGGUCGAUGGCGUUCGUGGUGCCGUAGAAGAUCAGCGACCAUUCCCUGAGCAGGGCAUGGCCUGUCGAGAUUAGUGGGU
.((((((..(((((....))..))).(((.(((((((((..((.((((((.......)))))).))...)))))))))...((((....)))))))))))))............... ( -46.10)
>DroPer_CAF1 7948 117 + 1
CUGCACUGUUGGGACGCGGCACCGAAAUCCGAUCAUUGGGAUCGAUGGUCAGGGUGGUGCCGUAGAAGAUCAGCGACCAUUCUCUGAGCAGAGCAUGGCCUAAAGGGGACGAUGGUU
.(((.(((((.(((.((((((((...((((((((((((....)))))))).)))))))))))).(((............)))))).))))).))).((((....(....)...)))) ( -44.60)
>consensus
CCGCACCACUGGGCCGCGGCACCGAGAUCGGAUCAUUGGGAUCGAUGGUCUGAGUGGUGCCGUAGAAGAUCAGCGACCAUUCCCUGAGCAGAGCAUGGCCUAAA__GGACGGUGGGU
.....(((((((.....(((((((...(((((((((((....))))))))))).))))))).............(.((((.((((....)))).)))).)........))))))).. (-34.00 = -34.37 +   0.37)

alignment

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secondary structure

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Postscript

Window 4

Location 21,181,701 – 21,181,816
Length 115
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.90
Mean single sequence MFE -38.12
Consensus MFE -24.71
Energy contribution -24.49
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.82
SVM RNA-class probability 0.859097
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21181701 115 - 27905053
ACCCACCGGCU--UGUAGGCCAUGCUCUGCUCAGGGAAUGGUCGCUGAUCUUUUAUGGCACCACUCAGAGCAUCGGUCCCAACGAUCCGAUCUCGGUGCCCAAGCCAAGUGGUUCGG
..((((.((((--((..((((((.((((....)))).)))))).............((((((.....(((.(((((((.....)).))))))))))))))))))))..))))..... ( -46.40)
>DroPse_CAF1 7899 117 - 1
AACCAUCGUCCUCUUUAGGCCAUGCUCUGCUCAGAGAGUGGUCCCUGAUCUUCUACGGCACCACCCUGACCAUCGAUCCCAAUGAUCGGAUUUCGGUGCCGCGUCCCAACAGUGCAG
.......(..((..(((((((((.((((....)))).))))..))))).......(((((((...........(((((.....)))))(....)))))))).........))..).. ( -32.50)
>DroEre_CAF1 8333 115 - 1
ACCCACCGGCU--UGUAGGCCAUGCUCUGCUCAGGGAAUGGUCGCUGAUCUUUUAUGGCACCACUCAGAGCAUUGGUCCCAACGAUCCGAUCUCAGUGCCCAGGCCCAGUGGUUCUG
..((((.((((--((..((((((.((((....)))).)))))).............(((((......(((.(((((((.....)).)))))))).)))))))))))..))))..... ( -40.10)
>DroWil_CAF1 10089 115 - 1
AAAUACUAACC--ACUAGGCCAUGCCCUGCUACGGGAAUGGUCAUUGAUAUUCUACGGCACCACGCAAGCCAUCGAUCCCAAUGAUCCGAUCUCAGUGCCGCGCACCACUAGCGCCG
...........--....((((((.(((......))).)))))).............(((((..(....)..(((((((.....))).))))....)))))((((.......)))).. ( -32.80)
>DroAna_CAF1 8058 117 - 1
ACCCACUAAUCUCGACAGGCCAUGCCCUGCUCAGGGAAUGGUCGCUGAUCUUCUACGGCACCACGAACGCCAUCGACCCCAACGACCCCAUCUCGGUGCCGAAGCCGAUUGGCCCGG
..((.............((((((.((((....)))).))))))((..(((..((.(((((((.(((......)))........((.......))))))))).))..)))..))..)) ( -42.00)
>DroPer_CAF1 7948 117 - 1
AACCAUCGUCCCCUUUAGGCCAUGCUCUGCUCAGAGAAUGGUCGCUGAUCUUCUACGGCACCACCCUGACCAUCGAUCCCAAUGAUCGGAUUUCGGUGCCGCGUCCCAACAGUGCAG
.................((((((.((((....)))).))))))((((........(((((((...........(((((.....)))))(....))))))))........)))).... ( -34.89)
>consensus
AACCACCGACC__UGUAGGCCAUGCUCUGCUCAGGGAAUGGUCGCUGAUCUUCUACGGCACCACCCAGACCAUCGAUCCCAACGAUCCGAUCUCGGUGCCGAGGCCCAAUAGUGCAG
.................((((((.((((....)))).))))))((((........(((((((.......(.((((.......)))).)......)))))))........)))).... (-24.71 = -24.49 +  -0.22)

alignment

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