Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 21,096,262 – 21,096,382 |
Length | 120 |
Max. P | 0.708419 |
Location | 21,096,262 – 21,096,382 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 87.17 |
Mean single sequence MFE | -45.67 |
Consensus MFE | -37.27 |
Energy contribution | -38.55 |
Covariance contribution | 1.28 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -2.09 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.37 |
SVM RNA-class probability | 0.708419 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 21096262 120 + 27905053 UACUGCCCCGAUUGGCGGAUAUAGUGAAGAAUGAGCUCCACGAUUCUCGGAAGCUGUUUGCAGCUACUGUGGGUGUAGAUCGUGAGCGGGACUCGAUUAUGUUCGAGGACCUUUCGCUGG ..(((((......)))))...((((((((.....((((.(((((((.(((.(((((....))))).))).)......))))))))))((..(((((......)))))..)))))))))). ( -48.50) >DroSec_CAF1 5497 120 + 1 UACUGCCCCGAUUGGCGGAUAUAGUGAAGAAUGAGCUCCACGAUUCUCGGAAGUUGUUUGCAGCUACUGUGGGUGUAGAUCGUGAGCGGGACUCGAUUAUGUUCGAGGACCUUUCGCUGG ..(((((......)))))...((((((((.....((((.(((((((.(((.(((((....))))).))).)......))))))))))((..(((((......)))))..)))))))))). ( -46.10) >DroSim_CAF1 5646 120 + 1 UACUGCCCCGAUUGGCGGAUAUAGUGAAGAACGAGCUCCACGAUUCUCGGAAGUUGUUUGCAGCUACUGUGGGUGUAGAUCGUGAGCGGGACUCGAUUAUGUUCGAGGACCUUUCGCUGG ..(((((......)))))...((((((((.....((((.(((((((.(((.(((((....))))).))).)......))))))))))((..(((((......)))))..)))))))))). ( -46.10) >DroEre_CAF1 4301 120 + 1 UACUGCCCCGAUUGGCGGAUAUAGUGAGGGAUGAGCUCCACGACUCCCGGAAGUUGUUUGCAGCUACUGUGAGUGUAGAUCGUGAGCGGGACUCGAUUAUGUUCGAGGACCUUUCGCUGG ..(((((......)))))...((((((((.....((((.(((((((.(((.(((((....))))).))).)))......))))))))((..(((((......)))))..)))))))))). ( -47.00) >DroYak_CAF1 5699 120 + 1 UACUGCCCCGCUUGGCGGAUAUUGUGAGGAAUGAGCUCCACGAUUCCCGGAAGUUGUUUGCAGCUACUGUGAGUGCUGAUCGUGAGCGGGACUCGAUUAUGUUCGAGGACCUUUCGCUGG ..(((((......))))).....((((((.....((((.(((((((.(((.(((((....))))).))).))......)))))))))((..(((((......)))))..))))))))... ( -43.00) >DroAna_CAF1 2701 120 + 1 UUCUGCCUCAGCUGGCGCAUAUUAUUAGGUCGGAUCUCAACGAUCCGAGAAAGCUUUUCGCCGGCACUGUCAACGUGGAUCGCGAGAGAGACUCGAUUAUCUUUGAGGAUCUGUCGCUGG .((..(....((((((.............(((((((.....)))))))(((.....)))))))))...(....))..))..((((.(((..(((((......)))))..))).))))... ( -43.30) >consensus UACUGCCCCGAUUGGCGGAUAUAGUGAAGAAUGAGCUCCACGAUUCUCGGAAGUUGUUUGCAGCUACUGUGAGUGUAGAUCGUGAGCGGGACUCGAUUAUGUUCGAGGACCUUUCGCUGG ..(((((......)))))...((((((((.....((((.(((((((.(((.(((((....))))).))).)......))))))))))((..(((((......)))))..)))))))))). (-37.27 = -38.55 + 1.28)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:57:00 2006