Locus 7870

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 21,072,215 – 21,072,410
Length 195
Max. P 0.998624
window12679 window12680 window12681

overview

Window 9

Location 21,072,215 – 21,072,335
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.94
Mean single sequence MFE -48.07
Consensus MFE -46.99
Energy contribution -46.63
Covariance contribution -0.36
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.32
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 2.01
SVM RNA-class probability 0.985414
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21072215 120 - 27905053
CUGAAGCGCCUGGUCCAGCACCCCAACUCGUACUUCAUGGACGUGAAGUGCCCCGGCUGCUACAGGAUCACCACCGUCUUCAGCCACGCCCAAGGCGUCGUGGUCUGCGCUGGAUGCGCU
....(((((...(((((((..........(((((((((....))))))))).(((((((.....((.......)).....)))))(((((...)))))...)).....)))))))))))) ( -47.60)
>DroSec_CAF1 25427 120 - 1
CUGAAGCGCCUGGUCCAGCACCCUAACUCGUACUUCAUGGACGUGAAGUGCCCCGGCUGCUACAGGAUCACCACCGUCUUCAGCCACGCCCAGGGCGUCGUGGUCUGCGCCGGAUGCGCA
.....(((((((((.(((.((((......(((((((((....)))))))))...(((((.....((.......)).....)))))(((((...))))).).)))))).)))))..)))). ( -47.60)
>DroSim_CAF1 24742 120 - 1
CUGAAGCGCCUGGUCCAGCACCCUAACUCGUACUUCAUGGACGUGAAGUGCCCCGGCUGCUACAGGAUCACCACCGUCUUCAGCCACGCCCAGGGCGUCGUGGUCUGCGCCGGAUGCGCA
.....(((((((((.(((.((((......(((((((((....)))))))))...(((((.....((.......)).....)))))(((((...))))).).)))))).)))))..)))). ( -47.60)
>DroEre_CAF1 26260 120 - 1
CUGAAGCGCCUGGUCCAGCACCCCAACUCGUACUUCAUGGACGUGAAGUGCCCCGGCUGCUACAGGAUCACCACCGUCUUCAGCCACGCCCAGGGCGUCGUGGUCUGCGCCGGAUGCGCA
.....(((((((((.(((.(((.(.....(((((((((....)))))))))...(((((.....((.......)).....)))))(((((...))))).).)))))).)))))..)))). ( -48.10)
>DroYak_CAF1 25609 120 - 1
CUGAAGCGCCUGGUCCAGCACCCCAACUCGUACUUCAUGGACGUGAAGUGCCCCGGCUGCUACAGGAUCACCACCGUCUUCAGCCACGCCCAGGGCGUCGUGGUCUGCGCCGGAUGCGCA
.....(((((((((.(((.(((.(.....(((((((((....)))))))))...(((((.....((.......)).....)))))(((((...))))).).)))))).)))))..)))). ( -48.10)
>DroAna_CAF1 27059 120 - 1
CUGAAGCGCCUGGUCCAGCACCCCAACUCGUACUUCAUGGACGUGAAGUGCCCCGGCUGCUACAGGAUCACCACCGUCUUCAGCCACGCCCAGGGCGUUGUGGUCUGCGCCGGUUGCGCC
.....(((((((((.(((.(((.((((..(((((((((....)))))))))...(((((.....((.......)).....)))))..(((...))))))).)))))).)))))..)))). ( -49.40)
>consensus
CUGAAGCGCCUGGUCCAGCACCCCAACUCGUACUUCAUGGACGUGAAGUGCCCCGGCUGCUACAGGAUCACCACCGUCUUCAGCCACGCCCAGGGCGUCGUGGUCUGCGCCGGAUGCGCA
.....(((((((((.(((.(((.(.....(((((((((....)))))))))...(((((.....((.......)).....)))))(((((...))))).).)))))).)))))..)))). (-46.99 = -46.63 +  -0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 21,072,255 – 21,072,375
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 98.83
Mean single sequence MFE -52.78
Consensus MFE -52.10
Energy contribution -52.30
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.02
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.99
SVM decision value 3.16
SVM RNA-class probability 0.998624
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21072255 120 + 27905053
AAGACGGUGGUGAUCCUGUAGCAGCCGGGGCACUUCACGUCCAUGAAGUACGAGUUGGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCGGCGGGCAGAGGGUGCAGA
..((((..((((.(((((.......)))))))))...))))....(((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))(((((((((((....))).))).)))))... ( -54.40)
>DroSec_CAF1 25467 120 + 1
AAGACGGUGGUGAUCCUGUAGCAGCCGGGGCACUUCACGUCCAUGAAGUACGAGUUAGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGUUUCUCCUCGGCGGGCAGAGGGUGCAGA
.........((.(((((.(.((.(((((((......((((.....(((((((((((..((((((......))))))..)))))))))))))))....)))))))..))).)))))))... ( -48.80)
>DroSim_CAF1 24782 120 + 1
AAGACGGUGGUGAUCCUGUAGCAGCCGGGGCACUUCACGUCCAUGAAGUACGAGUUAGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCGGCGGGCAGAGGGUGCAGA
..((((..((((.(((((.......)))))))))...))))....(((((((((((..((((((......))))))..)))))))))))(((((((((((....))).))).)))))... ( -50.30)
>DroEre_CAF1 26300 120 + 1
AAGACGGUGGUGAUCCUGUAGCAGCCGGGGCACUUCACGUCCAUGAAGUACGAGUUGGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCAGCGGGCAGAGGGUGCAGA
..((((..((((.(((((.......)))))))))...))))....(((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))(((((((((((....))).))).)))))... ( -54.40)
>DroYak_CAF1 25649 120 + 1
AAGACGGUGGUGAUCCUGUAGCAGCCGGGGCACUUCACGUCCAUGAAGUACGAGUUGGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCGGCGGGCAGAGGGUGCAGA
..((((..((((.(((((.......)))))))))...))))....(((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))(((((((((((....))).))).)))))... ( -54.40)
>DroAna_CAF1 27099 120 + 1
AAGACGGUGGUGAUCCUGUAGCAGCCGGGGCACUUCACGUCCAUGAAGUACGAGUUGGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCAGCGGGCAGAGGGUGCAGA
..((((..((((.(((((.......)))))))))...))))....(((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))(((((((((((....))).))).)))))... ( -54.40)
>consensus
AAGACGGUGGUGAUCCUGUAGCAGCCGGGGCACUUCACGUCCAUGAAGUACGAGUUGGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCGGCGGGCAGAGGGUGCAGA
..((((..((((.(((((.......)))))))))...))))....(((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))(((((((((((....))).))).)))))... (-52.10 = -52.30 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 21,072,295 – 21,072,410
Length 115
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.52
Mean single sequence MFE -47.60
Consensus MFE -43.35
Energy contribution -43.47
Covariance contribution 0.11
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.62
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 2.89
SVM RNA-class probability 0.997608
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21072295 115 + 27905053
CCAUGAAGUACGAGUUGGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCGGCGGGCAGAGGGUGCAGAAGAUCUUUUGCUAGCUGCAAGGUGA-----AAAUAGUUUC
.....(((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))....(((.(((((((.((((((((((.......)))))))))).))))..))).))-----)......... ( -50.00)
>DroSec_CAF1 25507 115 + 1
CCAUGAAGUACGAGUUAGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGUUUCUCCUCGGCGGGCAGAGGGUGCAGAAGAUCUUUUGCUAGCUGCAAGGCGA-----AAAUAGUUUG
.....(((((((((((..((((((......))))))..)))))))))))((.((((.(((((((.((((((((((.......)))))))))).))))..))).))-----))...))... ( -47.20)
>DroSim_CAF1 24822 115 + 1
CCAUGAAGUACGAGUUAGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCGGCGGGCAGAGGGUGCAGAAGAUCUUUUGCUAGCUGCAAGGCGA-----CAAUAGUUUG
.....(((((((((((..((((((......))))))..))))))))))).(((((.....((((.((((((((((.......)))))))))).))))..))))).-----.......... ( -45.20)
>DroEre_CAF1 26340 120 + 1
CCAUGAAGUACGAGUUGGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCAGCGGGCAGAGGGUGCAGAAGAUCUUUUGCUAGCUGCAAGUCAGAUAAUCAAAAGUUCA
.....(((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))(((((((((((....))).))).))))).((..(((((((((.....)))))..))))..))......... ( -46.90)
>DroYak_CAF1 25689 120 + 1
CCAUGAAGUACGAGUUGGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCGGCGGGCAGAGGGUGCAGAAGAUCUUUUGCUAGCUGCAAGUGGGUAAAUCAACAGUUCG
((...(((((((((((((((((((......))))))))))))))))))).(((((.....((((.((((((((((.......)))))))))).)))).)))))))............... ( -48.60)
>DroAna_CAF1 27139 119 + 1
CCAUGAAGUACGAGUUGGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCAGCGGGCAGAGGGUGCAGAAGAUCUUUUGCUAGCUGUAAAUGACGAAA-GGAUAAUUAG
((...(((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))....(((((..((((.((((((((((.......)))))))))).)))).....)).))).-))........ ( -47.70)
>consensus
CCAUGAAGUACGAGUUGGGGUGCUGGACCAGGCGCUUCAGCUUGUGCUUGCGCUUCUCCUCGGCGGGCAGAGGGUGCAGAAGAUCUUUUGCUAGCUGCAAGGCGA_____CAAUAGUUUG
.....(((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))...........((((.((((((((((.......)))))))))).))))....................... (-43.35 = -43.47 +   0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:56:49 2006