| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 21,031,422 – 21,031,517 |
| Length | 95 |
| Max. P | 0.998529 |
| Location | 21,031,422 – 21,031,517 |
|---|---|
| Length | 95 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 73.84 |
| Mean single sequence MFE | -33.12 |
| Consensus MFE | -18.29 |
| Energy contribution | -20.23 |
| Covariance contribution | 1.95 |
| Combinations/Pair | 1.19 |
| Mean z-score | -3.29 |
| Structure conservation index | 0.55 |
| SVM decision value | 3.13 |
| SVM RNA-class probability | 0.998529 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 21031422 95 + 27905053 ACAAAUGCGCACACAUGUAACGAAUACGUAUACGUGAUAUAUGGCUAUACGGCUACAUGGUUAU--------AUGUGUGU-U------------AUAUGCGUGUGU-AACCCGGAG---A .....(((((((.(((((((((..((((....))))((((((((((((........))))))))--------)))).)))-)------------))))).))))))-)........---. ( -31.90) >DroSec_CAF1 36180 96 + 1 ACAAAUGCGCACACAUGUAACGAAUACGUAUACGUGAUAUAUGGCUGUACGGCUAUAUGGCUAU--------AUGGCUAUAU------------GUGUGCGUGUGU-AACCCGGAG---A (((.((((((((.(((((((((....))).))))))..(((((((((((..(((....)))..)--------))))))))))------------)))))))).)))-.........---. ( -37.70) >DroSim_CAF1 36350 88 + 1 ACAAAUGCGAACACAUGUAACGAAUACGUAUACGUGAUAUAUGGCUAUACGGCUAU----------------AUGGCUAUAU------------GUGUGCGUGUGU-AACCCGGAG---A ..........(((((((((.....((((....))))(((((((((((((......)----------------))))))))))------------)).)))))))))-.........---. ( -27.00) >DroEre_CAF1 39807 116 + 1 ACAAAUGCGCACACAUGUAACGUAUACGUAUACGUGAUGUAUGGCUAUAUGGCUAUAUGGCUACAUGGCUAUAAGGCCACAUCCACAUGGCGUGGUGUGCGUCUGU-AACCCGGAG---A (((.((((((((.(((((.((((((....))))))(((((..((((.(((((((((........))))))))).)))))))))......))))))))))))).)))-.........---. ( -44.90) >DroYak_CAF1 39856 100 + 1 ACAAAUGCGCACACAUGUAACGAAUACGUAUACGUGAUAUAUGGCUACAU----AUGUAGCU-----GCUAUAUGGCCACAUCC-------GUGGUGUGCGUCUGU-AACCCGGAG---A (((...((((((.(((((((((....))).))))))((((((((((((..----..))))))-----).))))).(((((....-------))))))))))).)))-.........---. ( -33.50) >DroAna_CAF1 37443 94 + 1 ACAAAUGCGCACACAUGUAACGAAUACGUAUACGUGAUAUUUG--UAUGCGUCUGUGUAUCA------------GUGUUUCU------------GUCUGUGUGUGGAAAAACGGAGCUAA .....(.((((((((....(((...(((((((((.......))--)))))))...)))..((------------(.....))------------)..)))))))).)............. ( -23.70) >consensus ACAAAUGCGCACACAUGUAACGAAUACGUAUACGUGAUAUAUGGCUAUACGGCUAUAUGGCU__________AUGGCUAUAU____________GUGUGCGUGUGU_AACCCGGAG___A ....((((((((((((((((((....))).)))))).(((((((((....)))))))))....................................)))))))))................ (-18.29 = -20.23 + 1.95)
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