Locus 7844

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,994,546 – 20,994,650
Length 104
Max. P 0.528227
window12643

overview

Window 3

Location 20,994,546 – 20,994,650
Length 104
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.61
Mean single sequence MFE -38.04
Consensus MFE -26.58
Energy contribution -28.03
Covariance contribution 1.45
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.70
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.528227
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20994546 104 - 27905053
GCA------UGUGUGUGUGUGCGAAUGUCUGAGCUGGGCGGCUGUCCAUUUAGCGCGAUACCCACACCCCUGAAAAGCGCUCACACAAUCGUUCACGACCCACGCACACA
...------((((((((((.((((.(((.(((((((((((((((......)))).))...)))).....((....)).))))).))).))))........)))))))))) ( -38.20)
>DroSec_CAF1 35218 102 - 1
GCC------UGUGU--GUGUGCGAAUGUCUGAGCUGGGCGGCUGUCCAUUUAGCGCGAUACCCACACCCCUGAAAAGCGCUCACACAAUCGUUCACGACCCACGCACACA
...------.((((--(((((.(..(((.(((((((((((((((......)))).))...)))).....((....)).))))).))).(((....)))).))))))))). ( -36.30)
>DroSim_CAF1 30579 104 - 1
GCA------UGUGUGUGUGUGCGAAUGUCUGAGCUGGGCGGCUGUCCAUUUAGCGCGAUACCCACACCCCUGAAAAGCGCUCACACAAUCGUUCACGACCCACGCACACA
...------((((((((((.((((.(((.(((((((((((((((......)))).))...)))).....((....)).))))).))).))))........)))))))))) ( -38.20)
>DroEre_CAF1 37353 110 - 1
GUAGCUCUGUGUGUGUGUGUGCGAAUGUCUGAGCUGGGCGGCUGUCCAUUUAGCGCGAUACCCACACCCCUGAAAAGCGCUCACACAAUCGUUCACGACCCACGCACACA
.......((((((((((((.((((.(((.(((((((((((((((......)))).))...)))).....((....)).))))).))).)))).))))...)))))))).. ( -40.50)
>DroWil_CAF1 46699 102 - 1
GCA------CG--UGUAUGCACGGCCGUCUGGGCUAGGCGGCUGUCCAUUUAGCGCGAUACUCAUACUAUCAGAACGCGCUCACACAAUCUGCCUCGUCCUACGCACACA
((.------((--((....))))))(((..((((.((((((.(((......((((((..................))))))...)))..)))))).)))).)))...... ( -32.37)
>DroAna_CAF1 36099 105 - 1
GAG----UGUGGGUGGGUGGGUGACUGUCUGAGCUGGGCGGCUGUCCAUUUAGCGCGAUACCCAUGCCACC-AAAUUCGCUCACACAAUCGUUCACGACCCACGCAUACA
..(----(((((((.(.((..(((.(((.(((((((((((((((......)))).))...))))((....)-).....))))).))).)))..))).))))))))..... ( -42.70)
>consensus
GCA______UGUGUGUGUGUGCGAAUGUCUGAGCUGGGCGGCUGUCCAUUUAGCGCGAUACCCACACCCCUGAAAAGCGCUCACACAAUCGUUCACGACCCACGCACACA
..........(((((((((.((((.(((.(((((((((((((((......)))).))...)))).....((....)).))))).))).))))........))))))))). (-26.58 = -28.03 +   1.45)

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