Locus 7831

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,981,386 – 20,981,484
Length 98
Max. P 0.839787
window12624

overview

Window 4

Location 20,981,386 – 20,981,484
Length 98
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.93
Mean single sequence MFE -25.13
Consensus MFE -13.19
Energy contribution -13.90
Covariance contribution 0.71
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.47
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.75
SVM RNA-class probability 0.839787
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20981386 98 - 27905053
GGCUAGACGUUAUAAUGUGCAUUAUAAUUAUGUACACAUUUA--UGUCCCUAUAAUUGCGUUUAUGUAUAAGCCGGUAUAUGCCACUGCAUGUGC---UUG--AG
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>DroSec_CAF1 21400 98 - 1
GGCUAGACGUUAUAAUGUGCAUUAUAAUUAUGUACACAUUUA--UGUCCCUAUAAUUGCGUUUAUGUAUAAGCCGGUACAUGCCACUGCAUGUGC---UUG--AG
((((.(((((.....(((((((.......))))))).....)--))))..(((((......)))))....))))(((((((((....))))))))---)..--.. ( -29.30)
>DroEre_CAF1 23824 98 - 1
GGCUAGACGUUAUAAUGUGCAUUAUAAUUAUGUACACAUUUA--UGUCCUUAUAAUUGCGUUUAUGUAUUAGCCGGUACAUGCCAGUGCAUGUGC---UUG--AG
((((((((((.....(((((((.......))))))).....)--))))..(((((......)))))...)))))(((((((((....))))))))---)..--.. ( -30.70)
>DroYak_CAF1 22872 98 - 1
GGCUAGACGUUAUAAUGUGCAUUAUAAUUAUGUACACAUUUA--UGUCCCUAUAAUUGCGUUUAUGUAUUAGCCGGUACAUGCCACUACAUGUGC---UUG--AG
((((((((((.....(((((((.......))))))).....)--))))..(((((......)))))...)))))((((((((......)))))))---)..--.. ( -27.70)
>DroAna_CAF1 21773 87 - 1
GGCUAGACGCUAUAAUGUUCAUUAUAAUUAUAUACACAUUUAUAUGUCCCUAUAAUUGCAUUUGUACAUAAGCCGG---------------GUGC---UUGUCAG
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>DroPer_CAF1 33818 96 - 1
GGCUAGACGUUAUAAUGUGCAUUAUAAUUAUUUAUGCUUUUA--UAUCCAUAUUAUGC----UAUGUAUCUGCU-AUGUAUACACACACAUGUGUAGUGCA--AG
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>consensus
GGCUAGACGUUAUAAUGUGCAUUAUAAUUAUGUACACAUUUA__UGUCCCUAUAAUUGCGUUUAUGUAUAAGCCGGUACAUGCCACUGCAUGUGC___UUG__AG
((((.((((...((((((((((.......)))))))...)))..))))..(((((......)))))....)))).(((((((......))))))).......... (-13.19 = -13.90 +   0.71)

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