Locus 7780

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 20,837,459 – 20,837,549
Length 90
Max. P 0.966946
window12547

overview

Window 7

Location 20,837,459 – 20,837,549
Length 90
Sequences 6
Columns 91
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.87
Mean single sequence MFE -23.92
Consensus MFE -10.31
Energy contribution -10.32
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.62
Structure conservation index 0.43
SVM decision value 1.60
SVM RNA-class probability 0.966946
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 20837459 90 + 27905053
CGCGGCAAU-GGCAAAUUAAUUUAUUAUGGUCAUGGCGAUGGCUAACGGAUAUGGUCAUCGUAAAAUUCCCGCCAUAAUGGUGGAACCUGC
.((((..((-(((.(((......)))...))))).((((((((((.......)))))))))).......(((((.....)))))...)))) ( -26.40)
>DroVir_CAF1 37810 81 + 1
----GUAAUAGAUAAAUUAAUUUAUUAUAGUCAUGACG---ACUAACGGAUAUGGCCAUCAUAAAAUU-CUGCCGUAAUCGAGAA--AAAU
----.((((((((......))))))))(((((.....)---)))).(((.((((((............-..)))))).)))....--.... ( -16.04)
>DroSim_CAF1 52974 90 + 1
CGCGGCAAU-GGCAAAUUAAUUUAUUAUGGUCAUGGCGAUGGCUAACGGAUAUGGCCAUCGUAAAAUUCCCGCCAUAAUGGGGGAACCUGC
.((((..((-(((.(((......)))...))))).((((((((((.......))))))))))....(((((.((.....))))))).)))) ( -30.20)
>DroEre_CAF1 50571 90 + 1
CGCGGCAAUCGAUAAAUUAAUUUAUUAUGGUCAUGGCGAUGGCUAACGGAUAUGGCCAUCGUAAAAUUCCCGCCGUAAUGGG-GGAGCUGC
.(((((....((((((....)))))).........((((((((((.......)))))))))).....((((.((.....)))-)))))))) ( -31.30)
>DroWil_CAF1 11390 82 + 1
--CUGCAAUAGAUAAAUGAAUUUAUUAUGGCCAUG------GCUAACGGAUAUGGCCAUCAUAAAAUUC-UAUCGUAAUAGAGGCAAAAAU
--.(((..............(((((.(((((((((------.(....)..))))))))).))))).(((-(((....)))))))))..... ( -22.40)
>DroMoj_CAF1 49271 82 + 1
C--UGUAAUAGAUAAAUUAAUUUAUUAUAGUCAUGACG---ACUAACGGAUAUGGCGAUCAUGAAAUU-CUAACGUAAUAGACC---AAAU
(--((((((((((......)))))))))))((((((((---.(((.......))))).))))))...(-(((......))))..---.... ( -17.20)
>consensus
C_CGGCAAUAGAUAAAUUAAUUUAUUAUGGUCAUGGCG___GCUAACGGAUAUGGCCAUCAUAAAAUUCCCGCCGUAAUGGAGGAA_AAAC
....................(((((.(((((((((.((........))..))))))))).))))).......................... (-10.31 = -10.32 +   0.00)

alignment

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secondary structure

Postscript

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